生物物理所發表RNA剪接複合體核心組分snRNP組裝機制的重要研究成果

2020-12-06 中國科學院大學新聞網

 

2016年11月10日,Genes & Development雜誌在線發表了中國科學院生物物理研究所許瑞明研究組許瑞明系中國科學院大學崗位教授、博士生導師)關於剪接複合體核心組分snRNP組裝機制的研究進展,文章題為:「Structural basis for snRNA recognition by the double-WD40 repeat domain of Gemin5」。

前體mRNA剪接是一個高度動態的複雜過程,隨著剪接反應的進程剪接體複合物隨之重組和解離。剪接體組裝的基石是5種富含尿嘧啶的小核核糖核酸-蛋白質複合物(U1,U2,U4/ U6和U5 snRNP),它們的核心分別由各自的小核RNA (snRNA)以及結合在其保守Sm序列上的七個不同Sm蛋白所組成。snRNP的正確組裝是RNA剪接複合體形成的必要前題,然而其中的分子機制並不清楚。

在體內,snRNP的組裝需要SMN複合物的參與。SMN複合物中的SMN和Gemin2結合Sm蛋白,Gemin5結合snRNA。目前關於後者的機制認識缺乏,揭示Gemin5與snRNA的作用方式和識別特徵,對於全面了解SMN複合物介導snRNP組裝的分子機制具有重要意義。

許瑞明研究組通過體外生化實驗確定了Gemin5與U4 snRNA的結合區域,並解析了1.9 Å解析度的Gemin5蛋白N端與snRNA底物的複合物晶體結構。結構顯示,Gemin5蛋白N端形成雙7葉β-螺旋槳狀WD40結構域,橫跨這兩個WD40頂端的連續的鹼性區域結合了U4 snRNA中Sm序列的前六個鹼基。研究還發現緊鄰Sm序列5』端的一個腺嘌呤對於蛋白的結合也起到重要作用。針對相關胺基酸殘基和鹼基的一系列定點突變實驗結果驗證了Gemin5與snRNA之間的序列特異性結合模式,並提示了介導兩者相互作用的關鍵因素。

由於WD40結構域是近年來鑑定的新型RNA結合蛋白,因此這項工作的另一個重要意義在於首次揭示了串聯WD40結構域RNA之間直接的相互作用方式。

本項工作由國家自然科學基金、北京市自然科學基金、中國科學院戰略先導專項基金(B類)資助完成。許瑞明研究組的助理研究員金文星、中國科學院大學博士生王奕、副研究員劉超培為文章的共同第一作者。許瑞明研究員和王明珠副研究員為本文的共同通訊作者。

 圖示:Gemin5蛋白N端WD40結構域與U4 snRNA的複合物晶體結構。(A) Gemin5與包含Sm基序的短區域相結合。(B) Gemin5蛋白的雙WD40結構域識別Sm基序及其5』端A鹼基。(C) SMN複合物介導snRNP組裝的分子模型。

相關焦點

  • 生物物理所揭示RNA剪接複合體核心組分snRNP的組裝機制
    生物物理所揭示RNA剪接複合體核心組分snRNP的組裝機制 2016-11-22 生物物理研究所 語音播報   11月10日,《基因與發育》(Genes & Development)雜誌在線發表了中國科學院生物物理研究所許瑞明研究組關於剪接複合體核心組分
  • 非編碼RNA之snRNA和snoRNA最新研究進展
    同時,該研究發現與mRNA的表達主要受啟動子調控不同,二級結構穩定性是snoRNA表達調控的重要機制。該研究是對snRNA和snoRNA在人腦進化中作用的多物種系統性研究,對於探尋人腦認知功能的分子調控機制具有重要意義。
  • 施一公研究組在《科學》發表論文報導剪接體組裝過程重要複合物U4/...
    Spliceosome Assembly and Catalysis),報導了釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)剪接體組裝過程中的一個關鍵複合物U4/U6.U5 tri-snRNP高達3.8埃解析度的冷凍電鏡結構,並在此基礎上分析了剪接體的組裝機制,為進一步理解剪接體的激活及前體信使RNA(pre-mRNA)剪接反應的催化機制提供了重要分子基礎。
  • 科學家解析外顯子拼接複合體作用機制
    來自麻省大學醫學院的研究人員全面分析了一種對於真核細胞轉錄剪接十分重要的複合物:外顯子拼接複合體(exon junction complex,EJC),並研究了相關
  • 奮鬥在RNA剪接體的研究之路
    研究表明,30%的人類遺傳紊亂以及多種癌症均與某些基因的錯誤剪接、剪接體蛋白組分的突變以及剪接體的錯誤調控有關。然而,剪接體催化過程中不同構象高解析度結構的缺失嚴重限制了人們對剪接體工作機制以及RNA剪接的分子機理的理解。因此,對於剪接體以及RNA剪接通路上各複合物結構的研究,是真核生物生命活動最基礎的研究工作之一,也是當今世界最富有挑戰性、最亟待解決的課題之一。
  • 生化細胞所揭示mRNA出核複合物TREX的組裝和招募分子機制
    12月7日,國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表了中科院上海生命科學研究院生化與細胞所程紅研究組題為Aly and THO are required for assembly of the human TREX complex and association of TREX components with the spliced
  • Nature:針對RNA轉錄和剪接的新觀點!磷酸化調節著RNA聚合酶II對不...
    2019年8月17日訊/生物谷BIOON/---細胞通常產生區室來控制重要的生物功能。細胞核就是一個很好的例子;它被核膜包圍著,容納著基因組。然而,細胞還含有未被膜包圍的較為短暫存在的封閉室,就像水中的油滴。在過去兩年中,這些稱為液滴狀「凝聚物(condensates)」的封閉室已越來越多地被認為是控制基因的主要參與者。
  • 介紹施一公研究組RNA剪接研究取得的重大成果
    清華大學舉行新聞發布會介紹施一公研究組RNA剪接研究取得的重大成果清華新聞網8月23日電(記者 王 蕾)8月23日上午,清華大學在主樓接待廳召開新聞發布會,介紹日前生命科學學院施一公教授研究組關於RNA剪接研究取得的重大成果。
  • 研究揭示RNA剪接新機制
    研究揭示RNA剪接新機制 作者:小柯機器人 發布時間:2019/9/5 15:57:49 美國科羅拉多大學安舒茨醫學校區Rui Zhao研究組與加州大學洛杉磯分校的Z.
  • PNAS:研究發現新蛋白複合體控制異染色質化介導的RNA加工機制
    regulates RNA processing of intronic heterochromatin-containing genes in Arabidopsis為題的研究論文,在線發表在PNAS上。
  • 施一公等報導釀酒酵母剪接體處於完成RNA剪接後構象的高解析度電鏡...
    這篇題為《釀酒酵母「催化後剪接體」的結構》(Structure of the Post-catalytic Spliceosome from Saccharomyces cerevisiae)的論文報導了釀酒酵母剪接體呈現RNA剪接反應完成後狀態(定義為「P複合物」)、整體解析度為3.6埃的三維結構,首次展示了pre-mRNA中3』剪接位點的識別狀態,該結構為回答RNA剪接反應過程中pre-mRNA
  • 生物物理所合作研究揭示microRNA生成過程中的重要分子機制
    因此,miRNA的功能及其自身的生成與調控機制一直都是生物醫學研究熱點。具有功能的miRNA是由一條包含一個頸環結構的更長轉錄本(又稱pri-miRNA)經過兩步切割反應而產生。第一步切割反應在細胞核內進行,由Drosha/DGCR8複合物催化完成,其中Drosha為III型RNA切割酶,是核心催化組分,DGCR8為雙鏈RNA結合蛋白,負責招募pri-miRNA底物。
  • 施一公研究組發文報導釀酒酵母剪接體處於完成RNA剪接後構象的高...
    施一公研究組發文報導釀酒酵母剪接體處於完成RNA剪接後構象的高解析度結構清華新聞網11月18日電 11月17日,清華大學生命學院施一公教授研究組在《細胞》(Cell)期刊再次發表剪接體結構與機理的最新研究成果。
  • 【科技前沿】陳玲玲等發表lncRNA綜述論文,詳述lncRNA的轉錄、剪接...
    中國科學院分子細胞科學卓越創新中心(生物化學與細胞生物學研究所)陳玲玲研究組長期從事長非編碼RNA生物學研究,發表了一系列長非編碼RNA重要研究成果。中國科學院分子細胞科學卓越創新中心(生物化學與細胞生物學研究所)陳玲玲研究組長期從事長非編碼RNA生物學研究,發表了一系列長非編碼RNA重要研究成果,其中包括4篇 Cell 論文:兩篇lncRNA論文和兩篇circRNA論文,本文重點介紹其中的兩篇lncRNA論文。
  • 《科學》:施一公團隊揭示剪接體的複合結構以及催化機制
    mRNA剪接是基因轉錄以及蛋白質翻譯過程的關鍵一環,其中mRNA前體(pre-mRNA)的剪接是通過剪接體(spliceosome)實現的。剪接體是一種十分活躍的核糖核蛋白 「機器」 ,在每個剪接循環中,剪接體都要經歷四個連續的階段:組裝、活化、催化和拆卸。
  • Nature:從結構上揭示MHC-I肽組裝複合體篩選蛋白片段機制
    2017年11月16日/生物谷BIOON/---如今,社交媒體幫助我們跟上時事。由於我們無法同時處理大量的信息,神經網絡僅提取我們需要知道的信息。我們體內的細胞以一種類似的方式運作:在抵抗寄生蟲、病毒甚至癌症的過程中,一種被稱作MHC-I肽組裝複合體(MHC-I peptide-loading complex)的分子機器選擇對免疫系統很重要的蛋白片段。
  • 中國科大在染色質重塑SWI/SNF與INO80複合體結構研究中取得重要進展
    中國科學技術大學蔡剛教授課題組利用冷凍電鏡技術,解析了染色質重塑SWI/SNF與INO80複合體及其不同核小體結合狀態複合物的三維結構,揭示了SWI/SNF與INO80複合體共有的肌動蛋白(Actin)和核肌動蛋白相關蛋白(Arps)組成的Actin/Arp模塊作為構象調控的分子開關,調控核小體結合及可能調節重塑核小體活性的分子機制,相關研究成果近日分別在國際權威雜誌《Protein
  • Cell Rep:上海巴斯德所等FOXP3蛋白複合體組裝研究獲進展
    6月14日,國際學術期刊《細胞》子刊Cell Reports在線發表了由中科院上海生命科學研究院生化與細胞所、中科院上海巴斯德研究所與美國賓夕法尼亞大學醫學院研究人員合作完成的研究論文Structural and Biological Features of FOXP3 Dimerization Relevant to Regulatory T Cell Function。
  • Nature、Science和Cell三大期刊低溫電鏡解析蛋白結構重大研究
    剪接體是一種由RNA和蛋白質組成的用於切掉mRNA前體中內含子的分子機器。該研究解析的U4/U6.U5 tri-snRNP是構成剪接體的一個重要組成部分,研究人員利用單顆粒冷凍電鏡獲得了人類U4/U6.U5 tri-snRNP的三維結構,該複合體分子量達到180萬道爾頓,解析解析度達到7埃。
  • 我科學家首次展示RNA剪接「分子時鐘」精確的原子模型
    西湖大學生命科學學院施一公教授研究組就剪接體的機理與結構研究於《科學》雜誌以長文形式再次發表研究成果。該結構是目前報導的最高解析度的剪接體結構,首次展示了剪接體狀態轉變過程中的「動力驅動」蛋白——ATP水解酶/解旋酶Prp2及其激活因子Spp2催化其重塑的結構基礎,為理解剪接體激活重塑的分子機理提供了迄今最清晰的結構信息。每種生物的行為、語言、思考等一切生命活動都是由基因所控制。