在學術論文寫作中，需要討論的一個問題是論文的選題與結構安排。在醫刊彙編輯看來，學術選題既不是簡單指一個社會現實性難題，也不是指一個公討論的話題或爭論議題，更不是指一個學術學科或分支學科名稱，而是對經過一番理性思考與學術規範化後的變量關係的理論設定與經驗考察。
通常情況下，一篇論文的選題至少要解決以下三個方面的問題：問題的確定、變量關係的描述、變量的指標化及其測量。首先，確定準備討論的問題是不是一個真問題。這至少包括兩層意思：一是它是否包含著一對或一組變量之間的關係；二是它是不是一個值得研究的問題。這方面的判定顯然要困難得多，因為它要更多地依賴研究者的學術背景與判斷能力。
其次，準確而科學地描述變量關係。將學術問題轉變成為一組變量關係，看起來主要是形式的變化，但集中體現了研究者的理性思考能力與學術研究素質。最後，將兩個基本變量(自變量和因變量)指標化並變得可以測量。為了研究的順利，我們必須儘可能使變量分解成可以分析和測量的指標，所謂可以分析的多是指規範意義上的，而所謂可以測量的多是指經驗意義上的。
規範而科學的學術選題，不僅意味著一個良好的學術研究和寫作基礎，而且大致決定著一篇論文的結構安排。一般來說，論文的結構可分為如下幾部分：方法論設計特別是關鍵性概念的界定和理論分析框架的構建、問題的確定與描述、經驗性事實與數據和理論性闡釋。可以說，選題的科學性與規範性不僅與論文結構的前幾部分直接相關，而且對於最後部分的理論性闡釋也有著重要影響。
因而，無論對於篇幅相對較長的博士、碩士學位論文而言，還是對於一篇萬字左右的學術論文來說，選題都是一項必須慎之又慎對待的工作。正如上面已指出的，一旦選題確立，一篇論文的結構也將隨之確定。更為重要的是，論文成文後的修改往往只是結構微調與文辭修飾意義上的，很難觸及選題設計與理論分析框架層面。換句話說，那時一篇論文的學術理論水平已難以實質性改變。
最後需要指出的是，上述討論主要是圍繞學術論文的選題與結構安排而展開的，而且更多是局限於我們自身的一些感悟與經驗，既談不上任何意義上的普遍性，也難免有偏頗之處。更何況，學術論文寫作就像學術研究本身一樣，並不存在任何絕對性的規定。