在原核生物中，當RNA聚合酶的δ亞基發現其識別位點時，全酶就與啟動子的-35區序列結合形成一個封閉的啟動子複合物。由於全酶分子較大，其另一端可在到-10區的序列，在某種作用下，整個酶分子向-10序列轉移並與之牢固結合，在此處發生局部DNA12-17r 的解鏈形成全酶和啟動子的開放性複合物。在開放性啟動子複合物中起始位點和延長位點被相應的核苷酸前體充滿，在RNA聚合酶β亞基催化下形成RNA的第一個磷酸二酸鍵。RNA合成的第一個核苷酸總有GTP或ATP，以GTP常見，此時δ因子從全酶解離下來，靠核心酶在DNA鏈上向下遊滑動，而脫落的δ因子與另一個核心酶結合成全酶反覆利用。
真核生物轉錄起始十分複雜，往往需要多種蛋白因子的協助，已經知道，在所有的細胞中有一類叫做轉錄因子的蛋白質分子，它們與RNA聚合酶Ⅱ形成轉錄起始複合物，共同參與轉錄起始的過程。
真核生物基因中，有專門為蛋白質編碼的基因，這些基因由RNA聚合酶Ⅱ負責進行轉錄起始關鍵性作用。根據這些轉錄因子的作用特點可大致分為二類；第一類為普遍轉錄因子它們與RNA聚合酶Ⅱ共同組成轉錄起始複合物，轉錄才能在正確的位置上開始。普遍轉錄因子是由多種蛋白質分子組成的，其中包括特異結合在TATA盒上的蛋白質，叫做TATA盒結合蛋白，還有至成一組複合物叫做轉錄因子ⅡD。TFⅡD再與RNA聚合酶Ⅱ結合完成轉錄起始複合物的形成。
除TFⅡD以外，在細胞核提取物中還發現TFⅡA，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它們在轉錄起始複合物組裝的不同階段起作用，像TFⅡH就有旋轉酶活性，它可利用ATP分解產生的能量，介導起始點雙螺旋的打開，使RNA聚合酶得以發揮作用。從中也不難看出真核細胞中基因轉錄的起始是基因的表達調控的關鍵，這麼多蛋白質分子之間相互作用，以及這些蛋白質分子DNA調控無件相結合，構成控制基因轉錄開始的複雜體系。