Echo聲波移液：12分鐘Pooling 384個NGS文庫

2020-09-04 測序中國

Pooling是測序文庫上機前的臨門一腳。經過數小時乃至幾天的實驗，初始樣品終於變成濃度、片段大小都符合質控指標的library嗷嗷待測。Pooling實驗通常由兩位操作者協作。根據表單信息將文庫歸一化到一定濃度，再將想要合併測序的文庫混合，耗時耗力。

事實上Pooling完全可以不需要密集的吸液移液操作，不需要這麼多時間和精力投入，甚至就不需要移液器和吸頭。採用Echo聲波移液系統，12分鐘即可完成384個文庫Pooling1，而手工完成歸一化和Pooling需耗時長達3小時。

Echo通過聚焦聲波能量轉移低至2.5nL的樣品，不需要吸頭，無物理接觸。每秒傳輸幾百個液滴實現nL到uL級的液體傳輸。Echo可以微量化反應體系到幾微升，甚至數百納升，將樣品從微孔板任意孔快速轉移到目的板任意孔。在基因組學及合成生物學中，被應用到微量化NGS建庫和快速Pooling文庫、引物、寡聚核苷酸探針當中。

  • Echo一步法NGS文庫Pooling

√ Echo不與文庫樣本直接接觸，不需要費時間加載或清洗吸頭，可以在不到一秒的時間將微孔板上的NGS文庫轉移到目標孔內。

√ 高濃度文庫不需額外稀釋。通過nL至uL級液滴轉移，將濃度歸一化和Pooling簡化為一步進行。

√ 數據管理和自動化操作可以避免人工操作失誤，提高實驗過程的可靠性。

  • Echo可關聯輸入文件，軟體自動完成高通量Pooling

圖：Echo一步法NGS文庫Pooling。左：將需要Pooling的各文庫信息寫入輸入文件；右：Pooling運行示意

圖：採用Echo比較384個文庫的200nL/文庫等體積混樣和等摩爾量混樣。結果顯示經Echo Pooling後文庫獲得更加均一的測序量。

  • Echo微量化NGS文庫定量質控

Echo可完成384孔甚至1536孔每板的超高通量微量化文庫質控定量。聲波移液含DNA染料的緩衝溶液、文庫到酶標板中進行螢光檢測。或是進行文庫qPCR檢測體系構建，避免標準品梯度稀釋的累積誤差和氣溶膠汙染。文庫定量的微量化能夠減少試劑消耗，有效控制成本。此外，Echo支持在軟體中以表單的形式挑選某些文庫做qPCR。整個實驗過程數據可循，避免手工操作的竄孔等錯誤。

圖：採用Echo完成文庫定量，微量化反應體系至2uL、4uL及8uL繪製校準曲線

參考資料：

1. LABCYTE®: Brochure | Echo Acoustic Liquid Handling for Genomics Research, Version 1.0 | AUGUST 2017

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    移液管的使用方法和注意事項整理如下：移液管是一種量出式儀器，只用來測量它所放出溶液的體積。它是一根中間有一膨大部分的細長玻璃管。其下端為尖嘴狀，上端管頸處刻有一條標線，是所移取的準確體積的標誌。常用的移液管有5、10、25和50 mL等規格。通常又把具有刻度的直形玻璃管稱為吸量管。常用的吸量管有1、2、5和10 mL等規格。