一直以來，去除內毒素都是疫苗生產中的一個難題。其熱穩定性高，對PH值不敏感。目前，已有一些去除內毒素的方法，但其去除方法還有待進一步研究。
3.1 超濾法
利用內毒素與其他物質的分子量的差別來去除內毒素。一般在樣品流經超濾膜時，超濾膜將內毒素截留在膜上，而讓其它低分子量物質透過，從而有效控制內毒素的含量。超濾膜的內毒素去除率較高，變化範圍較寬，高達98.7%，低至53.3%。因熱原是一類形態和相對分子質量均不確定的物質，其種類，濃度也會有所不同，因此內毒素的去除率也是由多種因素所決定，如超濾運行的壓力，超濾濃縮的倍數，超濾洗脫的體積等。由於內毒素聚合體可能會在高溫或酸性環境中分解，進而造成內毒素分子的真正毒性部分類脂A穿過濾膜而進入濾液中。該方法去除內毒素，抗原損失較少，並且富集樣品，能夠滿足疫苗生產的要求。
3.2 活性炭法
該方法主要適用於水等組分簡單的小分子溶液的內毒素去除。因其選擇性能差，易吸附有效成分，一般較少用。該方法可與超濾法聯合使用去除內毒素的效果較佳。
3.3 熱處理法
該方法主要用於耐熱物品內毒素的去除。
3.4 化學降解法
使用強酸，強鹼或氧化劑使內毒素自身降解，從而去除內毒素。
3.5 親和膜分離系統法
此法基於親和色譜法，以纖維素膜等做基礎材料，通過化學的方法鍵合不同的配基，這些配基對內毒素分子或聚集體有較強的吸附作用。此法吸附特異，吸附量大，去除率高，膜可再生，且具備一定的耐酸耐鹼性。
3.6 其它方法
吸附技術和雙向萃取法也用於去除內毒素，但這兩類方法涉及的試劑，步驟較多，易造成汙染，使用較少。
來源： 中農威特生物科技股份有限公司