生命的管理者——腦幹
腦的三層結構中的最裡層是腦幹。腦幹是從爬蟲類的進化階段形成的，它掌管著呼吸、循環、消化、生殖等基本的生命功能。我們在進食時，判斷咀嚼的感觸和味道的好壞，屬於新皮質的管理範圍，但是在食物經過喉嚨的瞬間，就會落入腦幹的管理範圍。胃腸分泌胃液，小腸吸收營養，這都是腦幹的作用。腦幹是腦呼吸所關心的重要領域之一，我們將在後面的章節中討論。
感情的王國——舊皮質
覆蓋在腦幹上部的舊皮質（大腦邊緣系），是從哺乳類動物的進化階段形成的，它管理著運動神經和多種感情反應。舉例說，狗在遇到比自己力氣大的動物時，會把尾巴放低，以表示膽怯；在表示高興和親密的時候它會搖尾巴。這種哺乳動物的情感反應出自舊皮質。正是由於哺乳類動物具有舊皮質，所以會有逃避和應戰這種應對一般性危機的方式。歷史記載了許多爬蟲類動物，因沒有這種反應機制遭受了滅頂之災。因此，舊皮質這種反應機制在物種的進化過程中是非常有用的。因為有了畏懼，我們存活的機會大大增加了。
如果我們能夠正確地運用舊皮質，就不會被情感牽著鼻子走，而是根據自己的需要創造情感的能量，併合理運用。腦呼吸中正確活用舊皮質功能，最簡單快捷的訓練方法是「多笑、多玩耍」。
思考的根源——新皮質
覆蓋於大腦外部的新皮質是以語言活動為基礎，形成記憶、分析、綜合、判斷、創造等人類固有的智力活動。新皮質是隨著靈長類的出現而形成的，但是發展成現在這樣是更久以後的事情。新皮質與語言的使用有著緊密的關係。從進化的悠久歷史看，被認為是永恆真理的思想和科學，也是由於新皮質活動的結果產生的。
因為只有人類的新皮質特別的發達，因此被稱之為「人腦」。儲藏在新皮質中的各種規範抑制著舊皮質的感情，調節腦幹的本能性慾望，使之符合社會性。作為社會的一員，我們在生活當中，不能忽視新皮質的合理性指示，但同時也要正視舊皮質本能性慾望和感情性慾望的存在，因此不要一味地抑制它，要按適當的節奏消除它。無視人類自然形成的生理需求，而是使自己強行迎合於新皮質的觀念，就會使舊皮質承受壓力，從而失去穩定的情緒。如果舊皮質繼續承受壓力，就會影響腦幹，從而阻礙基本的生命活動。
在進化過程中，新皮質有著特別重要的意義，它具備了兩個重要特性——「反省」和「創造」。有了新皮質，我們才會思考「我是誰」，反省自己，為滿足自己內心的欲望進行「創造」活動。
人類之所以能進化到如此高級的程度，正是由於新皮質的特性。這樣的結果使人類以「萬物靈長」自居，使人類排他性地佔有地球，並產生支配自然的、既危險又傲慢的想法。
但是，我們不要忘記，現在還不能證明新皮質是否有益於進化過程。