科學家揭示SARS-CoV-2複製和轉錄複合體的冷凍電鏡結構

2020-12-04 科學網

科學家揭示SARS-CoV-2複製和轉錄複合體的冷凍電鏡結構

作者:

小柯機器人

發布時間:2020/11/17 15:52:49

近日,清華大學婁志勇、饒子和等研究人員合作揭示SARS-CoV-2複製和轉錄複合體冷凍電鏡結構。該項研究成果於2020年11月14日在線發表在《細胞》雜誌上。

研究人員報導了SARS-CoV-2複製和轉錄複合物(RTC)向帽結構合成過渡的結構快照。研究人員確定了由nsp7-nsp82-nsp12-nsp132-RNA和單個RNA結合蛋白nsp9組裝的擴展RTC原子冷凍電鏡結構。Nsp9與nsp12(RdRp)NiRAN緊密結合,使nsp9 N末端插入nsp12 NiRAN的催化中心,從而抑制活性。

 

研究人員還顯示,nsp12 NiRAN具有鳥苷酸轉移酶活性,可催化帽核結構(GpppA)的形成。錨定模板RNA 5'延伸的nsp13的方向顯示出顯著的構象變化,導致其ZBD的鋅指3插入配對的模板引物RNA的較小凹槽中。這些結果說明了RTC處於mRNA合成的中間狀態,為理解RTC架構鋪平了道路,並為抗病毒開發提供了目標。

 

據悉,SARS-CoV-2 mRNA的轉錄需要RTC促進依次的反應。

 

附:英文原文

Title: Cryo-EM structure of an extended SARS-CoV-2 replication and transcription complex reveals an intermediate state in cap synthesis

Author: Liming Yan, Ji Ge, Litao Zheng, Ying Zhang, Yan Gao, Tao Wang, Yucen Huang, Yunxiang Yang, Shan Gao, Mingyu Li, Zhenyu Liu, Haofeng Wang, Yingjian Li, Yu Chen, Luke W. Guddat, Quan Wang, Zihe Rao, Zhiyong Lou

Issue&Volume: 2020-11-14

Abstract: Transcription of SARS-CoV-2 mRNA requires sequential reactions facilitated by the replication and transcription complex (RTC). Here, we present a structural snapshot of SARS-CoV-2 RTC as it transition towards cap structure synthesis. We determine the atomic cryo-EM structure of an extended RTC assembled by nsp7-nsp82-nsp12-nsp132-RNA and a single RNA binding protein nsp9. Nsp9 binds tightly to nsp12 (RdRp) NiRAN, allowing nsp9 N-terminus inserting into the catalytic center of nsp12 NiRAN, which then inhibits activity. We also show that nsp12 NiRAN possesses guanylyltransferase activity, catalyzing the formation of cap core structure (GpppA). The orientation of nsp13 that anchors the 5』 extension of template RNA shows a remarkable conformational shift, resulting in zinc finger 3 of its ZBD inserting into a minor groove of paired template-primer RNA. These results reason an intermediate state of RTC towards mRNA synthesis, pave a way to understand the RTC architecture, and provide a target for antiviral development.

DOI: 10.1016/j.cell.2020.11.016

Source: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31533-6

Cell:《細胞》,創刊於1974年。隸屬於細胞出版社,最新IF:36.216

相關焦點

  • SARS-CoV-2複製轉錄複合物中解旋酶-聚合酶偶聯的結構基礎
    解旋酶分子形成複合的冷凍電鏡結構。Holo-RdRp和nsp13是病毒複製所必需的,並且也是治療COVID-19的靶點。在此,我們描述了SARS-CoV-2 RdRp全酶及其與一個RNA模板產物和兩個nsp13解旋酶分子形成複合的冷凍電鏡結構。每個nsp13的套式病毒目特異性的N端結構域(The Nidovirus-order-specific N-terminal domains)與每個nsp8拷貝的N端延伸交聯。
  • 高解析度SARS-CoV-2甲基轉移酶結構揭示轉錄後加工分子機制
    面對嚴峻的疫情,多國研究者從不同角度開展了關於SARS-CoV-2的基礎研究與臨床試驗。大多數研究集中於新冠病毒的結構蛋白與宿主受體、蛋白酶的相互作用,開放相應的抑制劑和中和抗體,對於病毒轉錄加工方面的認識相對較少。
  • 低溫電鏡解析蛋白結構十大進展
    第一篇文章報導了通過單顆粒冷凍電子顯微技術(冷凍電鏡)解析的酵母剪接體近原子解析度的三維結構,第二篇文章在此結構的基礎上進行了詳細分析,闡述了剪接體對前體信使RNA執行剪接的基本工作機理。清華大學生命學院博士後閆創業、醫學院博士研究生杭婧和萬蕊雪為兩篇文章的共同第一作者。  這一研究成果具有極為重大的意義。
  • Molecular Cell:中國科學家揭示A型流感病毒RNA聚合酶複合體的三維...
    Resolution」的論文,揭示了流感病毒RNA聚合酶複合體的結構和功能。生物物理所劉迎芳和清華大學王宏偉課題組等中外多方參與的實驗室通過使用最新的高解析度單顆粒冷凍電鏡三維重構技術,解析了含有A型流感病毒RNA聚合酶大部分成分的4.3埃解析度的四聚體電鏡結構。該複合體涵蓋了流感病毒聚合酶催化活性的核心區域。
  • Nature、Science和Cell三大期刊低溫電鏡解析蛋白結構重大研究
    第一篇文章報導了通過單顆粒冷凍電子顯微技術(冷凍電鏡)解析的酵母剪接體近原子解析度的三維結構,第二篇文章在此結構的基礎上進行了詳細分析,闡述了剪接體對前體信使RNA執行剪接的基本工作機理。清華大學生命學院博士後閆創業、醫學院博士研究生杭婧和萬蕊雪為兩篇文章的共同第一作者。這一研究成果具有極為重大的意義。
  • Cell:人源Dicer與Dicer-pre-miRNA複合體的冷凍電鏡結構
    -miRNA複合體的冷凍電鏡結構》(Cryo-EM structure of human Dicer and its complexes with a pre-miRNA substrate)的研究論文,首次報導了人源核酸內切酶Dicer蛋白的全長高解析度結構,同時還報導了人源核酸內切酶Dicer蛋白結合一種小RNA前體pre-let-7底物的兩種不同結構狀態。
  • 冷凍電鏡技術揭示生物分子細節(科技大觀)
    如今,科學家在透射電子顯微鏡之上發明了冷凍電鏡,實現了生物分子「近原子級」的解析度,讓人類終於可以一窺究竟生物分子是如何執行其功能。在過去幾年裡,冷凍電子顯微鏡技術逐漸成為結構生物學的重要研究工具。冷凍電鏡技術的三位先驅者,也憑藉對冷凍電鏡技術的開拓和持續推進,獲得了2017年的諾貝爾化學獎。
  • 【科技前沿】光合作用電子傳遞複合體冷凍電鏡結構提示一種新的...
    【科技前沿】光合作用電子傳遞複合體冷凍電鏡結構提示一種新的電子傳遞-質子轉運偶聯機制模型 2020-08-06 17:00 來源:澎湃新聞·澎湃號·政務
  • 清華與港科大合作 首次揭示DNA複製解旋酶立體結構
    據香港文匯報8月4日報導,由清華大學與香港科技大學合作的研究團隊最近完成一項研究,首次揭示了DNA外複合體的高解析度的立體結構,為人類了解及修復細胞運作揭開新一頁。DNA在複製的時候出現錯誤,易造成細胞病變。港科大生命科學部及香港賽馬會高等研究院與清華大學生命科學學院的研究團隊,利用先進的冷凍電鏡技術,首次揭示MCM2-7複合體的高解析度的立體結構,令科學家能夠更深入了解結構極其穩定的雙鏈DNA,在自我複製的過程開始時分裂的原因。
  • 中國科大在染色質重塑SWI/SNF與INO80複合體結構研究中取得重要進展
    中國科學技術大學蔡剛教授課題組利用冷凍電鏡技術,解析了染色質重塑SWI/SNF與INO80複合體及其不同核小體結合狀態複合物的三維結構,揭示了SWI/SNF與INO80複合體共有的肌動蛋白(Actin)和核肌動蛋白相關蛋白(Arps)組成的Actin/Arp模塊作為構象調控的分子開關,調控核小體結合及可能調節重塑核小體活性的分子機制,相關研究成果近日分別在國際權威雜誌《Protein
  • /陳飛合作發現新的轉錄調控複合物INTAC並揭示其結構和功能...
    該項研究發現了一個全新的轉錄調控複合物 INTAC(16個亞基,分子量近1.5MDa),解析了INTAC的高分辨冷凍電鏡結構,揭示了INTAC作為一個雙功能酶,同時具備RNA剪切和去磷酸化活性,可去除Pol II的多個CTD磷酸化位點發揮轉錄抑制功能。該項研究首次發現PP2A這一最重要的磷酸酶可直接調控轉錄,拓展了這兩個重要研究領域的研究範疇。
  • 重大科學研究計劃重要病毒轉錄複製蛋白複合體項目進展順利
    2014年8月14日,由中國科學院武漢病毒研究所承擔的國家重大科學研究計劃「重要病毒轉錄複製蛋白複合體的結構與功能研究」項目中期總結會議在武漢召開。    首先,項目首席科學家對前兩年總體執行情況進行了匯報;然後,各課題負責人對課題進展情況、取得的研究成果以及後三年的規劃做了詳細總結和匯報。與會專家在審閱項目中期總結報告、聽取項目和課題負責人匯報的基礎上,對項目工作狀態和研究前景進行討論和評議,並對下一步的工作提出了寶貴意見。
  • ...合作發現新的轉錄調控複合物INTAC並揭示其結構和功能,更新對磷…
    該項研究發現了一個全新的轉錄調控複合物 INTAC(16個亞基,分子量近1.5MDa),解析了INTAC的高分辨冷凍電鏡結構,揭示了INTAC作為一個雙功能酶,同時具備RNA剪切和去磷酸化活性,可去除Pol II的多個CTD磷酸化位點發揮轉錄抑制功能。該項研究首次發現PP2A這一最重要的磷酸酶可直接調控轉錄,拓展了這兩個重要研究領域的研究範疇。
  • 新冠重要藥靶RNA複製酶怎麼結合瑞德西韋?上海科學家聯合團隊搞...
    圖說:新冠肺炎病毒的RNA複製酶結合RNA和抑制劑瑞德西韋複合物的冷凍電鏡結構 中科院上海藥物所供圖新民晚報訊(記者 郜陽)中國科學院上海藥物研究所抗疫攻關團隊聯合浙江大學、北京協和醫院等多家單位,首次解析新冠肺炎病毒重要藥靶RNA複製酶和抑制劑瑞德西韋的高分辨冷凍電鏡結構,闡述
  • 科學家怎樣利用冷凍電鏡技術闡明主要藥物靶點之間的相互作用?
    生物學中的一切都是基於分子間的相互作用,因此關於兩種分子的結構如何發揮作用,我們知道的越多,我們就越能掌握更多信息去改善並且開發副作用較小的藥物。如今研究人員的發現也基於使用了一種名為冷凍電鏡(cryo-EM)的革命性技術,該技術能幫助科學家們更加清晰地觀察他們難以想像的分子。
  • 冷凍電鏡技術揭開重要蛋白原子結構
    原標題:冷凍電鏡技術揭開重要蛋白原子結構   據物理學家組織網30日報導,英國科學家利用2017年諾貝爾化學獎重要成果——冷凍電鏡技術,攻克了與基因表達有關的一種重要蛋白的結構難題。
  • 結構生物學重要進展:兩個新工具助力冷凍電鏡結構解析
    北京時間 2021 年 2 月 5 日,國際知名學術期刊 Nature Methods 在線發表了這一成果。研究人員報導了軟體工具 M,可為冷凍電鏡(cryo-EM)數據建立基於參照的多顆粒優化框架,並將綜合的空間變形模型與電子光學像差的計算機校正相結合。M 為幀系列和斷層掃描傾斜系列數據提供了統一的優化框架。
  • 3篇Science |轉錄和翻譯「牽手」—NusG 的故事
    作者以一個停止狀態的RNA聚合酶延伸複合體,通過其信使RNA,結合核糖體並使其進行翻譯,直至最終與RNA聚合酶碰撞結合的方式獲得樣品,並通過冷凍電鏡的方法解析出其蛋白質複合體三維結構。結構顯示了在此狀態下的轉錄翻譯複合體中RNA聚合酶和核糖體各亞基之間相互作用的可能胺基酸位點,證明了在分子層面轉錄翻譯協同過程的存在。
  • 轉錄和翻譯的一次「牽手」——「紅娘」NusG 背後的故事
    作者以一個停止狀態的RNA聚合酶延伸複合體,通過其信使RNA,結合核糖體並使其進行翻譯,直至最終與RNA聚合酶碰撞結合的方式獲得樣品,並通過冷凍電鏡的方法解析出其蛋白質複合體三維結構。結構顯示了在此狀態下的轉錄翻譯複合體中RNA聚合酶和核糖體各亞基之間相互作用的可能胺基酸位點,證明了在分子層面轉錄翻譯協同過程的存在。
  • 冷凍電鏡技術如何革新生物學
    我們課題組與哈爾濱工業大學生命科學學院黃志偉教授課題組合作,通過冷凍電鏡技術揭示了AcrF9、AcrF8和AcrF6對Csy複合物的抑制機制。相關研究成果於2020年3月31日發表在《美國科學院院刊》(PNAS)上。