鼠類由冷庫周圍環境條件，如庫門沒安裝防鼠板、冷庫排水道等途徑潛入冷庫。有時會與準備冷藏的食品一同進入冷庫。冷庫內的鼠害會造成巨大的經濟損失，它不僅咬食肉品、汙染食品，而且能傳播疫病，破壞冷庫的隔熱結構，損壞建築設施。由於被老鼠咬破電線而引起冷庫火災也時有發生。故應經常檢查，發現鼠害立即採取滅鼠措施。
目前。冷庫內常用的滅鼠方法有器械電子捕鼠器、化學藥物滅鼠和CO氣體滅鼠。
冷庫採用器械滅鼠時，現在多採用電子捕鼠器進行滅鼠。電子捕鼠器的功能是用220V電壓為電源，經轉換產生可調控1500V電壓。電子捕鼠器有三根輸出電線，三根單線各能延長1000m，可分別安置在三個方向上，同時進行捕鼠。老鼠接觸電子捕鼠器的導線後即可斃死，電子捕鼠器同時發出命中信號，告訴人們及時清理死鼠，電子捕鼠器捕鼠命中率可達100%。
冷庫採用化學藥物滅鼠時敵鼠鈉鹽滅鼠效果較好。使用敵鼠鈉鹽滅鼠的配方是先將藥物用開水溶化成5%溶液，然後按0.025%-0.05%濃度與食餌混勻即可。
另外，廣譜滅鼠劑也是目前國內外冷庫滅鼠一種比較有效的藥劑。老鼠吃進少量廣譜滅鼠劑後，一般會在8h內死亡，而其他動物、鳥類誤食後無毒。
冷庫採用二氧化碳氣體滅鼠是因為二氧化碳無毒，在使用時不用搬開食品，但對操作人員有窒息作用，因此操作時人員要戴上二氧化碳呼吸器。二氧化碳滅鼠不但對食品無毒副作用，而且滅鼠效果顯著。
二氧化碳氣體滅鼠做法是：1m的庫房空間用濃度25%的二氧化碳0.7噸，或用濃度35%的二氧化碳0.5噸，緊閉庫門24h即可達到徹底滅鼠的目的。同時二氧化碳也具有滅菌的性能。冷庫採用二氧化碳氣體滅鼠時庫內溫度和食品的堆放皆不需要改變，這種滅鼠方法比較經濟實用。
以上措施是目前針對冷庫除鼠比較常用的，具體該採用什麼措施還是要根據冷庫的使用情況具體分析。