來源：《自然-方法學》 2006-10-17 09:09
由微陣列質量控制聯盟完成的正式研究報告，為微陣列晶片被人們接受作為一種臨床診斷和藥物開發的工具，奠定了基礎。
在很多科學圈子裡，微陣列晶片的可靠性已經引發了爭議。儘管一些報告警示大家說，微陣列晶片導致了結果的不一致性，但一些大的研究組發表的幾篇研究報告卻認為，只要設計合理和程序之間協調，微陣列晶片能夠為不同的實驗平臺和實驗室提供始終如一的可靠結果。微陣列質量控制聯盟(MAQC)在九月份的《自然-生物技術》上發表了一套新報告。這套報告尤其直接探討了在質量調控和臨床實踐中使用微陣列晶片的可能性。
對於一個在質量控制實驗室工作的人來說，經常會想起存在於研究部門和質量控制部門之間的爭論。英語單詞「repeatability(可重複性)」或「robustness(耐用性)」在這兩種情況下具體涵義差異很大。那些試圖發現在一些特定生物學情形下基因表達是否出現分化的研究者，與那些利用數據進行病理診斷的臨床醫生或者正試圖裁定一種潛伏期藥理基因組特徵是否能支持新藥安全性的一個仲裁專家委員會相比而言，他們對其所使用數據可重複性的要求，表現得更為寬容的態度。
目前，美國食品藥品管理局(FDA)雖然並不根據基因組數據來進行監管決策，但他們鼓勵那些申報新藥的開發者，在其申請材料中也附上這些基因組數據，這樣做的目的是監管者能夠知曉一些技術性問題，因為監管者最終也將不得不面對這些問題。不幸的是，這些前瞻性的措施除了能提供有關變異性的信息外，在其它方面似乎意義不大。為了啟動制定關於微陣列數據使用的框架性工作，建立起一種有關變異性原因的系統分析方法是必要的。鑑於此，FDA啟動了MAQC項目，參與者包括美國環境保護局，美國國家標準與技術研究所，微陣列實驗平臺、學術研究型實驗室和其它利益方的主要資助者。
運用每一平臺的多重檢測位點，該研究組收集到了一些利用技術進行重複的結果，它們源於六種商業性平臺上的兩種不同的參考性RNA樣品和一種來自美國國立癌症研究所的點狀寡核苷酸陣列平臺。這六種商業性平臺包括Applied Biosystems、Affymetrix、Agilent Technologies、GEHealthcare、Illumina和Eppendorf。
這些試驗結果是鼓舞人心的，因為它們顯示出了在不同實驗室之間平臺內部的高度民主一致性、在微陣列試驗平臺之間高度可對比性以及和其它基因表達方法的高度相關性，比如定量的反轉錄PCR方法。但是，通過設計，這一操作方法並不能在各套數據之間提供一種絕對一致性的測量方法。例如，它利用技術對樣品進行重複後再測定，而這些樣品本來就是不一樣的。很可能，那些在基因表達方面有著更細微差異的「現實」樣品，在一致性方面並不能反應出同樣的水平。不過，這些數據系列很好地表現出了該技術平臺的特徵。
這項研究特殊性的另一種反應就是對於數據分析運算法則方面的考慮。這些研究者喜歡使用一種直接方法，他們根據其表達倍數的變化來對基因進行分級，並有著非顯著性的P值減少，這種統計學分析最不可能適用於那些專注於發現基因標籤的研究。但是，當這一方法用於確保一個已有基因標籤的可重複性時，比如運用於診斷裝置，它的使用效果很好。正如Affymetrix公司的Janet Warrington所言，「如果你要做的是發現性的工作，你就想觀察到每一件東西。但如果你正在開發一種診斷性的標籤，在你運行試驗時你最終想做的事情就是找到新東西。」
但是，對MAQC操作在監管方面進行設計調整，並不意味著它對於研究申請來說毫無意義。相反，它已經提供了一種獨一無二的機會，例如，為總體質量評估評價出外部RNA控制來。最重要的是，人們目前可得到一大套數據，還包括參考樣品，之所以這樣選擇是因為它們的製造商已經保證幾年內都可以提供這些同樣的特定批次。運用這些工具，人們可以在一個較以前更好的尺度內進行性能方面的對比研究。
這裡建議，對於有關問題也可以參閱發表在九月份的《自然-生物技術》上的一些其它相關的研究報告。
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