堆肥過程中涉及的微生物
在堆肥的不同階段分離出不同的微生物。鑑於堆肥材料的複雜性和所遇到的變化，甚至在同樣的堆肥堆，有相當數量的微生物種類，但是這些研究中通常分離的一些屬。
溫度是決定堆肥中許多微生物分布的主要因素之一。儘管堆肥中的這些微生物通常可以分為中親、耐熱和嗜熱菌群之間沒有明顯的分界線。如果非常大的溫度特性（最小、最佳和最大）考慮到微生物的數量，這些微生物群肯定會相互融合。到目前為止，大多數微生物是中生菌，生長在5到37∞C之間。
儘管許多原核生物能夠在高於90∞C，其中一些60到62∞C接近它們生長的最低溫度，真核生物的上限（最高溫度）接近60倍。廣泛使用的嗜熱真菌的定義是庫尼和愛默生給出的，他們認為一種嗜熱真菌，其最低生長溫度為20∞C或以上，且生長的最高溫度為50℃C以上。這種真菌的最佳溫度在45到50∞C左右。嗜熱菌可以簡單地定義為在高於這些溫度下生長的有機體儘管大多數生命形式都被認為是最大的極限。
真菌的最大值為50±C或以上，但最小值低於20倍。40∞C並緩慢生長，或根本不生長，超過50∞C。這些通常被視為耐熱性，而不是真正的嗜熱者。Crisan10全面回顧了目前解釋熱病的假說。四個這些解釋嗜熱菌在高溫下生長能力的假設仍然是
主要興趣：
一。脂溶性假說認為當細胞丟失時會發生熱死亡
其完整性是由於原生質脂質在高溫下的增溶作用。
2。基本代謝產物的快速再合成假說表明
生長並不是由於酶等不尋常的耐熱代謝物的存在但這是一種特別活躍的新陳代謝的結果，在高溫下，它以等於或大於他們正在被摧毀。
三。大分子熱穩定性假說認為嗜熱菌能夠
產生一些必需的大分子，如酶和其他蛋白質表現出不尋常的熱穩定性。
四。超微結構熱穩定性假設表明嗜熱菌含有一些表現出更大程度熱穩定性的超微結構元素或細胞器比中種皮的類似成分還要多。
有證據支持上述假設；但很難評估假設，因為支持性證據來自於對多種物種的研究文化條件和分析方法的變化。在蘑菇堆肥中，微生物種群的最初活動是吸收可溶的煙囪材料中存在的碳和氮化合物。
這些用完之後，微生物的生長發生在不溶性部分，如纖維素，半纖維素，和蛋白質。27，47值得注意的是，木質素在堆肥。53堆肥過程的後期支持多种放線菌，這可能是觀察到的木質素和纖維素降解的原因。同時，一個一層深棕色的物質通常堆積在稻草表面的外層。這個材料含有各種完整和降解的微生物組分，可能是一種營養來源對於蘑菇菌絲體。
堆肥製備和其他程序的進一步細節在蘑菇栽培中，常和海耶斯都有。