複製人戰爭期間，複製人軍隊被部署到整個星系。那麼，在第66號令和銀河共和國衰落之後，他們去了哪裡呢？
複製人軍隊首次出現在《星球大戰前傳2：複製人的進攻》中，他們在抑制分裂主義運動的戰爭中發揮了重要作用。他們與絕地一起並肩戰鬥並建立了友誼，但最終，所有複製人都被西斯植入的一種行為矯正生物晶片所控制，並被迫執行帕皇的命令。
最後，在《星球大戰前傳3:西斯的復仇》中，他們成為帕皇徵服整個星系，消滅絕地教團的關鍵力量。
複製人軍隊是在分裂主義運動開始之前組建的，當時，絕地大師賽福-迪亞斯認為星系很快會陷入衝突，確保共和國安全的唯一方法，是組建一支忠於絕地和委員會的軍隊。但是，絕地委員會根本不認同他的觀點，並最終將他逐出了委員會。
賽福-迪亞斯決心執行自己的使命，於是，他在未獲得委員會授權的情況下，瞞著銀河議會委託卡米諾人開始組建複製人軍隊。西斯發現這是個機會，派人殺死了賽福-迪亞斯，並由達斯·泰倫努斯接管了該計劃，而卡米諾人對此並不知情。
西斯控制複製人軍隊後，每個複製人都被植入了一個晶片，以確保在時機來臨時，他們會聽從帕皇的命令。因此，複製人幾乎不可能反抗第66號令，但他們的遺傳密碼也以其它方式進行了修改。
所有複製人都變得缺乏自主性，並比他們的基因原型賞金獵人詹戈·費特更具侵略性。最重要的是，為了確保他們可以更快進行戰鬥，並不斷為軍隊提供補給，他們的老化過程被大大加快。因此，在複製人戰爭後不久，他們就都被報廢或遺棄了。
在第66號令消滅整個星系間的絕地，帕皇成為皇帝後，帝國對複製人軍隊的需求大大減少。在帝國統治的前幾年，他們還充當了暴風兵，但最終，克隆計劃被終止，帝國開始招募普通人類加入軍隊。由於老化被加快，剩下的複製人被認為不適合參加軍事行動，因此被報廢。
其中，有少量複製人負責為帝國訓練新兵，但也有一些複製人打破了自身的程序設計，參加了復興共和國的運動。在《星球大戰：義軍崛起》中，就有一名叫做雷克斯的複製人加入了反叛軍，甚至參加了恩多戰役。
不過，他只是個特例，曾在第66號令期間暫時反抗了編程命令。另一群複製人被稱為「殘次品」，在複製人戰爭後的數年中，他們一直充當僱傭兵，但卻不再被政府使用。
到最初的星戰三部曲開始時，大多數以詹戈·費特為原型的複製人都已經死亡，並在《星球大戰7：原力覺醒》時完全滅絕，這時離前傳三部曲已經過去幾十年時間。
複製人軍隊本就是為戰爭而生，他們最初忠於共和國，後來被迫服務於帝國。他們被大量生產，而後即被遺棄，因此，他們的命運非常悲慘，但這也是他們的宿命。
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