在人類演化歷史上，並不是只出現過智人這一個品種，曾經還出現過非常多的人種，比如：丹尼索瓦人，尼安德特人等，甚至有一些人種存在的時間和晚期智人有所重合，而且生存空間也有一定的重疊。
這就意味著，在遠古時期我們的祖先很可能碰到過其他人種，其中就包括尼安德特人，那麼有沒有一種可能：我們的遠古祖先曾經和這些人種發生過基因交流呢？
事實上，還真的存在。
我們知道，人類是通過有性生殖產生後代，而有性生殖的過程中，雄性和雌性會各提供一半的染色體，也就是精子和卵子各攜帶體細胞一半的染色體。
如果尼安德特人和晚期智人發生了生殖交流，那麼它們的個體中，將會有50%的染色體來源於尼安德特人，50%的染色體來自於晚期智人。
如果該個體繼續與智人交流，那麼它的後代所攜帶的尼人基因將會被稀釋，比例不斷降低。科學家們通過研究我們現在的現代人發現（註：現代人包括20萬年前的人，現在的現代人指的是當前生活的人），除了非洲人之外，其他地區的人都有1%-4%的尼安德特人的基因，科學家們甚至還從一具骸骨中發現了含有10%左右的尼安德特人基因。
這具骸骨是我國古人類研究所的付巧妹帶領團隊研究出的，她和她的團隊通過對一個羅馬尼亞出土的古人類下頜骨化石的基因測序發現該個體攜帶4.8%——11.3%的尼安德特人基因。
付巧妹介紹說，擁有如此高比例的尼安德特人的基因，說明該個體的四世或者六世的祖先，曾經與尼安德特人發生過生殖交流。
而且，該個體是在羅馬尼亞的一個洞穴暗河中被發現的，而此地距離中東較遠，而中東地區是人類走出非洲地區剛到達的地方。
這個骨骼的發現也說明，人類走出非洲很久之後，依然與尼安德特人發生過混血，而且人類與尼安德特人的生殖交流並不是只發生過這一次，也不是只在同一個地方發生。從目前的資料來看，現代人祖先和尼安德特人很可能在同一個地方生存了5000年左右，在此期間它們經常發生生殖交流。
在生物學上，物種只有在形成生殖隔離之後才會被區分為新物種，如果同一個物種沒有出現生殖隔離，那麼無論它們的樣貌有多大變化，無論它們外形看起來有多大差異，從生物學來看，它們都是同一個物種，比如：黃種人、白種人以及黑種人都是智人；柯基、金毛以及中華田園犬都是狗。
然而尼安德特人和晚期智人並不是同一個品種，為什麼尼安德特人依舊能夠和智人發生基因交流呢？
其實是因為生殖隔離並不是非黑即白的，而是還存在著過渡階段，在這個階段裡，雖然尼安德特人仍舊能夠和晚期智人孕育後代，但是後代的成活率以及受孕成功率，可能比純種智人要低。
再者，將尼安德特人和智人劃分為兩個物種其實並不是基於它們的基因差距，而是體型差距。這是因為化石中的基因會被自然降解，我們不能提取它們完整的基因鏈條，只能查看到部分基因碎片。而基於這些基因碎片，我們無法得到它們的品種是否和我們一致。
我們知道，根據現有科學研究表明，尼安德特人與晚期智人在大約50萬年前分家，之後尼安德特人走出非洲，而智人繼續留在非洲東部演化。
由於在相當長的一段時間裡它們沒有進行過基因交流，以至於這兩個種群在演化過程中，各自為了適應保留了一些有利基因，而對生活既沒有什麼好處，又沒什麼壞處的中性基因則隨機被保存了下來，以至於當7.5萬年前智人走出非洲，遇到尼安德特人時，兩者之間很可能還沒有產生生殖隔離，或者說還未產生完全的生殖隔離。
其實，我們的祖先並不是只和尼安德特人發生過生殖關係，還曾經和丹尼索瓦人等人種發生過生殖交流。甚至可能在我們不知道的地方，我們的祖先和其他人種發生過基因交流。
雖然現如今我們已經回不到那個時候，但通過現如今我們身上的基因，我們能夠推斷出曾經發生過的歷史。
生殖隔離的產生，一般是兩個種群積累了足夠多的基因突變，導致生物無法繼續交配，或者是配子無法存活等情況。人類之所以仍舊能夠和尼安德特人發生基因交流，是因為雖然智人和尼安德特人存在著生殖隔離，但生殖隔離並不是非黑即白，而是還存在著藕斷絲連的時期，智人就是在這一時期和尼安德特人發生了基因交流。