多基因檢測到底差別在哪？從分子特徵找答案

轉自《腫瘤瞭望》

Oncotype DX復發評分（RS）、PAM50復發風險（ROR）、EndoPredict（EP）、乳腺癌指數（BCI）等多基因檢測分子評分已被臨床用於評估HR+/HER2-早期乳腺癌內分泌治療的遠處復發風險。然而，這幾種檢測方法的評估結果經常並不一致。近日，發表於JCO雜誌的TransATAC研究[1]旨在找出導致這些檢測方法差異的分子特徵。

TransATAC，顧名思義是ATAC（阿那曲唑輔助內分泌治療的關鍵3期試驗）的轉化分析。研究人員對ATAC研究中他莫昔芬組和阿那曲唑組的785例未進行化療的ER+/HER2-患者，進行上述四種多基因檢測，並利用RS評分中的雌激素、增殖、侵襲性和HER2等評分模塊來描述分子特徵。研究採用Spearman相關分析和方差分析來評價各種檢測方法的一致性（ρ值越大，相關性越好）。

RS、ROR、EP、BCI與病理特徵的相關性

研究首先分析了RS、ROR、EP、BCI等分子評分與分期、腫瘤大小、淋巴結狀態、腫瘤分級等臨床病理特徵的相關性，結果顯示每種分子評分均與腫瘤分級呈顯著相關，其中RS相關性相對弱（ρ=0.27），ROR、EP、BCI相似且均為中等相關（ρ=0.45~0.50）。

圖1. 各分子評分與腫瘤分級的相關性

RS、EP與年齡年齡、腫瘤大小或淋巴結狀態的相關性均極弱（ρ均＜0.20），但ROR與年齡、腫瘤大小呈弱相關和中度相關（ρ分別為0.29和0.32），BCI與腫瘤大小的相關性為0.23。所有分子評分與淋巴結狀態的相關性均極弱（ρ均＜0.20）。

圖2. 各分子評分與淋巴結陽性的相關性

RS、ROR、EP、BCI的相關性

在整體人群中，RS與EP呈強相關（ρ=0.63），與ROR（ρ=0.32）和BCI（ρ=0.35）呈中等相關。然而，幾乎所有RS≥31的患者，其ROR和BCI評分均高於其各自的中位數（ROR為40.2，BCI為4.8）。

圖3. RS與ROR、EP、BCI相關性分析的散點圖

ROR、EP、BCI等其他三種分子評分之間的相關性很強（ROR v EP，ρ=068；ROR v BCl，ρ=0.74；EP v BCl，ρ=0.67）。

圖4. ROR、EP、BCI相互間相關性分析的散點圖

RS與其評分模塊的相關性

研究還分析了RS與其不同評分模塊（雌激素、增殖、侵襲和HER2等）的相關性，結果顯示RS與雌激素呈強負相關（ρ= -0.79），與增殖呈中度正相關（ρ=0.36）；與侵襲呈弱正相關（ρ=0.26）；與HER2沒有相關性（ρ= -0.04）。

圖5. RS與其不同評分模塊之間的相關性

ROR、EP、BCI與RS評分模塊的相關性

研究進一步分析了RS各評分模塊（雌激素、增殖、侵襲和HER2等）與ROR、EP和BCI的相關性。結果顯示：RS和ROR之間的差異（variance explained，方差解釋率），72.5%來自於增殖評分，而雌激素評分僅為0.6%；RS與EP之間的差異，一半（50%）來自增殖評分，雌激素評分佔20.2%；RS與BCI之間的差異，54.3%來自於增殖評分，而雌激素也是幾乎沒有影響（佔2.7%）。ROR、EP和BCI與RS的HER2評分相關性均很小（0.6%~2.4%）。

表1. ROR、EP、BCI與RS評分模塊的方差解釋率

研究總結

與以往的一般理解（RS評分高的患者建議化療，似乎意味著與增殖相關）有所不同，這項研究結果表明：RS評分更大程度由雌激素相關特徵所決定，而由增殖特徵決定的程度較微弱。相反，EP、BCI、尤其是ROR評分在很大程度上取決於增殖特徵。這些結果將有助於解釋不同多基因檢測方法之間預測性能的差異。

小貼士

傳統的乳腺癌分型是按照免疫組化（IHC）進行的二元分類（陰性或陽性），包括激素受體陽性（管腔A和管腔B）、激素受體陰性（HER2過表達、基底型/三陰性）。隨著基因檢測技術的發展，越來越多的基因檢測panel用於乳腺癌的分子分型，從而判斷其預後或指導治療。

目前常見的乳腺癌多基因檢測方法包括：

Oncotype DX（21基因）——通過定量檢測包括增殖、侵襲、雌激素、HER2等15個腫瘤相關基因和5個參考基因，以復發評分（RS）來評估腫瘤的復發風險（見下圖）。RS還可以用於指導術後治療（TAILORx研究），低風險患者僅需內分泌治療，高風險患者需給予內分泌+化療[2]。

21基因檢測所含基因及RS評分

Prosigna（PAM50）——PAM50檢測系基於乳腺癌內源性亞型，通過檢測50個相關基因，將乳腺癌腫瘤分類為4內源性亞型，即管腔A、管腔B、HER2富集以及類基底型（Basal-like），計算復發風險評分（ROR），可預測乳腺癌術後近期和遠期的遠處復發轉移風險[3]。

PAM50檢測的內生型分類及ROR評分

MammaPrint（70基因）——運用ctDNA微陣列技術檢測腫瘤冰凍組織、FFPE樣本中的基因mRNA表達水平，篩選出包括腫瘤浸潤、轉移、間質侵犯、血管生成等預後相關的70個基因。MINDACT研究中，臨床低危/基因低危（c-L/g-L）的患者可以避免化療，臨床高危/基因高危（c-H/g-H）術後需要化療[4]。

MINDACT研究中MammaPrint的預後策略

EndoPredict（8/12基因）——主要檢測3個增殖基因、5個激素受體基因以及4個控制基因，並結合腫瘤大小以、淋巴結狀態獲得EPclin，用於評估近期或遠期的乳腺癌復發轉移風險。EPclin的臨床研究中，將患者分為低危組和高危組，其中高危患者接受化療[5]。

EndoPredict所含檢測基因及分子評分

乳腺癌指數（BCI）——用來預測ER陽性、淋巴結陰性乳腺癌的遠處復發風險，主要包括2個基因HOXB13/IL17BR的表達比例，以及5個增殖相關基因的評分。BCI可用於預測近期和遠期的復發風險，高危患者可從延長內分泌治療中獲益（Trans-aTTom研究）[6]。

乳腺癌指數的預測和預後作用

指南推薦及臨床應用：

目前，21基因檢測（Oncotype DX）已經成為ASCO及NCCN指南唯一推薦使用的多基因檢測項目[7]；但MammaPrint是美國FDA首個批准用於臨床的多基因檢測系統。這兩種基因檢測方法在國外已經得到比較普遍的臨床應用。

參考文獻

[1]Buus R, Sestak I, Kronenwett R, et al. Molecular Drivers of Oncotype DX, Prosigna, EndoPredict, and the Breast Cancer Index: A TransATAC Study [published online ahead of print, 2020 Oct 27]. J Clin Oncol. 2020;JCO2000853. doi:10.1200/JCO.20.00853

[2]Sparano JA, Gray RJ, Makower DF, et al. Adjuvant Chemotherapy Guided by a 21-Gene Expression Assay in Breast Cancer. N Engl J Med. 2018;379(2):111-121. doi:10.1056/NEJMoa1804710

[3]Lænkholm AV, Jensen MB, Eriksen JO, et al. PAM50 Risk of Recurrence Score Predicts 10-Year Distant Recurrence in a Comprehensive Danish Cohort of Postmenopausal Women Allocated to 5 Years of Endocrine Therapy for Hormone Receptor-Positive Early Breast Cancer. J Clin Oncol. 2018;36(8):735-740. doi:10.1200/JCO.2017.74.6586

[4]Cardoso F, van't Veer LJ, Bogaerts J, et al. 70-Gene Signature as an Aid to Treatment Decisions in Early-Stage Breast Cancer. N Engl J Med. 2016;375(8):717-729. doi:10.1056/NEJMoa1602253

[5]Buus R, Sestak I, Kronenwett R, et al. Comparison of EndoPredict and EPclin With Oncotype DX Recurrence Score for Prediction of Risk of Distant Recurrence After Endocrine Therapy. J Natl Cancer Inst. 2016;108(11):djw149. Published 2016 Jul 10. doi:10.1093/jnci/djw149

[6]John Bartlett, Dennis Sgroi, Kai Treuner, et al.Trans-aTTom: Breast Cancer Index for prediction of endocrine benefit and late distant recurrence (DR) in patients with HR+ breast cancer treated in the adjuvant tamoxifen—To offer more? (aTTom) trial.2019 ASCO; Abstract 505.

[7]NCCN clinical practice guidelines in oncology: breast cancer 2020