Nat Methods:一種可對人類基因組數據可視化分析的新型工具-Epivizr

2014年8月11日 訊 /生物谷BIOON/ --近日，刊登在國際著名雜誌Nature Methods上的一篇研究論文中，來自馬裡蘭大學的研究人員通過研究開發了一種基於網絡的新型工具，其可以使得研究者對來自高通量基因組試驗中的大量數據進行快速比對和分析。

新一代的測序技術給功能基因組學的研究帶來了革命性的飛躍，其是理解健康和患病個體細胞功能機制的關鍵，也是開發一系列疾病比如癌症等療法的鑰匙；為了瀏覽檢索到整個基因組資料庫，一系列的圖形接口工具就必須表現出來自基因組瀏覽器的是信息，而名為Epivizr的新型工具久違基因組瀏覽器數據的獲得提供了一定的基礎，其可以幫助科學家們整合一些開放資源的分析軟體。

研究者Hector Corrada Bravo教授表示，此前的工具均限制了數據的可視化和傳播功能，而本文中新型工具Epivizr就是基於生物傳導的基本結構，其為研究者們提供了新一代的測序技術，比如ChIP-seq，其用於分析蛋白質和DNA之間的作用；RNA-seq，其可以提供細胞內大量RNA的信息以及對DNA進行甲基化分析。

這項研究中，研究者利用Epivizr工具對結腸癌患者機體的DNA甲基化以及基因表達的數據進行了可見分析，結果發現，相比正常模式來講，DNA甲基化模式的改變和一系列人類惡性腫瘤的發病直接相關。研究者表示，我們對結腸癌的樣本進行分析後發現了DNA甲基化改變的一致性區域，而且在其它類型癌症中也發現了相似的DNA甲基化區域出現的基因表達信息。

最後，Corrada Bravo教授表示，新型工具Epivizr的開發可以幫助生物醫學家們得到大量的基因組學數據，並且對其進行分析研究，來開發新型治療人類疾病的療法。（生物谷Bioon.com）

Epiviz: interactive visual analytics for functional genomics data

Florin Chelaru, Llewellyn Smith, Naomi Goldstein & Héctor Corrada Bravo

Visualization is an integral aspect of genomics data analysis. Algorithmic-statistical analysis and interactive visualization are most effective when used iteratively. Epiviz (http://epiviz.cbcb.umd.edu/), a web-based genome browser, and the Epivizr Bioconductor package allow interactive, extensible and reproducible visualization within a state-of-the-art data-analysis platform.