但當中逐漸有人淪為律法主義，給魔鬼留了地步，1950年，復興才剛開始，就白白錯過，結果信徒慘遭大屠殺。黑暗勢力再度籠罩烏幹達。
60年代初期五旬節般的復興臨到，但在教會卻不斷有混亂、紛爭之事，更大的逼迫隨之而來。1970年阿明總統上臺，他以暴政聞名，先把所有猶太人趕逐出境。烏幹達曾經被英國首相邱吉爾稱為「非洲珍珠」，可是好景不長，在1971年阿明發動政變，獨攬大權於一身，開啟了烏幹達歷史上最黑暗時期的序幕，阿明執政時把回教列為國教，逼害基督徒。阿明喜歡吃人肉，把人肉與肺腑放在冰箱，然後慢慢烹煮來吃。1973年下令不準教會建立，1975年屠殺傳道人，1977年勒令關閉所有基督教會（天主教、聖公會除外），宣布烏幹達是回教國家，逼迫基督徒，執政期間殺害了上百萬人，並且邪靈密術橫行。
光是在阿明統治的8年期間，估計約有50萬名烏幹達人遇。基督徒躲到叢林裡聚會，劬勞禱告，為國家晝夜代求。當烏幹達教會開始起來依照神的心意為國祈禱，兩年後暴君阿明下臺。
1979年阿明雖遭驅除，但烏幹達已元氣大傷，自此陷入無止境的內戰與政治惡鬥的循環之中。當時教會起來為短暫的和平禱告後，又再次停止禱告而鬆懈下來。1987年愛滋病對烏幹達的影響如野火燎原，1990年，烏幹達竟淪為全世界愛滋病比例最高的國家。1994年信徒遭第二次大屠殺，「一直到現在，醫治才剛開始」，慕約翰沉痛地說。
1982年，烏幹達發現第一例愛滋病，隨後迅速蔓延。十年內，不到2400萬人口的烏幹達，共有數百萬人受病毒感染，愛滋病帶來的影響，造成超過1320萬名兒童成為孤兒，143.8萬人患病，83.8萬人死於此病，有百分之三十幾的人得愛滋病，另外有三分之一的人疑似愛滋病，這個國家既貧窮又充滿了瘟疫、疾病，所以簡直是個絕望的國家。最嚴重時，有的工廠因患病工人和死亡人數多而無法開工；有的村莊全村能勞動的人都患了病，地裡無人幹活。國家的正常生產和生活受到嚴重影響，這個國家幾乎每一個人都活在絕望之中。
當他們絕望到極點的時候，他們開始尋求神。他們到教會尋求幫助，那時基督徒也被逼迫，只好躲到叢林裡去禱告，有時二十四小時的禱告，人被逼到一個盡頭，只好迫切地尋求主。