含有兩個或三個限制性內切核酸酶識別位點(見第7章，方案11)。合成接頭是小的、自我互補的合成DNA片段，通常長度為8~16個核苷酸，復性形成平末端雙鏈分子，含有一個限制性內切核酸酶識別位點。
例如，在復性後，一個攜帶EcoR I識別位點的合成接頭可能有如下序列。接頭曾經用來為DNA的雙鏈平末端裝上酶切位點，以助於克隆( Scheller et al.1977)。供應商提供種類繁多的商業化接頭，主要是兩種形式：可直接用於連接的5'端含有磷酸殘基的接頭，以及連接到DNA前需要用多核苷酸激酶和ATP處理的非磷酸化接頭。
通常，磷酸化的接頭以約100倍摩爾過量連接到平末端的靶DNA,此化學計量比使得接頭末端-末端連接，同時聚合接頭連接到靶DNA的每一端。
用適當的限制性內切酶消化除去多餘的接頭，產生含有黏性突出末端的靶分子，可以連接到含有匹配末端的載體上。如今，接頭是一種瀕臨滅絕的東西，因為大多數克隆和亞克隆使用已知序列DNA進行，通過在用於擴增的PCR引物中引入酶切位點，線性DNA可以簡單方便地裝配上選擇的末端。
現在的合成接頭已為特殊目的而設計。例如：
●克隆小分子RNA和構建miRNA的cDNA文庫(Lau et al.2001; Bartel 2004)。NewEngland Biolabs公司銷售5'-腺苷酸化、3-阻斷的寡核苷酸，可以被RNA連接酶識別，在缺少ATP的情況下將寡核苷酸的「活化的」腺苷化5'端連接到單鏈miRNA的3-0H。