明代朱元璋當朝時，南京的內城和外城的城門是裡十三、外十八，當時的仙鶴門就是外十八的一個門。據專家考證，仙鶴門原址位於仙鶴門南街、仙鶴門北街之間，即現在仙林大學城西邊的仙鶴茗苑後門道路與城郭相交的右側。
那麼仙鶴門的名字是怎麼來的呢？當地一直流傳著「仙鶴降臨」的美麗傳說。從前，此地有個山，山狀象仙鶴的形狀，山是南北走向，南北是仙鶴的兩隻翅膀，南北的中間處是仙鶴的肚子，山上有一個廟，廟的形狀象仙鶴的頭。人們就把這座山叫做仙鶴山，就是現在的仙鶴觀。
那時，廟裡住著一個老道士，在廟的南面約一裡處有一個門，這個門旁還放著一塊大青石，這青石面有賣肉的案板那麼大，上面刻的字和圖案有紅黃藍黑等好幾種顏色，還有一個大蝦子。據說這個青石是一個「變寶肥子」，這個門是進寶門子。每年的大年初一早上，總有一隻仙鶴飛來。這隻仙鶴在這個門口叫兩聲，飛到仙鶴觀叫兩聲，而後又飛門上叫兩聲，寓意著老百姓吉祥如意，美好幸福的日子，後來人們就將這個門叫做仙鶴門。仙鶴門若存於今，已有六百二十多年的歷史了。
明代青石精雕仙鶴門鼓一對