在草原上好友們為獅子慶祝生日，可看到沙子堆起來的紐約公園的時候，他們還是不免思念那裡，從小生活的地方，友誼成長的地方。是的人離開家久了，不管現在過得如何，心底總是會想起那從前的故鄉。
他們還是決定回紐約，先去找那幾隻企鵝，通天遁地的企鵝們。當然他們此時正在賭場裡消遣，兩隻猩猩成了他們的偽裝，為他們下注。不過獅子斑馬長頸鹿河馬四人組到來，裡面把這鬧翻了天，這裡他們遇到了勁敵-動物管理局的女獵人，勢要將他們全捕獲。企鵝們駕車開飛機在歐洲城市區一番追逐才脫險，他們順勢搭上一列火車，是馬戲團的火車，這裡他們結識了新朋友。美洲豹妹子，俄羅斯老虎，海獅，熊姐等等，獅子和豹妹日漸情深，斑馬和海獅成了基友，狐猴和熊姐來了一場羅馬假日。
企鵝用最後剩的一點金子向老闆買下來頹廢的馬戲團，他們打算自己表演，然後打動美國佬，買下他們去紐約。這樣他們就能順道跟回紐約的家了。不過女獵人的追蹤始終沒有放棄，危險也漸漸逼近。獅子發揮嘴炮能力說服曾經受過傷害的俄羅斯老虎再振雄風，完成終極鑽鐵圈，隨後Katy Perry的Firework響起，全場進入高潮，旋轉的舞臺，七彩的光束，穿著飛行鞋的狗狗。獅子和豹妹的完美空中飛人，斑馬和海獅的人間大炮，河馬與長頸鹿跳著鋼絲舞，熊姐騎著摩託車炫技。音樂、畫面、現場、熒幕前的觀眾，在這一刻心潮澎湃，無比歡悅。
當然他們順利得到美國佬的賞識，回紐約有望，雖然一開始他們隱瞞了自己的身份，引起了馬戲團的誤會。在被女獵人突襲後，企鵝們還是手起刀落的解決，一炮扔出獵人隊。
他們幾個回到了中央公園，站在門口，他們都愣住了，有些不敢相信，這裡是一直這麼小嗎，曾經一直以為這是最大的地方了呢，那個跳舞的臺子一直那麼大一點麼。他們甚至想不如就留在外面世界吧，不再進公園了。在看得出神時，女獵人悄悄襲擊了他們，幸而企鵝們得到了消息，馬戲團的好友們也一起折回，在眾心協力下終於把女獵人組全部打敗，這一次他們主動留在了野外，不是非洲，不是公園，或許馬戲團是一個更好的地方吧，片尾還是那首熟悉的《let's move it》，每一部的結束都是。
中央公園就像是人從小生活的家鄉，呆的久了長大了就總想著去外面的世界看看闖一闖。城市裡呆久了，有些厭倦，這裡沒有家的感覺，沒有生活的氣息，有得只是生存。當然即使歷經生活的磨難再次回到家鄉，那裡也不再是以前的家了，人的經歷多了，看到的世界大了，對待同一事物也會不斷變化。
動物園裡他們的快樂就是表演吃吃喝喝，然後幾個朋友聚一起，對非洲或馬戲團上的事物完全不了解，生活不過就是頭頂的一片天空，他們從未聽說過南極洲。但是經過了馬達加斯加、非洲大草原、歐洲古城，這麼一路走來他們已經看過了太多，經歷了太多，人生不該只是拘泥於那麼一小塊石頭舞臺，不該被有柵欄的圍牆困住，有機會都應該去外面看一看走一走，或許外面是未知的有危險的，但你的人生會因此更精彩，生命更絢爛。猶如天堂電影院裡老人騙孩子走出那個小鎮一樣，走出去你會獲得更大的成就。不要被所謂的牢籠束縛自己，走出去，勇敢地去做你自己。