Nature:染色體的真實形態發現,並不是X形狀

2020-12-07 生物谷

日前,來自英國劍橋巴布拉漢研究所(Babraham Institute)等機構的研究人員構建出了漂亮的染色體 3D 模型,這些模型更準確地顯示出了染色體的複雜形狀以及 DNA 在其中摺疊的方式。原來我們所熟知的染色體的X形態並不是其真正的模樣。相關文章發表在2013年9月25日的《Nature》上。

染色體一點也不像 X 形狀

科學家們利用一種新方法顯像染色體,繪製出了更真實的染色體形狀圖片,發現它很少時候像我們大部分人所熟知的 X 形 DNA 團塊。

結果表明,我們通常用來描述染色體的 X 形狀只是其複雜性的一個快照。

研究人員在《自然》(Nature)雜誌上報告稱:「許多人所熟知的染色體圖像,就是一條 X 形狀的 DNA 團塊。但這一染色體顯微圖像確實地表明,這種結構只短暫地存在於細胞正準備進行分裂的那一時間點。生物體中的絕大多數細胞處於細胞分裂完成階段,它們的染色體一點也不像 X 形狀。這些細胞中的染色體以非常不同的形式存在,到目前為止還沒有可能構建出它們的精確結構圖像。」

在這項研究中,科學家開發出了一種新方法來顯現它們的形狀。利用最新的 DNA 測序技術,他們對單細胞中的染色體進行了數千次的分子測量。通過將這些細小的測量結果組合到一起,利用強大的計算機他們第一次構建出了染色體的三維圖像。

染色體一點也不像 X 形狀

研究人員表示,這些獨特的圖像不僅顯示了染色體的結構,還揭示了染色體中的 DNA 線路,使得科學家愛能夠繪製出特異的基因和其他重要的特徵。利用這些 3D 模型,研究人員已經開始解開染色體結構的一些基本原理,以及它對基因組如何發揮功能所起的作用。

這項新研究將 DNA 置於它在細胞內的適當環境下,以比以往大量文獻更為有效的方式揭示了哺乳動物基因組的美妙與複雜性。通過這樣,它表明了這些染色體的結構以及 DNA 在染色體中摺疊的方式與基因何時以及如何表達之間密切相關,後者則直接影響著健康、衰老和疾病。

研究人員最後說道,直到現在,人們對於染色體結構的認識還僅限於模糊的照片,所有的圖解顯示的都是細胞分裂前看到的熟悉的 X 形狀。這些更為真實的圖片幫助科學家更深入地了解身體中大多數細胞內染色體的樣子。這種複雜的摺疊有助於闡明染色體的相互作用機制以及基因組功能受控的機制。(生物谷Bioon.com)

生物谷推薦閱讀

Nature  doi: 10.1038/nature12593

Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure

Takashi Nagano,1, 5 Yaniv Lubling,2, 5 Tim J. Stevens,3, 5 Stefan Schoenfelder,1 Eitan Yaffe,2 Wendy Dean,4 Ernest D. Laue,3 Amos Tanay2 & Peter Fraser1

Large-scale chromosome structure and spatial nuclear arrangement have been linked to control of gene expression and DNA replication and repair. Genomic techniques based on chromosome conformation capture (3C) assess contacts for millions of loci simultaneously, but do so by averaging chromosome conformations from millions of nuclei. Here we introduce single-cell Hi-C, combined with genome-wide statistical analysis and structural modelling of single-copy X chromosomes, to show that individual chromosomes maintain domain organization at the megabase scale, but show variable cell-to-cell chromosome structures at larger scales. Despite this structural stochasticity, localization of active gene domains to boundaries of chromosome territories is a hallmark of chromosomal conformation. Single-cell Hi-C data bridge current gaps between genomics and microscopy studies of chromosomes, demonstrating how modular organization underlies dynamic chromosome structure, and how this structure is probabilistically linked with genome activity patterns.

 

相關焦點

  • Nature|德國科學家發現控制X染色體失活的關鍵因子
    X染色體失活現象指的是在雌性哺乳動物中有一條X染色體被隨機沉默【1】。X染色體失活現象發現到現在約60年的時間裡,關於該現象的研究已有數千篇,但其中的機制仍有不甚明朗之處。作者們發現與前人的結果相一致的是,SPEN的敲除並不會影響Xist的定位【3】。然而,在沒有SPEN的情況下,整個X染色體上的基因沉默幾乎完全消失。382個X連鎖的基因中大約有80%完全依賴於SPEN調控的基因沉默。進一步地,作者們對小鼠早期胚胎發育過程進行研究後發現早期X染色體失活以及基因沉默同樣也依賴於SPEN。那麼,SPEN是在什麼時候被招募到染色體上的呢?
  • Nature:X染色體在物種形成中的作用
    在日本一個三刺魚種群(但並不是第二個與之密切相關、分享同一生境的物種)中一個新形成的性染色體系統的發現提供了這樣的證據:性染色體變化在引起生殖隔離和物種形成中所起作用可能要比以前所認為的更大。基因定位研究顯示,新形成的X染色體包含雄性求偶行為基因,而先祖X染色體既包含行為隔離基因,又包含雜交種雄性不育基因。
  • 《Nature》顛覆性發現:癌基因竟然不在染色體上
    ecDNA的中文名,就是染色體外DNA。中學生物課曾講過正常真核細胞的DNA存在於染色體上,但ecDNA存在於染色體外,這有點反常。沒錯,ecDNA的確不同尋常,因為它總是出現在癌細胞中。早在1965年,《柳葉刀》首次報導了染色體外DNA的存在,半個世紀過去,卻鮮有人重視。
  • Nature:科學家鑑別出機體識別X染色體的關鍵分子機制
    在很多物種的機體中,性染色體都會出現不平等的分布,當然在人類和果蠅中亦是如此,雄性果蠅僅僅擁有1個X染色體,雌性果蠅則有兩個X染色體,然而雄性果蠅X染色體的活性卻是雌性果蠅的兩倍,這種關鍵過程則是通過名為劑量補償作用複合體(DCC, dosage compensation complex)的酶類來控制的,目前研究者並不清楚這種調節子如何從其它的染色體中區分出X染色體。
  • 人類的X、Y染色體是同源染色體嗎
  • Nature突破性發現:X染色體對精子的重要作用
    一項最新研究通過詳細的基因序列分析表明,一直以來被認為是女性染色體的X染色體,其大部分組成成分在精子的生成過程中扮演了重要的特殊作用。這一令人感到驚訝的研究新發現,公布在Nature出版社旗下Nature Genetics雜誌上,由Whitehead研究所的研究人員完成。
  • 科學研究發現,決定性別Y染色體正慢慢消失,X染色體將取而代之?
    科學家發現,Y染色體在慢慢消失,男人下場如何?如今我國面臨著男女比例失調的問題,可以說當今我國的人口最主要的組成部分都是男性,一直以來我們通過歷史上的研究也能夠發現,往往佔主導地位的基本上都是男性,與古代封建社會影響了我國幾千年的時間,所以女性的地位在古代是比較低的,中國古代一直都是男權主導的社會,而女性一直到現代才步入逐漸平等的地位。
  • Nature最新論文驚人發現,最強癌基因竟然不在染色體上……
    鈦媒體注(微信ID:taimeiti): 近日,美國加州大學聖地牙哥分校 Ludwig 癌症研究所的 Paul Mischel 教授領導的研究團隊發現,大量的癌基因並不在染色體上,而是會從染色體上脫落下來,變成一種小型的 DNA,稱為染色體外 DNA(ecDNA),並發文在 Nature《自然》雜誌上。
  • Nature:X染色體沉默新進展
    在雌雄哺乳動物個體中,X染色體的數目不同,為保證雌性個體不會有多餘的X染色體基因產物,需要一種途徑來解決雌雄個體X染色體計量上的差異,在雌性哺乳動物中,通過劑量補償(dosage compensation)來隨機失活2條X染色體中的一條。Xist基因與X染色體失活有著密切關係,在雌性個體中,失活的X染色體周圍包裹著大量Xist基因的轉錄物。
  • 試管嬰兒男多女少 是X染色體惹的禍?
    為了使數據真實、方法可信,田見暉和他的研究小組通過統計學方法推算樣本數量,儘可能擴大實驗規模,在驗證後代性別時,不僅僅通過對性腺形態的肉眼觀察,還使用了DNA原位檢測等分子生物學手段。他們發現,在實驗組中,雄性小鼠的出生比例為57.17%,而對照組的比例為50.89%,體外受精確實讓小鼠的出生性別比例顯著失衡。
  • X染色體上的microRNA研究思路來啦
    3.3 X染色體上的miRNA在文獻中的報導3.3.1 免疫與腫瘤根據文獻數據,其中涉及x染色體上miRNAs調控途徑最多的就是免疫和癌症,並且這兩個過程是緊密相關的。這一結果可能也適用於miRNAs: Guo等人證明,在小鼠睪丸中發現的x相關miRNAs比例最高;此外,人類和小鼠之間的比較表明,X染色體上miRNAs的平均替代率高於其他睪丸中在常染色體上的miRNA,提示miRNA在男性生殖功能和哺乳動物物種形成中發揮了作用。
  • Nature發布首個人類X染色體完成圖,長讀長測序盡顯優勢
    為了邁出人基因組完成圖的第一步,T2T研究團隊從24條人類染色體(包括X和Y染色體)中,首先選擇完成X染色體序列,因為它與許多疾病的發生密切相關,包括血友病、慢性肉芽腫病和杜興氏肌營養不良症等。眾所周知,人類的兩套染色體一套來自父親,一套來自母親。生物學上人類女性繼承了兩條X染色體,一條來自其母親,一條來自其父親。
  • Nature新研究:真正的癌基因竟然不在染色體上
    和染色體DNA相比,ecDNA有什麼不一樣?首先是外觀上,ecDNA的大小和形狀差別很大。從大小上來看,ecDNA小到幾百bp,大到百萬級bp甚至更大都有,而染色體DNA往往是幾千萬到幾億bp的規模。從形狀上來看,ecDNA有的長得是線性的,有的則是環狀的,而染色體DNA則是扭曲的線性。
  • Nature重大突破:生成完整的人類X染色體序列!
    在24條人類染色體(包括X和Y)中,研究作者Phillippy和Karen Miga博士選擇先完成X染色體序列,因為它與許多疾病有關,包括血友病、慢性肉芽腫病和杜氏肌營養不良。人類有兩套染色體,分別來自父母。例如,女性從生理上繼承了兩條X染色體,一條來自母親,另一條來自父親。
  • 神奇的X染色體
    人類有兩條決定性別的染色體——分別是X染色體和Y染色體,它們看起來就像字母表中的X和Y。2. 男性有一條X染色體和一條Y染色體,女性有兩條X染色體。3. 男性可從母親那裡獲得一條X染色體。4. 女性的X染色體一條來自母親,一條來自父親。5. X染色體的大小約是Y染色體的5倍。6.
  • Nature:揭示MSL複合物特異性識別雄性X染色體機制
    2020年11月22日訊/生物谷BIOON/---人類女性有兩條X染色體,男性只有一條。這種染色體的不平衡也延伸到了動物王國的其他分支。有趣的是,不起眼的果蠅設計了一種不同的方式來「平衡」這些差異。人類和小鼠的雌性會關閉其中的一條X染色體,而果蠅則是由雄性來完成這項任務。
  • 發現X染色體存在轉錄噪音「補償」
    在哺乳動物,雄性和雌性都僅有一條X染色體表達, 這種狀況會不會造成X染色體轉錄噪音比常染色體高? 同時, 雌性裡失活的X染色體上一些基因會逃脫失活, 這會不會也為X染色體表達帶來更大的變異?同時基因組內還存在一些單拷貝表達的常染色基因, 它們也會不會有較高的表達噪音?
  • Nature重大發現:癌基因竟不在染色體上?第一作者吳思涵親身解讀!
    今日凌晨,美國加州大學聖地牙哥分校Ludwig癌症研究所的Paul Mischel教授領導的研究團隊發現,大量的癌基因並不在染色體上,而是會從染色體上脫落下來,變成一種小型的DNA,稱為染色體外DNA(ecDNA)。
  • MSL2介導的RNA成核誘導X染色體的選擇性區室化
    (MSL)2介導的RNA成核誘導了X染色體的選擇性區室化。 研究人員發現MSL2的低重複C末端結構域(CTD)負責招募MSL2到對roX非編碼RNA敏感的X染色體上。roX非編碼RNA和MSL2 CTD形成穩定的結合狀態,在果蠅和哺乳動物細胞中的功能分析表明,它們的相互作用對於體內劑量補償至關重要。用果蠅MSL2的CTD代替哺乳動物的MSL2 CTD,並在順式中表達roX,足以使哺乳動物細胞中的異位劑量補償成核。
  • X染色體決定下一代的智商?教你2招有效刺激寶寶大腦發育
    原創 丁香媽媽 很多媽媽聽說「寶寶的智商全靠 X 染色體」,因為在那裡能找到大多數跟大腦有關的基因。這樣說來,男孩獲得媽媽的 X 染色體和爸爸的 Y 染色體,智商隨媽,女孩分別獲得爸媽給予的一個 X 染色體,父母對智商的功勞一半一半?