在談到秦朝歷史時，李斯是一個無論如何也繞不過去的關鍵人物，這位君主幫助秦王嬴政籌劃兼併山東六國，實現了中國史上第一個真正意義上的大一統。六朝滅亡後，李斯又建議嬴政稱帝，並主張廢封、建郡，焚詩禁書，統一文字、車軌、錢幣、度量衡，北驅匈奴，南擊百越開嶺南，為秦帝國的建立與鞏固立下了奇功。
但令人費解的是，作為秦帝國的頭號功臣，李斯最終並非善終，而是落得一個被腰斬，三族滅亡的悲慘命運。那李斯到底因何遭受如此殘忍的待遇呢？從多種歷史資料綜合分析，可能有三個主要原因：
權力過盛
秦始皇為了報答李斯的恩情，不僅提拔李斯為丞相，對其言聽計從，而且還與李斯結為兒女親家，讓他的兒子們都娶公主，而女兒們都嫁給了皇子。對於李斯家族來說，這無疑是一個巨大的榮寵，也是人臣所能達到的極限。然而，對於任何有遠見的人來說，他明白「水滿則溢，月滿則虧」的道理，一旦一個人或一個家庭擁有了強大的力量，迎接他們往往是一場災難。
原因無他，秦始皇時期的嬴政，一旦執政者權力過大，聲望過高，無形中就會對帝王構成致命威脅，即使他沒有謀朝篡位的野心，也難逃被猜忌、清除的命運。所以，聰明的臣子從不追求權勢名利，即使不得已而為之，也要不顧一切地擺出一副庸庸碌碌的樣子，時時向皇帝表忠，以此來消除皇帝對他們的敵意。李先生不明白這個道理，謀殺只是早晚的事。
作法自暴自棄
李斯出身法家，推崇以「法術勢」治天下，認為政府的權力應儘量擴大，併集中於帝王手中，使他成為人人畏懼的對象，從而壓制臣下，穩定國家。基於這一思想，李斯向秦二世提出了一套獨斷專行、嚴明律法的治國方略，即以監察治罪等手段鞏固中央集權，壓制臣民的反抗和違法亂紀，使法家思想走向極端。
根據正史記載，秦二世胡亥之死是由李斯的勸告而來，「刑者半於道，死則日積月累」。殺眾者為忠"(見《史記·卷七十二·李斯列傳》)，到處瀰漫著恐怖的氣氛。然而，根據「法不責眾」的原則，種種惡法的提出者，往往也會淪為其犧牲品，例如，幫助秦國實現變法富強的商鞅，就是很好的例子。就李斯而言，也難逃歷史的鐵律。
趙高誣陷
出於利益的原因臨時聯合起來的人或團體，最終也會因利益的紛爭而散夥、火併，此法則對李斯和趙高十分適用。誠然，李斯內心十分鄙視趙高，不僅因為後者缺乏男人所必需的「部分」，更因為地位低下，跟他完全不相稱。然而，為了享福，李斯不得不與趙高合謀，通過偽造詔書將秦二世扶上了王位，但也由此為自己的悲慘結局埋下了伏筆。
秦二世既已登基，李斯、趙高各得其所，看來也不該有矛盾之處。但是，對於政治人物來說，追求權力卻是無止境的，趙高自詡為秦二世之師，再加上有扶立之功，自然對丞相的職位充滿了渴望，李斯就成了他的「眼中釘」。因此可以想像，趙高為了扳倒李斯，必然會盡全力誣陷他，直到他把對方徹底擊倒。
趙高，便在秦二世面前挑撥離間，聲稱李斯故意戲弄皇帝，總是趁後者沉溺酒色之時奏起，而在正常的朝會中卻不發一語。更有甚者，趙高還誣陷李斯跟長子，三川太守李由私通陳勝叛軍，企圖取代嬴氏為秦王。秦二世是個糊塗人，在趙高的蠱惑下把李斯送進了死牢，後者雖然受了刑，卻只能認罪種種莫須有的罪名。最後，李斯被腰斬，被滅三族。
當天，被推上斷頭臺的他面無血色，閉著眼睛回想著幾十年如煙的往事，不禁悲痛不已。緩緩地睜開眼睛，李斯抱著自己的次子，邊哭邊哀嘆道：「要知今日，又何必當初。如今我們父子都淪落到這樣的地步，連牽著黃狗到東門去捉狡兔的癮，也不能解決！」秦二世二年(前208年)七月，李斯在鹹陽街頭被人腰斬，殺三族。