重磅推出！歐易關鍵基因篩選報告

引言

您有沒有這樣的經歷，拿到轉錄組報告後，各種數據應有盡有，但是如何從龐雜的數據中，挑選出關鍵目的基因進行驗證和下遊分析，往往有種無從下手的感覺。

它來了！！！歐易重磅推出關鍵基因篩選報告，對表達到功能選取重要指標進行打分，同時根據生物學意義賦值及權重設置，錨定關鍵基因，將結果可視化呈現，一應俱全。您只需根據「一張表」，對其中各項內容進行組合篩選，便能獲得您想要的關鍵基因。

一張表

下面展示的，就是涵蓋各類關鍵指標及其賦值並最終匯總的「一張表」：

「一張表」關鍵基因打分部分（Top20）

「一張表」關鍵基因表達及差異部分

「一張表」關鍵基因注釋部分

歐易關鍵基因打分機制

結合「一張表」，我們來梳理一下歐易關鍵基因打分機制，具體如下：

1） 依據研究目的及生物學相關性，選取參與打分的表達及功能指標。

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在示例中，我們選取Diff (基因在差異分組比較中出現的頻次)、Keywords（客戶提供關鍵詞的匹配結果）、TFs（轉錄因子注釋及其調控靶基因）、PPI（蛋白互作）、Dapars（可變多聚腺苷酸化）、TCC（多組差異分析）以及Diff_AS（基因在差異可變剪切中出現的頻次）作為後續打分指標。客戶可以結合項目生物學背景、先驗知識、表達及功能預期等因素，選取和調整打分指標。

2） 根據每個指標的生物學意義，進行指標賦值。

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根據指標的生物學和統計學意義，對各指標進行賦值，原始值可以是差異基因出現的頻次，互作蛋白或者基因的數量，轉錄因子靶基因的數量。依據呈現的最大值或者理論最大值，將各個指標的賦值範圍設定在0-1以內。值越接近1，則代表該基因的該指標功能（統計上）越顯著。如有疑問，可電聯。

3） 設置各指標權重，進行綜合打分。

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歐易打分機制對各個指標進行默認權重設置。當然，客戶也可以結合項目生物學背景及預期，根據各個指標的重要性，進行指標權重設置。關於指標權重設置和打分算法細節，也歡迎老師們電聯溝通。需要說明的是，歐易打分算法，並非是對各指標的簡單累加，而是依據研究背景和生物學及統計意義，通過合理的賦值和權重設置，科學的打分機制，呈現各個基因在差異、功能和統計上的顯著性，便於客戶挑選關鍵基因。細則在此繼續賣個關子。

4） 根據綜合打分排序。

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挑選topN基因，進行關鍵結果展示，包括但不限於聚類熱圖，表達變化趨勢點線圖、PCA圖及蛋白互作網絡圖。基於展示結果，挖掘表達及功能規律。

結果呈現示例如下：

圖1 top50基因在各樣本間表達變化點線圖

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圖2 所有基因PCA圖

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圖3 top50基因PCA圖

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在理想狀態下，top 50基因能極大程度上代表樣本間（組間）的差別，而使得top 50的PCA與所有基因的PCA（圖2）比較接近。

圖4 top50基因表達聚類熱圖

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圖5 top50基因GO富集柱狀圖

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圖6 top50基因KEGG富集氣泡圖

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圖7 top50基因結合轉錄因子信息的蛋白互作網絡圖

說明：以上結果僅為示例，實際分析過程中會有調整,最終以報告為準。

根據實際分析案例來看，關鍵基因篩選得到的top 50 基因PCA圖（圖3）與所有基因總體PCA圖（圖2）十分接近，說明top 50基因比較好地表徵了組與組之間的差別，而且沒有造成生物學重複之間的偏離。從基因表達變化水平看（圖1和圖4），top 50基因呈現出顯著的變化規律，在某組樣本中出現了明顯的表達升高或降低。從top 50基因功能富集上看（圖4-圖6），top 50 富集到的功能條目和通路與研究背景和目的相關性和統一性比較高。

關鍵基因總表（一張表）包含關鍵基因打分，基因在所有差異比較分組中的差異倍數、p值、上下調信息，以及所有樣本的表達fpkm值和功能注釋信息。根據此表，可綜合各個指標進行定量驗證和下遊功能分析基因篩選。建議選取關鍵基因打分高，差異倍數高，p值顯著，樣本fpkm表達高且有功能注釋的基因進行驗證和進一步分析。

理論上，關鍵基因篩選可以不依賴於關鍵詞（比如通路關鍵詞「MAPK」,基因名「IL6」，功能描述關鍵詞「Fatty acid」等）而得到，我們建議如果老師有較為關注的通路或者疾病相關關鍵詞，請務必提供精準和全面的英文關鍵詞。

結語

還在等什麼,快來試一試吧！

最後送上一首打油詩，以饗讀者。

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客戶總把關鍵找，歐易為您除煩惱。

選指賦值設權重，科學合理可微調。

差異注釋都不少，挑選只需一張表。

熱圖點線網絡圖，一套流程就能搞。

有理有據有報告，關鍵詞語要選好。

看過讀過別錯過，試試才知其中妙。

實驗真實把關牢，數據客觀又可靠。

組學分析看歐易，內容全面更周到。

END