這個問題的潛臺詞是認為氫氣即使有作用，但氫水溶解氫氣少，並不是有效的給氫方法。目前氫氣醫學研究論文近1000篇，其中原創性研究論文，就是研究氫氣治療疾病效應的細胞和動物研究論文也超過500篇。其中採用吸入氫氣的不足三分之一，大部分都是使用氫水，有的是通過飲用，有的是通過注射氫水。就是說氫水給氫氣的辦法是經過大量醫學研究證明的給氫氣方法。
腸道內細菌產生氫氣也是氫氣醫學研究非常關注的科學問題，也有人通過增加腸道內細菌產生氫氣實現氫氣的醫學效應。如何看待腸道內細菌產生氫氣的作用是一個重要的問題，但並不是反對氫水有疾病治療效果的依據，至少不能因為這個原因就否定氫水的方法。
有人甚至說腸道內細菌可以產生12升氫氣，其實這個是早期研究腸道菌群的學者一種推測，後來已經有大量研究推翻了這個說法，仍然被一些堅持反對氫氣醫學人作為武器。真正判定來自腸道的內源性氫氣多少，必須測定人的血液和呼吸氣體中氫氣的含量，測定的結果表明血液內氫氣含量非常低，每個人的含量差別也比較多。人體產氫很有限，否則生活在密閉空間內的太空人或潛艇艇員就非常危險了。通過飲用氫水，從呼吸氣體中檢測氫氣濃度會迅速大量增加。說明來自腸道內的氫氣並不是想像的那麼多，通過飲用氫水來補充是可行的給氫氣方法。
當然，氫水不是唯一給氫的方法，從劑量角度考慮，吸入氫氣能獲得更高的劑量，吸入也是氫氣醫學重要的手段和方法。從應用角度看，吸入是更接近醫療的方法，需要採用專業設備。氫水則是一種簡單的飲料，可歸類為功能飲料，進入千家萬戶的門檻比較低，所以現在市面上有大量氫水和氫水製造相關產品。
人體產生多少氫氣是很早就被學術研究的內容，如1969年《新英格蘭醫學雜誌》文章中測定結果表明，人每分鐘大約產生0.24毫升氫氣，大約每天300毫升左右，即使是吃乳果糖這種能大量促進氫氣產生的物質，也只有每分鐘1.6毫升，並沒有達到有人聲稱的可以每天達到13升。