實驗專欄丨SmaterRace新技術,一起get

2021-01-15 中洪博元醫學實驗幫

cDNA末端快速擴增技術(rapid amplification of cDNA ends, RACE)是基於PCR技術由已知的部分cDNA序列來獲得完整的cDNA全長序列的一種實驗方法,該技術由Frohman等人在1988年首次提出。該技術提出以來經過不斷改進,克服了早期技術步驟多、時間長、特異性差的缺點,2013年Freeman提出了SMART (「Switching Mechanism At RNA Termini」) RACE技術,現在成為SMARTer RACE,該技術獲得的5』端序列更加充實。目前使用的RACE方法均為SMARTer RACE。

圖(a) 5』RACE SMARTer cDNA第一鏈的合成

圖(b) 5』RACE和3』RACE反應中基因特異性引物

圖(c) 使用SMARTer RACE克隆全長cDNA的步驟流程示意圖

(SMART™ RACE cDNA Amplification Kit):

RACE cDNA第一鏈的合成

1、在PCR管中冰上配製下面的反應體系,混勻瞬時離心,室溫放置到第7步。

2 μL  5×First-Strand Buffer

1 μL  DTT (20mM)

1 μL  dNTP Mix (10mM)

2、在新的管子裡配製下列物質:

5』RACE:  1-2.75 μL RNA             3』RACE:  1-3.75 μL RNA

1 μL 5』-CDs Primer A                 1 μL 3』-CDs Primer A

3、在第2步中加入ddH2O,使5』 RACE體積到3.75 μL,3』RACE體積到4.75 μL。

4、混勻並瞬時離心。

5、在PCR儀上進行如下程序:72°C,3 min;42°C,2 min。

反應結束後瞬時離心。

6、在5』RACE裡加入1 μL SMARTer IIA oligo。

7、配製如下反應體系:

4 μL     Bufifier Mix from Step 1

0.25 μL   Rnase Inhibitor (40U/μL)

1μL      SMARTScribeTM Reverse Transcriptase (100U)

8、配製如下反應體系:

5』RACE:                            3』RACE:

5.25 μL Master Mix from Step 7          5.25 μL Master Mix from Step 7

4.75 μL 5』RACE cDNA from Step 6       4.75 μL 3』RACE cDNA from Step 6

9、輕輕吹打混勻,瞬時離心。

10、在PCR儀上進行如下反應:42°C,90 min;70°C,10 min。

11、使用Tricine-EDTA Buffer稀釋反應產物:

如果初始總RNA≤200 ng,加20μL Buffer稀釋;

如果初始總RNA≥200 ng,加100μL Buffer稀釋;

如果初始是Poly A+ RNA,加250μL Buffer稀釋。

稀釋後樣品用於後續PCR克隆或放置-20°C保存(保質期3個月)


RACE PCR反應(使用Takara LA taq酶)

1、根據已知序列設計RACE引物,通常每端設計兩到三輪引物,每輪引物之間間隔20-100bp鹼基,第一輪引物Tm至在65°C以上,以後每輪引物Tm值升高2°C。為方便測序結果比對,第三輪引物離已知序列的末端應間隔20bp以上。

2、RACE第一輪PCR

PCR管中配製反應體系如下:

0.5μL    LA taq (5U/μL)

5 μL     10×LA Buffer

8 μL     dNTP Mix

1 μL     cDNA 模板

1μL     UPM Primer

1μL第一輪引物

33.5μL   ddH2O

在PCR儀上進行如下反應:94°C,1 min→98°C,10 s;65°C,15 s;72°C,2 min;30個循環→72°C,10 min。

3、RACE第二輪PCR

PCR管中配製反應體系如下:

0.5μL    LA taq (5U/μL)

5 μL     10×LA Buffer

8 μL     dNTP Mix

1 μL     第一輪PCR產物稀釋50倍

1μL     NUP Primer

1μL第二輪引物

33.5μL   ddH2O

在PCR儀上進行如下反應:94°C,1 min→98°C,10 s;67°C,15 s;72°C,2 min;30個循環→72°C,10 min。

4、RACE第三輪PCR

PCR管中配製反應體系如下:

0.5μL    LA taq (5U/μL)

5 μL     10×LA Buffer

8 μL     dNTP Mix

1 μL     第二輪PCR產物稀釋50倍

1μL     NUP Primer

1μL第三輪引物

33.5μL   ddH2O

在PCR儀上進行如下反應:94°C,1 min→98°C,10 s;69°C,15 s;72°C,2 min;30個循環→72°C,10 min。

5、將第三輪PCR產物經瓊脂糖凝膠電泳跑膠確認條帶。

6、將獲得的目的條帶送去測序。

7、測序結果與已知的部分序列進行比對,獲得兩端未知的序列,拼接得到全長序列。


cDNA全長克隆

根據RACE獲得的全長序列設計全長引物,進行PCR克隆,獲得基因全長。

圖基因全長克隆結果


參考文獻:Cloning full-length transcripts and transcript variants using 5' and 3' RACE. DOI: 10.1007/978-1-60327-369-5_1

熱門文章TOP6:

1、實驗技術丨TEX腫瘤分泌的外泌體與其靶細胞的交流

2、年終丨這樣的醫患關係,還是第一次見(多圖慎入)

3、國家衛計委:醫院控費不得搞「一刀切」

4、於丹:向醫生致敬,請停止對醫生的偽命題綁架!

5、科研乾貨丨2018國自然不用愁,送你一本申請秘籍

6、實驗專欄丨精細實驗步驟get,腫瘤細胞軟克隆實驗

相關焦點

  • 實驗專欄丨石蠟切片和冰凍切片——傻傻分不清楚
    有些做實驗的小夥伴們,對於石蠟切片和冰凍切片處於傻傻分不清楚,今天我們就來介紹一下兩者的實驗步驟和不同點。組織學常規製片技術中最為廣泛應用的方法。石蠟切片不僅用於觀察正常細胞組織的形態結構,也是病理學和法醫學等學科用以研究、觀察及判斷細胞組織的形態變化的主要方法,而且也已相當廣泛地用於其他許多學科領域的研究中。
  • 聯盟理事長視頻專欄
    生物安全基金政策解讀·生物安全基金政策解讀(1)之技術創新丨理事長專欄·生物安全基金政策解讀(2)之理論創新丨理事長專欄·生物安全基金政策解讀(3)之民族復興丨理事長專欄生物多樣性基金政策解讀·生物多樣性基金政策解讀(1)之技術創新丨理事長專欄·生物多樣性基金政策解讀(2)之理論創新丨理事長專欄·生物多樣性基金政策解讀(3)之民族復興丨理事長專欄
  • 實驗專欄丨成骨細胞誘導實驗細節曝光,先睹為快!
    科研工具丨作圖丨實驗丨SCI丨統計分析丨國自然培養器皿表面的明膠包被:為了避免誘導過程中MSCs出現漂浮現象,建議對成骨誘導使用的培養器皿表面進行明膠包被。做實驗,找中洪博元諮詢熱線:400-803-2318
  • 圍觀丨新技能get,疫情期間這樣跟外國人打招呼
    圍觀丨新技能get,疫情期間這樣跟外國人打招呼 2020-03-24 18:42 來源:澎湃新聞·澎湃號·政務
  • 實用英語:Rat race 激烈的競爭
    新東方網>英語>英語學習>語法詞彙>流行語>正文實用英語:Rat race 激烈的競爭 2009-09-10 13:37 來源:美國習慣用語 作者:
  • 實驗專欄丨小鼠腹腔注射,我為什麼總是打不進或出血?
    科研工具丨作圖丨實驗丨SCI丨統計分析丨國自然對新開發藥物療效的研究當中,靜脈注射和腹腔注射是最常見的兩種給藥途徑。而小鼠尾靜脈注射對初學者來說,可能有一定難度,但注射是否成功容易判斷,不會對實驗結果造成影響。而腹腔注射雖然看似簡單,但如果我們沒有掌握注射技巧,常常會遇到液體流出或者內臟出血,導致實驗越來越糟糕。那麼在腹腔注射的實驗中,我們該掌握哪些注射手法和技巧呢,下面就一起來看看。①抓取小鼠,使其腹部朝上頭部略向下垂
  • 實驗專欄丨如何建立大鼠體外循環模型?
    科研工具丨作圖丨實驗丨SCI丨統計分析丨國自然體外循環(cardiopulmonary bypass
  • rat race是「老鼠賽跑」?bee's knees是「蜜蜂膝蓋」?都錯了!
    1.rat race 競爭激烈罐頭菌記得第一次看見rat race這個詞是在理財的初級書籍《富爸爸窮爸爸》,對於人不斷工作還債的生活方式,書籍裡面稱之為「rat race(老鼠賽道)」。rat race的本意其實就是指日常城市生活中,人們或者企業之間的「激烈競爭」。
  • 實驗專欄丨親和層析法純化抗體技術指南來了!
    在多種不同的技術中,親和層析是純化抗體最具選擇性、快速和容易的純化方法。 (請耐心花2分鐘閱讀完本文,建議推薦給小夥伴一起學)親和層析是液相層析方法中選擇性和通用性最好的技術,依賴於蛋白及其配體的可逆性定點結合,如激素與其受體,酶與其底物,抗體與抗原等。
  • Pier66教練專欄丨水下呼吸器尋回及正確的入水姿勢
    上一期Pier66教練專欄中,青蛙為大家介紹了初學潛水,最容易出現的一些問題和應對技巧。
  • 《「光碟」——巾幗在行動》專欄丨(5)踐行光碟行動 弘揚勤儉美德
    《「光碟」——巾幗在行動》專欄丨(5)踐行光碟行動 弘揚勤儉美德 2020-12-03 10:31 來源:澎湃新聞·澎湃號·媒體
  • 【實驗專欄】蛋白檢測篇之GST pull-down
    開設實驗專欄意在為科研人員提供熱門的生物醫藥實驗方法參考,為科研愛好者實驗提供一些相關性參考,以及實驗經驗,以幫助他們更加高效的完成實驗。專欄主要分為基因操作工具、細胞實驗部分、動物模型部分、組織水平部分、分子機制部分和實驗方案範例六大專題。接下來將為大家分享分子機制部分的蛋白檢測篇之GST pull-down。
  • 實驗專欄丨細胞生長緩慢,怎麼破?
    (1)培養細胞人員是否發生增減(2)準備實驗人員是否發生增減(3)實驗人員的準備過程是否規範(4)實驗人員是否接受過系統訓練(5)實驗空間和布局是否過於擁擠2.細胞培養所需材料是否改變?(1)新近購置:是否新添儀器設備?(2)運行狀況:是否設備損壞?(3)擺放位置:正在使用的儀器是否有足夠的擺放空間,是否要移動鄰近的儀器?(4)操作溫度:儀器是否在正常的溫度範圍內運轉,你的樣品是否也需此溫度範圍?
  • 防災減災宣傳周丨防震減災小知識,你get到了嗎?
    防災減災宣傳周丨防震減災小知識,你get到了嗎?進賢縣融媒體中心聯繫方式新聞熱線:85670123投稿郵箱:jx5622461@163.com3071152283@qq.com來源:中國地震局、平安羅源原標題:《防災減災宣傳周丨防震減災小知識,你get到了嗎
  • Genome Biology丨瞿昆組開發單細胞染色質可及性實驗和分析新技術
    責編丨迦漵單細胞測序是指在單個細胞水平上,對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。
  • 美國嘻哈巨星Pharrell Williams推出純素零殘忍護膚品牌Humanrace
    近日,美國嘻哈巨星、時尚達人 Pharrell Williams在社交平臺 Instagram上宣布,推出名為Humanrace的護膚品牌,正式進軍美容行業。Humanrace 作為一家專注於環保和社會影響的護膚品公司,產品以純素、零殘忍為特點。
  • 跟孩子一起做科學實驗受到家長追捧
    如何在紙上寫一封別人看不到的密碼信……隨著一個叫做 「和孩子在家裡做科學實驗」網上專欄受到眾多家長關注,這些問題的答案,正在不少滬上家庭一一被揭曉。在家裡跟孩子一起做科學實驗正成為一種新的寓教於樂的方式。 在白紙上用白醋寫字繪畫,原本並看不出寫了些什麼,但只要用火苗在紙下一烘烤,白醋寫過的痕跡立即變成了咖啡色,顯現出來……這就是家庭小實驗——密碼信。
  • 實驗專欄丨大神教你如何細胞計數
    科研工具| 作圖| 實驗 | SCI |統計分析細胞培養技術中,細胞計數是一項基本功,對於標準化培養條件以及需要精確定量的實驗來說都非常關鍵。關於細胞實驗還有很多問題需要解答,怎麼辦?加入中洪實驗群組,為你排憂解難!
  • 實驗專欄丨檢測細胞毒性實驗對比
    首先我們來看一下CCK8與MTT的實驗原理。CCK-8實驗:實驗原理:全稱為Cell Counting Kit-8,在電子載體1-Methoxy PMS存在的情況下能夠被細胞內脫氫酶還原成水溶性的甲臢染料,生成的(橙黃色)甲臢量與活細胞數量成正比,即顏色的深淺與細胞的增值成正比。
  • 原創·專欄丨黨風廉政建設歷史上的一周(11月16日-22日)
    原創·專欄丨黨風廉政建設歷史上的一周(11月16日-22日) 2020-11-22 12:58 來源:澎湃新聞 政務