如果大部門不能順利渡過磨合期，不能及時協調矛盾衝突，大部門就有重新分開或曰解體的可能
隨著大部制改革的深化，過去的小部委變成了「超級大部門」的內設機構，使得「超級大部門」的內部組織結構及它們之間的關係更加複雜，對內設機構的運行以及政府職能的實現帶來了巨大的挑戰。
超級大部以後，並非已是萬事大吉
大部制改革實際上是通過部門合併，使部門間利益和權能衝突與協調變為部門內部利益和權能衝突與協調，也就是化部際協調為部內協調的一種方法。隨著部門間利益和權能衝突的減少和部門內部利益和權能衝突的增多，大部制改革使得部內協調的難度加大。
超級大部的成立在某種程度上是為了把大量的協調工作轉到部門內部進行，以減輕部門之間管理和調配人、財、物的利益和權能的負擔，使有限的人、財、物發揮更大的功能和作用，從而提高行政效能。但是，實際上，由於超級大部的內設機構的利益和權能調整常常無法到位，內部管理幅度(部委領導機構與各司局之間、各個司局與處室之間直接管理的機構數量)卻在增加，這些內設機構之間的協調常常變得負擔更重，真正的部門一體化和職能整合往往無法實現。
因為，一項決策落實到超級大部以後，並非已是萬事大吉，還需由超級大部的內設機構也就是部委內各司局甚至處室去具體執行。只有把一項決策落實到了各部委的司局及其處室，部內行政才算基本到位(部外行政是將部委決策落實到社會組織和公民個人)。在這種情況下，主要承擔協調任務的辦公廳等會超負荷運轉，主要表現為公文積壓、機構臃腫和效率低下等。
與此同時，超級大部作為一種多個機構合併後產生的新的組織形式，部內各內設機構需要一個磨合期，才能較好地建立起彼此之間的協作關係。在這個磨合期裡，一個部門內設機構也就是司局之間或者處室之間的矛盾衝突，可能絲毫不亞於原先不同部門之間的矛盾衝突。如果大部門不能順利渡過磨合期，不能及時協調矛盾衝突，大部門就有重新分開或曰解體的可能。
英國在上世紀七十年代進行了大部制改革，成立了一些「特大部門」，但是由於內部協調的困難，這些「特大部門」實際上有很多都沒有形成真正的內聚力。例如，上世紀七十年代中期成立的環境事務部就是由許多部委湊在一起組成的一個龐然大物，但不是一個有機結合的統一體，運行幾年後因內部利益和權能衝突無法得到很好的協調和解決，很快又分開回到了上世紀六十年代的樣子。
超級大部「家務事」多，部長監督和控制的難度加大
大部制改革會增加部門行政首長的管理幅度。由於管理幅度的擴大，分管領導也就是副部長和部長助理協調內設機構之間利益和權能衝突的難度也將越來越大，司局之間矛盾衝突的解決最終還是要依靠部長，這勢必會增加部長的工作負荷，使其因忙於協調部內各司局之間關係，而忽視了與其它部門之間的交流與溝通，甚至會影響中央政府部門之間的協調，也就是部際協調，從而導致以加強機構整合力度和實現中央政府一體化為目標的大部制改革宣告失敗。
例如，英國1976年把交通工作從特大的環境事務部分出來，在一定程度上就是由於認為交通政策沒有受到大臣的有效控制造成的。中國2008年的第一輪大部制改革以後，一些部委下設司局達數十個，部長監督和控制起來十分困難。
少了「上級壓力」，部內協調的成本增加
大部制改革是將政府相同及相近的職能進行整合，歸入一個部門管理，或將一些職能相近或相關的部門整合為一個較大的部門。一方面，超級大部內設機構過多將加劇條塊分割和職能交叉重疊的現象。而另一方面被整合進超級大部的原有各部門，其本身就是在相關職能領域具有較大權能的部門，分部而治時的矛盾衝突不會因為合併進同一個部門而消失，部門內部司局之間或處室之間的利益和權能衝突甚至絲毫不亞於部際之間的衝突。所以，將部際衝突內部化，從另一種意義上只是將外部的協調成本轉嫁到內部，並不意味著內部協調的成本一定比外部協調的成本低。
從2008年以後中央和地方大部門的運行來看，不少大部門的內部人、財、物和信息的協調甚至比合併前更加困難、成本更高。這不僅僅是因為辦公地點的分離、人員的不熟悉、業務的不了解、合併中利益和權能重新分配中的不公平使部門間、人員間有怨氣等造成的，更因為原先的部際協調還有國務院及其分管領導來協調，各部委對本部門的利益和權能不好過多的堅持的「上級壓力」，而現在的大部門內部協調就少了這個「上級壓力」。這對於新一輪大部制改革後的超級大部來講是一個必須十分重視的棘手問題。
「超級大部」可能加劇央地條塊矛盾
大部制改革後出現的「超級大部」可能加大我國中央政府與地方政府之間的條塊矛盾。我國幅員廣闊，條塊結構如果利用得好的話，會收到積極效果;反之，則會產生條塊矛盾。這種矛盾的一種表現就是中央政府各職能部門尤其是中央政府垂直管理部門與地方政府之間的摩擦。
本來，中央政府職能部門之間的牽制是一種權力相互制衡力量。而在實行大部制後，由於比起沒有改革的政府職能部門，超級大部的權能擴大使得這種制衡力量被減少或消滅。這意味著「條條」的管理權能增加。在管理權能一定的情況下，一方權能的增加意味著另一方權能的減少。由此，中央大部權能的擴張會影響地方政府積極性的發揮。此外，超級大部管理權能的增加意味著它能夠用於與地方政府摩擦的潛在能量增加。如果兩者形成一種均勢狀態，雙方摩擦的可能性會更大。
超級大部辦公廳應從部委的「秘書」轉變為「秘書長」
超級大部中的大司局需要大協調。覆蓋部門基本職能的機關越少，司局職能範圍則越寬;司局權力相對擴大，對部內綜合協調能力的要求則相對較高。目前，我國中央政府各職能部門所屬的辦公廳並未承擔其應有的綜合協調職責，只是承擔機關公文、日常工作的協調和督查、政務公開、新聞發布等一些日常管理工作，未被正式賦予整個部委的綜合協調的地位和作用，這和國務院辦公廳未被正式賦予綜合協調的地位是相一致的。因此，中央政府各職能部門所屬辦公廳尤其是超級大部所屬辦公廳並不能站在部門全局的高度，去適應大部制改革後對部內協調提出的新要求。
大部制改革後形成的超級大部應該承擔起雙重責任，既要保持超級大部和其他部門以及社會環境的適應性，也要管理部門內部各內設機構之間的依存性。超級大部所屬的辦公廳無疑是大部制改革後的部門領導擔負其雙重責任的有效抓手。超級大部所屬辦公廳的優勢在於能將行政管理中的協調職能專業化、常態化，它突破了傳統的「一事一協調」、「一時一協調」的限制，強調辦公廳作為綜合協調機構的獨立性和綜合協調機制的長期性，有利於提高部門的綜合治理能力。因此，超級大部所屬辦公廳不再是一個單純的文件和信息的交換中心，更應承擔起協調部內各內設機構的關係和疏通工作渠道的重任。這就要明確超級大部所屬辦公廳的宏觀協調職責，確立其作為部門領導辦事機構的綜合協調中心地位，研究制定跨司局的協調措施、指導督促司局間合作、開展聯合監督檢查等工作，即從部委的「秘書」角色轉變為「秘書長」角色。
構建超級大部內設機構之間的協調機制
隨著超級大部內設機構的增多，協調任務也會不斷增加，各內設機構之間需要一段時間磨合，才能建立良好的合作關係。因而，政府不僅要保證內設機構在一定程度上的獨立性，而且，要構建超級大部內設機構之間的協調機制，進一步減少運轉成本，提高職能行使效率，使政府職能向更適應市場經濟的方向對接。但是，我國中央政府各職能部門內部尤其是超級大部內部現行的協調機制還不夠完善，明晰的協調方式、明確的協調層級尚未確立。
對於我國中央政府而言，除了加強超級大部中辦公廳的宏觀協調職責，還需要加強大部委中財務司和人事司協調其它各內設機構利益和權能的職責。目前，這些司局在內設機構利益和權能的協調職責中所起的作用還很有限。
促進超級大部內部決策權、監督權和執行權的適度分離
就目前的中國政府而言，部內黨組和部務會議本應主要是決策機構，思考和決定部委內部和外部的重大問題，同時也有部分監督、協調職能。可是，如果部內黨組和部務會議把主要精力放在監督、協調職能上，甚至經常直接幹預司局的執行事務，則不利於發揮它主要是決策機構的功能。所以，應該把協調、監督和執行的職能交給辦公廳和各相關司局等機構去承擔。
目前的部長、副部長、部長助理「分管制度」實際上使部內黨組和部務會議成員既要管決策，又要管執行、協調和監督，在實際工作中很多部委領導把大部分精力用於執行、協調和監督職能。這樣，一方面，部委領導整天忙於事務性工作，沒有太多的精力去思考戰略、規劃和政策方面的重大問題，另一方面使下屬部門和機構又陷於有事無權的尷尬境地，嚴重影響部委的整體工作效能。
通過促進大部門內部決策權、執行權和監督權的分離，不僅可將超級大部的領導和領導機構從繁重的執行、協調和監督任務中解脫出來，而且，也將使超級大部從因繁重的執行任務而產生的各種利益衝突中超脫出來，從而加強了其決策權和監督權的實施力度。這樣，既可以使大部門本身得以權能「瘦身」，又可以加強中央政府、中央政府其他職能部門對超級大部權力的約束與監督，也可以促進超級大部各內設機構之間利益和權能協調的實現。
大部制改革要與政府權能的集中與分散改革同步進行
部門的合併常常意味著新的大部門利益和權能的擴大，可是，大部門制如果只是意味著權能擴張的話，實際上就違背了大部制改革的初衷：集權與分權的平衡。所以，大部制改革一定要與政府權能的集中與分散或曰集權與放權改革同步進行。
要達成此項目的，一方面，要促進大部門內部決策權、監督權和執行權的分離，另一方面，要在中央政府整體層面上構建決策、執行、監督適度分離的組織架構。要將原屬於市場、企業、社會和事業單位的職能逐步從超級大部乃至整個中央政府中分離出來，設立專門的執行機構或者劃分給市場和社會，避免因集決策、執行、監督於一身而產生的種種弊端，這也是解決中央政府與地方政府條塊矛盾的重要途徑之一。比如，同一行業中，管政策法規和制度設計，管決策、執行和監督的行政職能保留給超級大部，而管經營和利潤、業務和發展的專業公司、學校、研究機構等獨立為企業和事業單位的安排，就是這種集權與分權的有機結合。
行政管理體制改革是一項系統工程，大部制改革的成功需要依賴一個設置合理、結構科學、運作高效的內部體系的支撐。部門內設機構利益和權能的協調直接影響大部制改革的成效乃至成敗，所以，健全大部門內設機構利益和權能協調的體制和機制應該成為新一輪大部制改革特別關注的重點之一。(作者：施雪華 作者為北京師範大學政治學與國際關係學院二級教授、博導)