為維護日本外交威信，維持日俄兩國關係於不墜，日本首相松方正義，召開內閣緊急會議，會上達成一致意見，以「大逆罪」罪名處決罪犯津田三藏，承擔國際法上政府責任。外交上息事寧人，刻不容緩，殺一浪人，又有何惜？並將內閣善後決定，向前首相，現任元老院院長伊藤博文等人通報。
日本最高司法機關大審院（最高法院），火速組成特別法庭，當晚由一名預審法官和兩名檢察官，對「大津案件」進行審理。不過，司法機關與力主從嚴從快從重的行政機關，很快就因如何適用刑法，產生嚴重分歧，相持不下。日本內閣以案件牽涉日俄外交關係，俄國隨時發動戰爭，且早有兩國密約為由，主張非重判不可。
新出任大審院院長一職的兒島惟謙，拍案而起。就法言法，《日本刑法》第116條，規定凡加害日本天皇、皇后、皇太子等皇室成員者，不分未遂即遂，一律處以死刑。這一條加害皇室之罪，俗稱大逆罪，只適用於保護日本皇室成員人身安全，而非訪日的外國皇室成員，後者地位與普通日本國民無異，其理甚明。
依據現代刑法「罪刑法定主義」，法無明文規定不為罪，法無明文規定不處罰。刑法最忌類推，貿然擴張解釋，必動搖刑法基礎。本案只能按照普通殺人未遂罪，處以被告終身監禁。加之《明治憲法》規定法治國家，政府施政必須完全遵守法律，自不得玩弄法律於股掌間。
日本行政部門不以為然，以事涉兩國邦交，關係國家重大利益，並以事前兩國政府早有協議，事後內閣決議適用刑法116條，並已通報俄國等理由，首相松方正義親自出馬，與兒島惟謙院長見面，力陳己見。同時透過綿密人脈，安排親友及前輩，向七位主審法官施壓，要求他們相忍為國。避免日本外交食言，防止俄國藉機挑釁。多數法官在強大壓力下，立場搖擺，同意尊重日本內閣的重判主張。
大審院院長兒島惟謙，司法歷練二十餘年，深知兩年前頒布的《明治憲法》雖規定司法獨立原則，但無奈日本行政權獨大，根基未深的司法權，隨時可能胎死腹中。此案動見觀瞻，一旦司法向行政示弱臣服，日後斷難有出頭一天。他馬不停蹄，來到大津，向七位法官痛陳利害。動之以情，曉之以理，挽狂瀾於即倒，成功說服下屬同舟共濟。
法官天職依法審判，日本司法能否獨立，在此一舉。他鼓勵法官：「既然法無明文規定，不能草率判處死刑。堅持原則，拒絕向政治壓力屈服。諸君，捍衛司法獨立，捨我其誰？」
日本政府聞訊，立刻派出內務大臣西鄉從道與法務大臣山田顯義二人，聯手向法官遊說。沒想到，七位法官以司法獨立為由，拒絕在審判前，與行政官員見面。法務大臣山田顯義聞訊，七竅生煙，簡直不敢相信，平時溫文爾雅的法官居然敢如此「放肆」，破口大罵：「好個法官，居然如此無禮，豈有此理？」
公判前夕，5月25日，日本總檢察長三好退藏與法務大臣山田顯義，祭出「撒手鐧」，聯名發布敕令，規定刑法116條可以進行擴張解釋。水來土掩，兵來將擋。法理功底深厚的兒島惟謙，挺身而出，以其人之道，還治其人之身。他微微一笑，《刑法》總則第三條白紙黑字，禁止法律溯及既往原則，新敕令無法適用於「大津」案，殆無疑問。兒島向法官表態，如判決曲解法律，身為負監督責任的大審院長，將辭職以答天皇，以謝世人。