庫車騷亂是新疆全境騷亂的開始。實際上，關內出關的第一站倒不是庫車，只是有渭幹河那幫民工不管三七二十一都先幹了，所以順勢而為的新疆首義，熱西丁建立了第一個反清革命根據地。庫車場位於塔裡木盆地北緣中心，阿克蘇西部距庫車場僅8站車程，喀喇沙爾東部位於軍臺9站。
從阿克蘇到庫車之間有拜城，距阿克蘇僅6站軍臺，從庫車東面到喀喇沙爾之間有布古爾(今輪臺)和庫爾勒兩座較大的城市。目前最緊張的，就是阿克蘇府的富珠裡和喀喇沙爾府的依奇裡了。富珠裡發急求援伊犁，依奇裡則一方面急促烏魯木齊派援兵進剿庫車，同時徵調土爾扈特蒙古兵兩千人協助防守。位於南疆咽喉的阿克蘇，是歷次清軍南下平亂的中心。
突然從背後的庫車裡爆發這種變亂，讓阿克蘇感到尷尬，而且現在城市駐軍很少，城市裡 h人遠遠多於漢人和滿人。阿卜杜勒-富珠裡急忙向最近的烏什大臣文興發出求援的緊急通知，文興派出兩百人到阿克蘇參加協防。
與此同時富珠裡又反覆做了城內 w族的思想工作，告訴大家不能受造反人的蠱惑。為解決缺乏兵源的問題，富珠裡還命阿克蘇的阿奇木·伯克薩依提組織五百多人的民兵，再加上截獲伊犁的索倫兵一百三十人的換防工作也一起協助防守。在這次行動之後，阿克蘇的局勢暫時穩定下來。東路上的喀喇沙爾壓力要小些，首先，他要遠離庫車。
第二個就是離烏魯木齊近一點。此外，伊犁的主力部隊從冰嶺穿過，直插庫車並不慢。在這個時候，庫車方面的騷亂部隊將面臨兩線壓力，最重要的是，伊奇裡現在就在巴音郭勒草原。
原是土爾扈特歸順後，四旗人眾加上三旗和碩特的部眾。從乾隆年間開始，新疆蒙古人在乾隆年間滅亡後，在刀刃下長成了辮子上的死忠粉，這一次伊奇裡輕鬆招募了兩千名蒙古志願兵。烏魯木齊市統平瑞又派出1500人，由庫爾喀喇烏蘇的大臣文永率領從烏魯木齊南下。
與此同時，吐魯番辦事大臣榮慶又派出二百人西進喀喇沙爾增援。尤其是烏魯木齊平瑞十分給力，在文永未到之前，先派出佐領穆特奔和富常阿率八旗一百，綠營三百，會同總馬祿臨時召集內地發配新疆的重刑犯兩百人，先行出發來援。各路大部隊正在調集之中，伊奇裡心裡有點踏實。他完全沒有料到，形勢比清廷反應更快。
《喀喇沙爾文報》剛刊登，從庫車逃出的愛瑪特郡王之子阿密特來了。Amitt帶來的消息是非常可怕的，不僅滿清政府的庫車官員遭到重創，而且東面的臺站也遭到襲擊，而 Bugul (輪臺)和 Kuller (庫爾勒)的消息也不清楚。Ichri剛剛安排阿密特住下來， Bugulti站的防汛指揮部總張祥的戰報就到了。
5月初(1864年6月10日)，庫車暴動軍派遣的軍隊來到布古爾開始對城內進行進攻，但守城的軍隊人數太少了，所以向他們請求支援！Ichrie一看手頭真的很緊張，但是 Bugul和 Kuller一旦失手，喀喇沙爾馬上就成了前線，還不敢救。於是派遊擊隊冉殿臣帶著三十二名綠營士兵，蒙古土爾扈特的僱傭兵兩百人，外加臨時從城裡調來的漢族民勇兩百人，到布古爾協助防守。
冉殿臣還真不是一般人，五月十一(1864年6月14日)在庫爾勒城外一百裡處遇到庫車東徵的軍隊，一仗下來，擊退了庫車暴動軍，擒住了一百名俘虜，審問完畢，全部正法。
冉殿臣的戰報回來了，伊奇裡才知道原來布古爾和庫爾勒都丟了。此時，伊奇裡的心意又起了變化，立即向清廷報告，烏魯木齊的第一梯隊有六百人，吐魯番的兩百人都到了，就可以足夠守住城池了，指望這股力量去庫車平叛，顯然是不可靠的，看現在亂軍的勢頭，恐怕要從關內陝甘派人來。
庫車首義，始於今已有十天。戰爭的火種已經到達喀喇沙爾，南北疆的清軍總指揮是伊犁將軍常清。常清是愛新覺羅派的宗室，道光九年，三等侍衛，自道光二十七年任外放大臣以來，一直到新疆工作，特別是鹹豐年間任葉爾羌參贊大臣時，經歷了鐵完庫裡與倭裡罕兩次叛亂平定。鹹豐七年，常清升任伊犁將軍、蒙古鑲白旗都統。