自從免疫耐受的概念被引入以後，B肝病毒攜帶者的發病因素被廣泛認知為免疫耐受被打破。不過，B肝病毒攜帶者的發病因素一直是醫學界研究的重心，到如今，對B肝病毒攜帶者的發病機制了解的依然不夠全面。B肝病毒感染人體後，為什麼會產生免疫耐受，這種免疫耐受的狀態與哪些因素有關，多久會被打破？雖然有些因素被逐漸揭示，但還未有明確定論。
B肝病毒攜帶者多久會發展為B肝患者有人說，B肝病毒攜帶者發病是因為免疫系統逐漸完善，免疫力逐漸提升，導致免疫系統對B肝病毒展開全面清理而導致。從這個觀點來看，體內的免疫力增強，反而會導致B肝發病，B肝發病似乎也成了必然。然而，現實情況並非如此，很多綜合免疫力非常好的B肝病毒感染者，並沒有發病，而且並非所有B肝病毒感染者均會發病。
有人認為，B肝病毒攜帶者的發病與免疫力的減弱有關。該觀點表明，免疫力減弱，會導致B肝病毒的大量複製，此時會驚動免疫系統開始識別B肝病毒，而與B肝病毒開展鬥爭，進而導致肝功能損傷。然而，這種觀點也與實際情況並不相符。一部分免疫缺陷者，雖然感染了B肝病毒，但是B肝病毒並非不停的複製，B肝甚至終身不發病。
所以，B肝病毒攜帶者發病與否，雖然與免疫有著直接的關係，但是與免疫能力的強弱無直接關係，而與免疫系統是否開始識別B肝病毒有關。有一種觀點認知比較合理。B肝病毒是一群偽裝者，如果入侵人體時，免疫系統不夠完善，那麼這一群偽裝者並不會被完全清除，有倖存活者就持續潛伏下來，且尋找時機發展「下線「（病毒複製和感染），隨著潛伏的時間越長，B肝病毒掌握的重要信息越多，B肝病毒自身也就越安全。反之，如果這群偽裝者入侵人體後，人體免疫已經有非常強的識別能力，就會迅速對這群偽裝者進行剿殺，完全清除，不讓其有靠近「核心機密」的機會。
B肝病毒攜帶者發病與什麼有關這樣說來，B肝病毒感染是否慢性化，與B肝病毒感染人體時，人體的免疫識別能力有明確關係。這也是為什麼，在胎兒時期、嬰幼兒時期（0-5）歲，感染B肝病毒慢性化概率較大，而5歲以後感染B肝病毒很少出現慢性化。那麼，對於感染B肝病毒慢性化之後，為什麼有些會導致免疫系統重新識別，而導致發病呢？既然潛伏下來，是什麼原因導致的免疫系統重新識破他們的身份呢？
正常情況下，潛伏起來的B肝病毒，並不會對肝臟細胞造成破壞，只是類似於「殖民」的方式，在肝臟組織中不斷的複製。當有一些因素，導致肝細胞明顯受損時，肝臟的修復機制會全面排查問題的根源，進而開展肝臟細胞的修復。也就是在這個排查過程中，重新啟動了甄別機制，發現被感染的肝臟細胞與正常細胞的不同之處，進而開展對B肝病毒不同程度的攻擊。發起攻擊的時候，發現被B肝病毒整合的肝臟細胞與B肝病毒已經無法區分，只有將整個肝臟細胞清除掉，導致了更為嚴重的肝炎發生。
所以，我們可以發現，B肝病毒攜帶者發病，多數並非是B肝病毒自身因素導致。而是，其他因素導致的不同程度的肝細胞損傷，激發了整個肝臟的自我修復機制，在這個過程中導致了免疫系統開始識別B肝病毒，展開大規模清理。所以，一些不利於肝臟健康，容易導致明顯肝臟炎症發生的行為，是增加B肝發病率的關鍵因素。在B肝發病之前，已經有輕微的肝臟炎症作為「啟動因子」。
B肝病毒攜帶者可終身不發病臨床上，B肝病毒攜帶者發病的集中年齡階段為30歲-45歲，由於這個階段免疫系統成熟，其較多人開始有不良的生活習慣。例如，在此階段酒精攝入量遠超其他年齡階段，該年齡段的生活壓力較30歲之前重了很多，熬夜等打破生物鐘的行為增多，該階段的負面情緒、發火行為要比30歲之前以及45歲之後多出許多。所以，30歲-45歲年齡階段的慢B肝病毒攜帶者要尤其注意生活習慣。在此階段，不做傷害肝臟的行為，保持好良好的情緒，體內的B肝病毒會得到緩慢清理，多可保持終身不發病。