今天通過一個案例，介紹SwissDock的操作。
這裡以人類雄激素受體（androgen receptor）與醋酸環丙氯地孕酮（cyproterone acetate）的分子對接為例，示範該平臺的使用。
（1）從RSCB PDB 資料庫(https://www.rcsb.org/)下載androgen receptor的晶體結構文件2OZ7.pdb, 該文件是androgen receptor與cyproterone acetate結合後的晶體結構。
（2）用Pymol軟體移去2OZ7中的配體分子和水分子，保存為2OZ7_protein.pdb.
操作步驟如下:
打開文件：
選擇配體：
移去配體：
選擇並移去水分子：
保存文件：
（3）從PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下載cyproterone acetate的sdf文件
（4）用OpenBabel軟體將其轉化為mol2格式，保存為cyproterone_acetate.mol2
（5）在SwissDock網站(http://www.swissdock.ch/)分別上傳靶蛋白和小分子的結構文件，輸入該工作的命名2OZ7，點擊submit. 見下圖：
(6) 約10分鐘，對接結束，出現以下界面：
點擊「here」, 進入結果頁面如下。其中每行是小分子的一個pose,點擊每行前面的「show」，就出現該小分子以該pose與蛋白的結合圖。見下圖。
也可以下載結果文件，見下圖：
跟著操作一遍, 你就會作了哦~
參考文獻：
1. Grosdidier A, Zoete V, Michielin O., SwissDock,a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS. Nucleic AcidsRes. 2011 Jul;39(Web Server issue):W270-7.
2. Grosdidier A, Zoete V, Michielin O.,Fast docking using the CHARMM force field with EADock DSS.J Comput Chem. 2011 Jul 30;32(10):2149-59.J Comput Chem. 2011 Jul 30;32(10):2149-59.