據後來研究牛頓的學者統計，牛頓一生中用在化學方面的時間加起來超過10年。在現在的化學方程式中所使用的加熱符號都是鍊金術中表示火的符號「△」。化學就是從鍊金術演變來的。可見，說鍊金術是化學的前身一點也不過分。其實試圖把化學從鍊金術中分離出來的就是牛頓，因為他曾經寫過一本名叫《化學》的書。
牛頓生前也留下了上千萬字的鍊金術手稿，有些科學史家認為，牛頓對鍊金術的興趣完全是出於抽象的哲學和宗教目的，由於同鍊金術沾上了邊兒，這讓牛頓在科學界的聲譽蒙受玷汙。牛頓作為一個科學家，探索科學是他的愛好。他研究數學，人們稱他數學家；他研究自然哲學，人們稱他物理學家。但為什麼他研究化學有的人就叫他魔法師、鍊金術士呢？其實事實是這樣的，在17世紀，鍊金術和化學摻雜在一起，因為這時的化學還沒有從鍊金術中脫離出來，一個人要想研究化學而不接觸鍊金術是不可能的。因為沒有人可以找出一本17世紀的沒有鍊金術內容的化學著作。而牛頓對於化學充滿了求知慾，所以他像研究數學、物理那樣去研究化學，而可以供他參考自學的書只有鍊金術著作，所以他不得不選擇鍊金術。如果當時的化學是獨立於鍊金術的話，那麼他難道會放著理性的化學不去探索反而去學那些神秘的鍊金術？別人不敢說，至少牛頓不會。因為牛頓做事向來一絲不苟，嚴謹是他的作風。
在歷史上，一些最為偉大的科學家不僅相信鉛變金的可能性，而且還認為一些現在被當作超自然學說，如佔星術和預言能力的思想是真實的。就牛頓的鍊金術而言，一方面，與江湖鍊金術士關心造金形成對照的是，牛頓最感興趣的則莫過於毀金。在他的工作中，鍊金術實驗最終是否成功，不是按照造金的標準而是按照毀金的標準來進行判斷的。另一方面，牛頓的鍊金實驗本質上是一種精神上的關注，因為牛頓持有非正統的基督教觀點，他是反三位一體論者，認為基督是上帝創造的凡人而不是上帝的化身，所以他也認為超自然思想是真實的。此外，牛頓對一些神學書中的聖經預言也感興趣。在科學革命時期，自然哲學並沒有統一的範式，幾乎每一位卓越的自然哲學家都有其自身的思想體系，有其自身的自然哲學體系。
同樣，當時的鍊金術研究也沒有統一的傳統或範式。如果牛頓在其鍊金術著作中持有強烈的宗教觀點，這也許沒什麼令人感到驚訝的。牛頓涉獵於化學的所有主要分科，包括他在化學技術、冶金術方面的所有著作及其在鍊金術方面的研究，這些都會對他在其他方面的興趣提供了一種更加平衡的、自認為更加合理的觀念。一些歷史學家一直不願意對牛頓的鍊金術正眼相看，並對牛頓鍊金術一定與其公開闡述過的物質理論存在著內在聯繫這種見解嗤之以鼻。事實上，牛頓是將鍊金術當作一個至關重要的砝碼，以填補古代與當時原子論的種種不足之處。而這些不足之處涉及內聚性與活性，生命與生長以及上帝的支配與庇佑。而他對鍊金術、神學、形上學以及觀測方面的探索，促使他逐漸形成了他對於物質的性質以及同物質相關的種種動力的最後結論。
牛頓早期的實驗是以波義耳理論為基礎的，也許，其中還有麥可·美爾的影響，旨在從各種金屬中提取汞。他曾用不同方法提取汞，還曾用更高級的鍊金術方法做過馬爾斯星塊，即鐵製銻塊的實驗。牛頓在鍊金術中還碰到了另一個與機械哲學水火不相容的概念。機械哲學堅持物質的慣性，因而只有機械學原理決定其運動。而鍊金術認定物質中存在活性成分，它是自然想像的主要作用因素。特別是它認定存在一種活化劑，點石成金，這就是鍊金術的目標。牛頓從事鍊金術研究，其動機絕不在於煉得黃金，事實上，這種動機與他從事力學、光學、天文學研究的動機並無分別，即了解物質與自然之謎並以此「更好地侍奉上帝」。因此，應該將牛頓的鍊金術手稿性質解釋為牛頓的化學。因為當時尚缺乏適用的化學語言，因而，牛頓借用鍊金術語言表述其化學思想。
牛頓的出發點是對的，只有對物質本身的組成和變化規律進行研究，才有可能揭示光和萬有引力的本質。萬有引力產生的原因到今天也沒有解決，在牛頓時代更不可能解決上述問題。雖然牛頓在長期開展鍊金術研究中一無所獲，但牛頓鑽研科學問題的精神值得我們學習。我們不難相信，牛頓憑他驚人的精力和卓越的才華。牛頓完全可以靠一部《化學》，躋身於科學史上著名的化學家的行列。