現代潛艇作為水下利器，其殺手鐧就是魚雷和飛彈。不過，早期潛艇還有一項基本武器配備，那就是甲板炮。畢竟，在飛彈還沒有被裝上潛艇的早期，潛艇的魚雷攜帶量十分有限。為了保證持久戰鬥力，潛艇在打擊一些沒有威脅的商船時，往往都會直接用甲板炮將其擊沉，那麼問題來了，潛艇為了保持隱蔽，此需要長時期在水中潛行，裸露在外面的甲板炮如何防水呢？其實，設計者在研發潛艇甲板炮的過程中，就考慮到防水因素了。
首先來說，潛艇甲板炮可以被看作海軍驅護戰艦艦炮的改裝升級版。由於艦炮本身的液壓復進結構就屬於密閉結構，因此潛艇甲板炮想要防水，只需要在炮管、方向調整結構和光學設備上進行調整。一般來說，潛艇甲板炮在非戰時情況下，炮口部分都會用塞子塞住，以防止海水進入，而炮身部分和火炮俯仰機構則被防水油脂貼住保護。這種保護措施並不能做到萬無一失，因此潛艇在下潛一段時間後，都會在周邊並無敵情的前提下上浮，艇員們就會利用這段時間對甲板炮進行維護保養，補漆、加裝防護油脂、擦拭齒輪等都屬於日常維護工作。比如，在電影《獵殺U-571》中，這些甲板炮維護流程就在影片中真實再現。
在這裡需要說明的是，一般水面戰艦的艦炮為了保持射擊精準度，都會加裝光學輔助設備。而對於潛艇來說，只有在近距離攻擊商船的情況下才會動用甲板炮，因此只需要在一些小口徑甲板炮上加裝機械瞄具即可，這種即拆即裝的設備非常方便。
從上述這些維護保養流程就可以推測出，甲板炮從封閉到使用，也需要一個複雜流程。在潛艇上浮後，艇員們要衝向甲板進入崗位，首先將甲板炮的密封蓋拆除，並將炮口中以及炮身上的海水擦拭乾淨。此外，跑組成員還要將潛艇內的炮彈搬運到炮位。一般來說，一個甲板炮炮組由3名艇員組成，在完成一系列操作之後，甲板炮的射速可以保持到每分鐘15-18發。
總體來說，甲板炮的實戰意義並不大。特別是到了二戰之後，隨著柴電動力技術、AIP系統技術越來越成熟，常規動力潛艇的持續潛航時間都達到了兩周之上，核潛艇更是常年在水下航行。自此，魚雷和飛彈成為潛艇武器系統兩大當仁不讓的主角，甲板炮也就正式退出歷史舞臺了。