利用植物的很小部分器官、組織或細胞，通過培養獲得具有母體基本性狀的新幼株，就稱為組織培養育苗法。菠蘿組織培養的研究在20世紀70年代才開始，現已大面積、廣泛應用於生產上。菠蘿組織培養育苗的主要目的在於提高繁殖係數，大量而迅速地繁殖優良的無性株系，加速良種推廣。
一個冠芽苗在一年半經繼代培養5~7代，可培育出合格苗數千萬株，供1萬~2萬畝種植，短期內滿足大面積發展的需要，且可保證種苗的一致性，植後生長均勻一致，果形和果實大小一致，是高新技術在菠蘿生產應用的成功例子。但據廣東省農業科學院果樹研究所的研究，菠蘿用葉片進行組織培養誘導的新植株變異率較大，這固然為菠蘿新品種培育提供了又一途徑，但生產應用上卻值得關注，用頂端分生組織或幼果薄片也可誘導再生新植株，其變異及種植效果也值得關注。培育步驟如下：
l.材料選取、製備
供組織培養的材料必須來自優良品種、生長健壯、果大形正的植株。可用冠芽莖尖、裔芽、吸芽及植株中部葉片基部的白色部分、幼果果肉組織作為培養材料。廣西認為最好是用剛成熟果實上的冠芽。一般用冠芽中層葉片基部6~8毫米白色部分的葉段，誘導成功率最高。先將材料洗淨，在無菌接種箱中用0.1%升汞消毒材料表面，再用無菌水清洗3~4次，用無菌紗布吸乾材料表面的水分，用消毒過的剃鬚刀片切去材料的邊緣部分後，切成3毫米x5毫米的小塊備用。
2.培養
在嚴格的無菌環境中，用適當的培養基，在適宜的溫度、光照下培養。廣西誘導愈傷組織用MS作基本培養基，附加0.2~1.6毫克的2，4-D和1~2毫克的BA（激動素），蔗糖濃度2%~6%，pH 值5.6~5.8。已滅菌的培養基每支試管接種上述處理好的葉組織塊2~3塊，豎放，一端切口接觸培養基，然後放在培養室中培養。培養室控制溫度在22~30℃，一般保持在25~ 28℃，每天光照10~ 12小時，光照強度1500勒左右。溫度超過35℃或低於15℃均對愈傷組織的誘導不利。若沒有控溫設施，也可在常溫室中培養，但必須在氣溫穩定在25℃以上時才進行，且須有加光設備。培養2~3天後，葉組織切口呈微淺褐色，細胞開始分裂。5~10天後出現粒狀的愈傷組織，呈淺黃色；20~25天愈傷組織增殖最快；30天後愈傷組織增長慢至停止，要及時轉入裝有分化培養基的培養瓶中培養，使其分化出綠苗。
分化培養基仍以MS為基本培養基，不加2，4-D，改加0.1~1毫克的IAA（吲哚乙酸）、IBA（吲哚丁酸）和1~2毫克BA，蔗糖濃度降為2%，pH值5.6~5.8。愈傷組織轉移到分化培養基的培養瓶培育，淡黃色的愈傷組織逐漸變為淡綠色，20天後分化出莖、葉和根，逐漸形成一個完整的新個體，45天左右幼苗已達1~ 1.5釐米，便可出瓶再培育。
3.移苗假植
培養瓶中分化出有根、莖和葉的綠苗後，移出假植繼續培育，是組織培養育苗法能否在生產中應用的又--關鍵。誘導愈傷組織和分化綠苗均在優越的營養條件和人工調控溫度、高溼度、低光照和無菌的環境中進行，組織幼嫩，抗逆性差，移出假植前要煉苗。移出前7~ 10天，把有綠苗的培養瓶移放於有自然散光的室內；移出前3~5天打開培養瓶瓶蓋，使瓶中綠苗逐步適應新的環境。移苗時，將有4~6片葉、葉色濃綠、根多的小幼苗取出，洗淨根部的培養基後，假植於苗箱或苗床中培育，早晚各噴1次培養液。新根長出後每周施肥1次，注意保溼，防陽光直射及防病。
芽苗高6~ 12釐米時，按行株距25釐米x 10釐米再移植1次，經再培養3~4個月，苗高30釐米左右時可供定植。也可把移出的幼苗用容器（如塑膠袋）假植，直接培育成苗。此外，廣西率先引進國外整形素催芽技術，用於菠蘿苗的繁殖，效果良好。其原理是：充分生長的菠蘿植株用乙烯利催花後，受處理植株的生長點由營養生長轉為生殖分化形成花蕾，接著利用整形素（一種人工合成的植物生長調節劑）處理，使花蕾的生殖分化又逆轉為營養分化，誘發出果葉芽、果瘤芽和小冠芽，導致菠蘿果上誘發出不少營養芽。待這些芽苗長大達到定植標準時取用。