生物信息百Jia軟體(十五):rnammer

通哥點評
rnammer是用來預測原核與真核生物核糖體序列的程序，使用起來非常簡單，直接給基因組序列即可。因為核糖體具有一定的結構特徵，因此預測起來非常簡單，而且準確性非常高，所以，在核糖體預測方面，目前並沒有太多其他的工具可選，rnammer是必須掌握的一個生物信息軟體。

一、功能分類：

核糖體RNA預測

二、軟體官網：

http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/

三、軟體介紹:

rnamer可以直接進行核糖體RNA的預測。它既可以用來預測原核生物的5s、16s、23s核糖體，也可以用來預測真核生物的5s、5.8S，18s、28S核糖體。而且是不基於參考序列的從頭預測。使用起來非常方便。

四、下載安裝：

需要註冊下載
rnammer依賴hmmer，需要首先安裝hmmer

五、軟體使用：

rnammer就可以運行。軟體會給出幫助信息。
-S 執行要預測物種的門，是原核還是真核還是古生菌
-h 輸出HMM的報告
-m  預測分子的類型，tsu代表5s或者5.8s rRNA，ssu代表16或者18S的rRNA，lsu代表23或者28s的rRNA，如果都需要預測，就用都好分隔開
-f 為輸出結果文件，fasta格式的結果，一般核糖體的擴展名都為frn
-gff 為輸出gff格式的列表結果

六、使用案例：

rnammer -S bac -m tsu,lsu,ssu  -gff K12.gff -f K12.frn K12.fna

七、常見問題：

1、rnmmer不僅可以預測原核生物，也可以預測真核生物，真核生物核糖體與原核不同；
2、需要先安裝hmmer軟體