TiED:人類組織特異性增強子資料庫

2021-02-19 生信修煉手冊

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TiED是一個人類增強子資料庫，對10種不同組織中的增強子表進行定量和分析，鑑定了增強子的組織特異性，網址如下

http://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED/

首先綜合H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3和DHS的結果來識別增強子區域，從Roadmap和ENCODE下載chip_seq數據進行分析，將在DHS, H3K27ac, H3K4me1 peak 2kb範圍內，含有較高H3K4me1修飾水平，較低H3K4me3水平的基因組區域作為候選的增強子區域，然後過濾掉與蛋白編碼基因TSS位點上遊1kb存在overlap的增強子，得到最終的增強子區域。

對於增強子區域，提供了以下幾種注釋信息

SNP位點注釋
提供了增強子區域內存在的SNP位點的注釋

轉錄因子注釋
對潛在的調控增強子的轉錄因子進行注釋

靶基因注釋
將增強子上下遊100kb範圍內的蛋白基因定義為該增強子可能的靶基因

靶基因組織特異性注釋
根據GTEx項目提供的基因表達量信息，分析增強子的靶基因在下圖所示的10種組織中的表達情況，並計算組織特異性

根據靶基因的組織特異性，將增強子劃分為以下3類

specific enhancer

ubiquitous enhancer

other enhancer

其中specific ehhancer簡寫為TS enhancer, ubiquitous enhancer簡寫為UE enhancer。

其次結合CAGE測序的結果來識別增強子對應的RNA,即eRNA. 如果CAGE測序的peak位於增強子區域，說明該增強子轉錄產生了eRNA。

通過首頁的檢索框，可以根據組織，轉錄因子，基因名稱或者基因組位置對資料庫進行檢索。以Heart組織為例，結果示意如下

增強子編號以enh前綴加數字編號開頭，提供了基因組區域，eRNA注釋，組織特異性注釋等信息。點擊增強子編號，可以查看以下幾種詳細信息

1. 轉錄因子

2. SNP

3. Tatget Gene

通過Browser菜單，可以查看某個組織內的TF-enhancer-gene調控網絡，示意如下

該資料庫中的信息是免費下載的，通過該資料庫，除了增強子基因組區域的基本注釋外，還可以得到轉錄因子和增強子的調控關係，以及增強子和基因的調控關係。

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