孟德爾的雜交實驗實際上包含了兩種交配方式：一種交配方式稱為雜交，另一種交配方式稱為自交。
雜交一般指兩個具有不同基因型品種或類型的個體間雌雄配子的結合。自交是指同一個體或不同個體但為同一基因型的個體間雌雄配子的結合；此定義比植物學的定義廣，植物學自交特指自花傳粉。植物學的自花傳粉即遺傳學上的自交；但植物學的異花傳粉包含遺傳學上的雜交和自交。
在植物有性雜交中，把接受花粉的植株叫作母木，用符號「♀」表示；供給花粉的植株稱為父本，用「♂」表示。父母本統稱為親本，用「P」表示，雜交符號用「x」表示，自交符號用 「⊗」 表示，雜種一代用「F1」表示,雜種二代用「F2」表示，以此類推。
如果在做雜交時，父母本相互交換，這在遺傳學上稱為互交（正反交）。例如，現有兩個親本，用P1和P2表示。第一個雜交實驗♀P1 XP2♂，第二個雜交實驗P1♂X P2♀，即第一個雜交實驗P1為母本，而P2為父本；第二個雜交實驗P1卻作為父本，而P2作為母本。前一個雜交組合稱為正交, 後一個雜交組合稱為反交，兩個雜交組合就叫互交。互交實驗結果是否一致可以推斷控制性狀的基因是細胞質基因還是細胞核基因。正反交結果一致說明控制性狀的基因是核基因；不一致說明控制性狀的基因是細胞質基因。當核基因分為常染色體基因（位於常染色體上的基因）和性染色體基因（位於性染色體上的基因）時，兩種基因控制的性狀也可以通過互交實驗加以區別，互交結果一致說明控制性狀的基因是常染色體基因；不一致說明基因為性染色體基因。
雜交親本一般應選用純合子，即基因型純合的個體。玉米屬於異花傳粉作物，一般情況下都是雜合子。為了獲得純合的個體，讓玉米植株通過多次自交，就可得到幾乎是基因型純合的個體，我們稱為自交系，它可作為配製雜種的親本。
自交方法基本同雜交方法。不同的是：雜交是兩個不同自交系間個體的交配，而自交是同一自交系內個體（包括同一個體）的交配；雜交的目的是獲得雜合的個體；而自交的目的是獲得純合的個體；雜合個體可產生多種不同的配子，後代中出現分離現象，純合個體只產生一種配子，後代只有一種基因型，後代中不出現分離現象，且表型與基因型都相同。