我們已經對宇宙的歷史和地球生命的起源有了一些了解，這對理解我們人類的歷史是有很大幫助的，因為這解決了一個根本問題就是我們不會再糾結到底是先有雞還是先有蛋的問題，也不會再糾結到底是不是有上帝的問題了。
要討論人類的起源和演化，首先必須理解兩個重要的工具，就是達爾文的進化論和分子生物學（分子遺傳學）的基本情況。另外還要對物種的概念有所了解，以便在討論的時候把我們和我們的近親明確的區分開來。
說到進化論，可以說是最能激起人們激烈辯論的一個理論，反對者對之深惡痛絕，而擁護者堅信不疑。反對者主要來自神創論和外星文明創造說的擁護者，而擁護者則都是科學界人士和無神論者。進化論的論點很簡單，只有兩個部分。第一物種是可變的，生物是進化的。這個理論已在遺傳學上得到驗證，遺傳基因複製的不準確是變異的原因，這個理論說明任何物種都不是一成不變的，而神創論則認為神當初創造人時是什麼樣子，我們就一直保持這個樣子了。第二是認為自然選擇是生物進化的動力。而且進化是在環境壓力下在物種種群內發生的，只有那些適應環境的變異才會在種群中保留下來，概括起來就是物競天擇、適者生存。達爾文發表進化論的觀點不過才150多年的時間，開始時雖然受到了神創論者特別是基督教的極力反對，但隨著科學的發展和很多後來者不斷的補充相關證據，現在不相信進化論已經好像不相信地球圍繞太陽旋轉一樣荒謬了。也說明我們對自身存在的理解達到了一個更高的水平。認識自我本身就是文明發展的一個標誌。
以前研究人類的起源和演化都是根據考古學的發現進行的，分子遺傳學實現了根據當代人的基因所記錄的遺傳信息追索人類的演化的方法，通過這個辦法並結合考古的發現，我們已經能夠準確地追蹤到大約10-15萬年以來智人的分布和演化情況。
說到智人，就必須說明物種的概念了。生物學家把所有生物劃分成不同的「物種」。而所謂屬於同一物種，就是它們會彼此交配，能夠產出下一代。例如馬和驢，雖然有共同的祖先，也有許多類似的身體特徵，也能夠交配，但它們彼此卻是缺少性趣，就算刻意讓它們交配，產出的下一代會是騾，而不具有生育能力。因此，驢的DNA突變就不可能會傳給馬這個物種，馬也不會傳給驢。於是，我們認定馬和驢屬於兩個不同的物種，各有各自的演化路徑。
物種的上一個分級是屬，代表從同一個祖先演化而來的不同物種。例如獅子、老虎、豹和美洲豹，雖然是不同物種，但都是「豹屬」。許多屬還能再歸類為同一科，例如貓科（獅子、獵豹、家貓）、犬科（狼、狐狸、豺）、象科（大象、長毛象、乳齒象）。同一科的所有成員，都能追溯到某個最早的雄性或雌性祖先。例如所有的貓科動物，不管是家裡喵喵叫的小貓或是草原上吼聲震天的獅子，都是來自大約2500萬年前的某頭祖先。至於智人，根據生物學的分類，是屬於靈長類、人科、人屬、智人種。
「南方古猿」是距今約550-130萬年前生活在非洲的人科動物，目前已經滅絕。大約200萬年前，這些遠古人類有一部分離開了家園而踏上旅程，足跡遍及北非、歐洲和亞洲的廣大地帶。因為環境的不同，因此人類也開始朝著不同方向進化。在歐洲和西亞的人類成了「尼安德特人」，意為來自尼安德谷的人。至於在東方的亞洲，住的則是直立人，一共存續了將近200萬年，是目前所知存續最久的人類物種，在中國已經發現的直立人有元謀人，藍田人，北京人，和縣人，鄖縣人，沂源人，廟後山人，湯山人等。我們曾經認為中國人都是這些直立人的後代，但分子生物學的研究徹底推翻了這個結論。
這個時期的其他人種也隨著考古發展被不斷的發現，例如西伯利亞的「丹尼索瓦」人，爪窪島的「索羅人」等，在東非當然演化也在進行，目前發現的有「魯道夫人」、「匠人」，當然還有我們「現代智人」。
以上這些人類都可以歸為人屬的不同人種。有一種常見的錯誤，是認為這些人種是呈線性發展，從「匠人」變成「直立人」，「直立人」再變成「尼安德特人」，而尼安德特人再變成我們。這種線性模型誤以為地球在某個時間點上只會有單一人種，而其他更早的人種不過就是我們的祖先。但事實是，從大約200萬年前到大約1萬年前為止，整個世界其實同時存在多種不同人種。這其實也十分合理。就像今天，地球上還是有許多種的狐狸、熊或是豬，而在幾十萬年前的地球上，至少就有6種不同的人。從整個歷史來看，過去多種人種共存其實是常態，現在地球上只有「一種人」，這才是異常。
根據細胞線粒體只通過母親遺傳的特點，科學家把所有人類追蹤到了大約15萬年以前生活在非洲的一位女性，稱為線粒體夏娃。證明了目前全球所有的智人都是來自於這個母親，那時候的智人已經與我們沒有很大的差別，但仍然僅僅生活在東非的一個小角落裡。大約7萬年以前，智人開始了向阿拉伯半島的遷移，並很快席捲了歐亞大陸。在大約三四萬年前，那時中國陸地上的許多山脈被積雪常年覆蓋。棕色人種已經早於黃色人種在黃河、長江流域活動，黃色人種走出非洲的時間更晚，但遷移速度更快，其中一支沿著雲貴高原西側向北跋涉，他們最終在距今1萬年前的時候到達了河套地區，黃河中上遊的盆地，這裡就是中華文明的真正起源地。漢藏語系的祖先也被後人稱之為先羌，他們也就是漢族與藏族人的祖先。
經過近1萬多年的遷徙，到5000～6000年前，漢藏語系的兩個語族開始分野。其中一個亞群向東行走，一直到渭河流域才停留下來。他們掌握了農業文明，開始以農耕為生。這個群體就是華族，也就是後來所稱的漢人的前身。另一個亞群被稱為藏緬語族群體。他們或是戰敗、或是尋找食物離開黃河流域，向西向南遷移，最後在喜馬拉雅山脈南北居住下來。在遷徙的過程中，這個群體就像細胞在不斷裂變，分化出了藏、彝、景頗。至今，這些民族的送魂歌中都要把亡靈送回北方。
第二條黃種人進入中國的路線是珠江流域。百越先於漢藏族群進入兩廣地區，穿越南嶺的變為北越，也就是後來越國的祖先，南方的越人自秦漢以來一直往廣西山區遷移，南宋時候又發生遷移，後來形成侗族。所以，現在浙江一帶越人的語言和侗族語言有相同之處。而吳國人則有不同的起源，吳越兩國本不同源，統一使用華語後才接近。吳國人從何而來呢，當初第一支先民從雲貴高原西側進入中國後，部分人群與漢藏民族分開而行，他們沿著長江往下走，這個人群在洞庭一帶形成了苗瑤語系。而吳人就是苗瑤人東進和南下的漢人同化後形成的，他們遺傳結構的變化多而複雜。
從現代智人遷徙的時間和路線來看，當智人達到歐洲和亞洲時，這些地方仍然住著其他人種，在歐洲有尼安德特人，在亞洲至少有山頂洞人和丹尼索瓦人，那麼這之後發生了什麼事情，造成這些人種很快滅絕了吶？
根據混種繁衍理論，智人來到尼安德特人的地盤時，兩個人種開始互通繁衍，直到合而為一。如果真是如此，今天的歐亞人就不該是純種智人，而是智人和尼安德特人的混血兒。同樣，在智人抵達東亞的時候，也會和當地的直立人混血繁衍，因此，今天的中國和韓國人也該是智人與直立人的混血兒。另一種完全相反的觀點，稱為「替代理論」，講的是雙方水火不容，互有反感，甚至會發生種族滅殺。根據這一理論，智人和其他人種的生理結構還是有所不同，不僅交配習性難以相合，甚至連體味都天差地別。就算是有個尼安德特人的羅密歐配上了智人的朱麗葉，但因為兩個人種在基因上相去太遠，也無法產下可繁衍的後代。於是，這兩個人種還是涇渭分明，而等到尼安德特人不管是自然滅絕還是遭到屠殺，他們的基因也同樣灰飛煙滅。
最近數十年來，替代理論一直是這個領域的大致共識，然而，有一項為尼安德特人基因組定序的研究結果在2010年底發表，基因學家終於從化石裡收集到足夠的尼安德特人DNA，根據比較，現代中東和歐洲的人類，有1%～4%的尼安德特人DNA。雖然這百分比並不高，但意義卻很重大。幾個月之後，從丹尼索瓦人的手指化石中取得DNA、比較結果證明，現代美拉尼西亞人及澳大利亞原住民最高有6%的丹尼索瓦人DNA。
現在看來，大約5萬年前，智人、尼安德特人與丹尼索瓦人正是站在那個物種分離的臨界點上，當時的他們幾乎但還不完全是各自獨立的物種，他們之間的交配仍能產下有生育能力的後代。但這兩種族群也並沒有混種的情形，而是只有少數幸運的尼安德特人基因搭上了這班智人特快車的順風車。目前東亞尚未有這方面的資料，是否也與歐洲和中東人一樣融合了其他人種的基因不得而知，但從現代智人抵達東亞的時間比抵達歐洲的時間要晚很多這一點推測，很可能那時候已經過了這個臨界點，就是說，黃種人的祖先到達東亞時，我們與其他晚期智人已經完全是兩個物種了，即使有偶然的融合現象也已經不能遺傳他們的基因了。
所以，從目前的科學結論來看，不管我們是否承認，現代智人遷徙的直接後果就是造成了其他人種的滅絕，可能是因為我們取得資源的能力強，致使他們得不到足夠的食物而逐漸滅亡，或者直接對他們進行種族滅殺，就像歐洲人對印第安人做的那樣。畢竟人類的貪婪和好戰是有確實的歷史記錄的。
到8000-5000年之間，農業文明開始了，我們完全有了固定的家園，人類的遷徙也停止了。在中國廣大的土地上就進入了信史階段，我們逐漸有了有記錄的歷史。