明初，因朱元璋認為相權嚴重威脅到皇權的統治，所以在洪武十三年（1380年），遂以「胡惟庸案」為契機，宣布廢除「宰相制」，權分六部，由皇帝直轄六部，總攬全國軍政事務。可朱元璋畢竟只是一個人，精力始終有枯竭的時候，而明代的疆土又大，千餘個縣，哪怕每個縣每個月只有二三件事情需要皇帝處置，這數量也是十分龐大的，絕非是一人就能獨自處理的完的，據史所載，朱元璋在廢除丞相後，曾在八天內，平均每天批閱奏章兩百餘件，處理國事四百餘件，從中可知其政務的繁重。而最開始，因朱元璋尚在壯年，他到還能勉強去應付這些繁瑣的政務，但隨著他逐漸步入老年，其體力已經不允許他再去不眠不休的處理全國遞送上來的奏章。
可就算朱元璋再沒精力去處理這些政務，他也得去處理，如若他不處理，全國遞送的奏章就會堆積，而一旦奏章堆積，整個國家勢必就會陷入癱瘓，因為以明初那種中央高度集權的局面，皇帝若不給出處理意見，各衙門、州縣長官可是什麼都不敢做，也是無權去做的。只得說，這就是廢除「宰相制」所必然會出現的弊端。如此，晚年的朱元璋迫不得已只能是再次啟用一批人，即置殿閣大學士，以此來協助自己處理繁重的政務。而為了不重現明初相權威脅到皇權的問題，這些殿閣大學士官階都較低，不過五六品，且職權也都不重，他們只負責替朱元璋出主意，卻並不參與政事決策，決策一事還是由朱元璋一人所掌。
之後，到了永樂時期，因永樂經常在外徵戰，朝中事務依舊需有人處理，由此朱元璋所置的「殿閣大學士」被繼續保留下來，並被加重權力，此時的大學士不再是提供意見的官員，而開始參與到朝中機密事務的決策當中。自永樂後，後世熟知的「內閣」由此形成。此後，經仁宗、宣宗二代帝王的完善，內閣正式形成。此時，內閣大學士掌握票擬權，負責替皇帝批閱奏疏，並將處理意見寫於票籤之上，而後由司禮監轉呈給皇帝進行批紅，決定是否執行，若執行則將奏章交由六科校對，無誤後下發，最後交由六部等衙門負責執行。按理說，這套政治模式是比較完美的，皇帝掌決策，內閣掌建議，六科掌校對，六部掌執行，這種模式可最大限度的保證國家的正常運轉，不至於因皇帝無能而影響到國家的穩定。
但是，誰叫朱家皇帝，自朱元璋開始，就多是多疑之君，窮人出身的朱家皇族，是無時無刻不再害怕自己的天下會被他人所奪。因此，為了自己的朱家天下穩如泰山，他們顯然是不會將權力完全放在一個籃子上的。宣宗時期，為避免內閣一家獨大，同時也有偷懶的嫌疑，明宣宗就將原本屬於皇帝的「批紅」權交由司禮監的掌印、秉筆、隨堂太監負責，此後是「群臣奏進文書，由皇帝親批數本，其餘由司禮監官按閣票所擬字樣照錄，或奉旨更改，用硃筆批之」，除重要事務由皇帝親自批示外，其餘政務皆由司禮監代其處理。因此，自宣宗後，內閣、司禮監與朝廷的關係很簡單，「內閣」、「司禮監」與皇帝共同掌控朝廷。
內閣執掌朝廷的運行；司禮監執掌朝廷的決策；皇帝則穩坐釣魚島，平衡內閣與司禮監的權勢，讓他們可以相互牽制，以此穩定朱家對於朝廷的掌控，同時在關鍵時刻，若內閣與司禮監在某些軍政事務上出現重大分歧的，皇帝則站出來乾坤獨斷。著重要說的，是「內閣」與「司禮監」的關係。在很多人看來，內閣與司禮監應該是單純的敵對關係，畢竟皇帝之所以讓司禮監掌控批紅權，其根本目的就是為了制衡內閣，因此皇帝顯然是不會讓他們有相互勾結的機會的。而司禮監的權力又皆來自於皇帝，他們也十分清楚自己存在的目的是什麼，為了繼續擁有這權力，他們也不會去與內閣相勾結。
所以，基於以上原因，多數人都認為內閣與司禮監應該就是單純的敵對關係。在真實的歷史上，「內閣」與「司禮監」的關係真的只有單純的敵對關係嗎？非也。明代，內閣與司禮監並不是完全的處於敵對關係，有時他們還會進行相互合作。到這裡，或許很多人就不明白了，不是說古代那些文人士大夫們向來是瞧不起那班陰陽怪氣的宦官嗎？東漢史學家班固曾言：「刑餘之醜，理謝全生，聲榮無暈於門閥，肌膚莫傳於來體」，就是宦官這類人，與普通人不同，是一群殘缺的人，向來是被人瞧不起的，名聲很不好。而明末思想家黃宗羲亦言：「奄宦之如毒蛇猛獸，數千年以來，人盡知之矣，乃卒遭其裂肝碎首者，曷故哉」，就是宦官就是毒蛇猛獸，數千年來，對於擅權的宦官，文人士大夫們是恨不得喝其血，食其肉。
那既然是瞧不起，內閣大學士這班百官之首又為何要自降身份去與之合作呢？這不是讓人貽笑大方嗎？只得說，內閣與司禮監合作，這是迫不得已的事情。眾所周知，宦官作為皇帝身邊的近侍，較之外臣，他與皇帝待在一起的時間顯然要更長，可謂是日夜相伴，因此宦官的言行多多少少是會對皇帝的決策產生一定的影響。同時，再加上明代宦官又被賦予了「批紅權」這等重權，利用這個權力，宦官一定程度上是可以決定內閣提交上來的「票擬」通過與否的。正如黃宗羲曾言：「吾以謂有宰相之實者，今之官奴也」，明代，宦官的權力已經達到「無宰相之名，有宰相之實」的地步。
由此，內閣閣臣們要想在朝堂上取得一番成就，他們就必需與司禮監進行合作，只有得到司禮監的支持，他們才能在政務上有所成就，也才能順利的將他的政治願望付諸於實際行動中。而在明代，內閣與司禮監進行強強合作的最為典型的代表，就是萬曆年間的張居正和馮保。這兩者之間的合作主要表現在馮保對張居正入閣和改革的支持與張居正對馮保利益的維護。首先，張居正能夠當上內閣首輔大臣，這之中是少不了司禮監掌印太監馮保的幫助的，當時若不是他在萬曆面前進言：「高先生云：十歲兒安能決事」，從而惹怒萬曆，促使是「上怒，入告兩宮，兩宮皆訝」，最終將內閣首輔高拱趕出朝堂，張居正又怎能當上內閣首輔？正如《明史》所言：「居正固有才，其所以得委任專國柄者，由保為之左右也」。
而後，在張居正當上內閣首輔後，若不是馮保的支持，他的改革也不可能能那麼順利的進行著。要知道，最初張居正剛剛實現改革的時候，朝中可是有很多官員反對，而為了阻止他的改革，有些官員是數次上奏兩宮太后，彈劾於張居正，可為何張居正卻始終都沒事呢？還不是因為馮保在內廷對他的鼎力相助嗎？此後，當張居正面臨丁憂時，其政途隨時都有可能陷入末路，而改革也隨時有可能中斷之時，此時馮保站了出來，「江陵聞父訃，念事權在握，勢不可已，密與保謀奪情之局已定」，他力促張居正奪情，以此保住了張居正的政途，及改革，如《明史》所言「居正之奪情及杖吳中行等，保有力焉」。
當然，對於馮保的鼎力相助，張居正也並未虧待於他。當時，只要馮保不幹涉朝政，不傷國體，其他方面都是無底線的縱容，甚至還會主動維護馮保的利益。如《明史》曾記載這麼一件事：「及為太常，省牲北郊，東廠太監馮保傳呼至，導者引入，正面爇香，儼若天子」，就是說當時馮保去祭祀的時，曾僭越禮法，使用了天子才能使用的禮儀。按理說這等逾越，已足夠讓馮保死上百回了，可這時張居正對其是不聞不問，聽之任之。再如，馮保曾經有意在自己的家鄉建坊，此時張居正居然就吩咐當地官員替馮保代建。從以上的記載可以看出，張居正和馮保之間的已經是形成了一種相互依賴的政治聯盟關係。
他們是相互庇護，又相互利用，張居正維護著馮保在外廷的利益，而馮保則保證張居正在內廷中的地位，兩者是互相依賴，共同生存。而事實上，縱觀明朝二百餘年的內閣與司禮監的合作，也多是這種合作模式，即司禮監保證內閣在內廷中的地位，而內閣則維護司禮監在外廷中的利益，兩者是共同發展，共同壯大。不過，多數時候，明代士大夫們與宦官都處於勢不兩立的態勢，再加上皇帝的有意推動，內閣與司禮監多數時候卻是處於敵對的狀態。「然內閣之票擬，不得不決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人。於是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉傾倒於其手」，因當時明皇帝為了限制和削弱閣權，從而維護皇權，遂就將批紅權下放給司禮監，以此形成三足鼎力之勢，讓皇權可以凌駕於閣權和宦權之上。
隨著司禮監掌控批紅權，不可避免的司禮監就會與內閣發生矛盾，內閣不希望司禮監插手朝政，而司禮監也不希望內閣阻礙自己掌控朝政，由此，他們不可避免的就會出現衝突。如明英宗時期，王振欲把持朝政，此時以楊溥、楊士奇、楊榮為代表的內閣，為阻止王振把控朝政，就與王振為首的司禮監發生了嚴重的衝突。再如明武宗時期，劉瑾弄權，以劉健、謝遷、李東陽為代表的內閣就與以劉瑾為首的司禮監進行了有效的鬥爭，《明史紀事本末》載：「大學士劉健、謝遷、李東陽聞帝與八人戲之度，連疏請誅，略曰：「政在於民生國計，則若罔聞知，事涉於近侍貴戚，則牢不可破。
臣等叨居重地，徒擁虛御。或旨從中出，略不與聞；或眾所擬議，竟行改易。若以臣言為是，則宜府賜施行；臣等言非，亦宜明加斥責。而往往留中不發，視之若無」。某一日，大學士劉健、謝遷、李東陽就聯合上奏於武帝，抨擊司禮監扣留奏疏，造成了上下政令不通的局面，以此建議武帝要以江山社稷為重，誅殺掌控司禮監的劉瑾等八虎。總得說，作為明代朝堂上兩股最重要的力量，並持續存在百餘年的時間，內閣與司禮監兩者之間的關係是既有互惠互利的時候，也有你死我活的時候，不過多數時候，是「你死我活」要多餘「互惠互利」的時候。當然，無論內閣和司禮監是合作還是鬥爭，最終受益的始終都是皇帝。
與此同時，無論內閣與司禮監的關係如何，他們之間在政務上的正常往來，相互合作是絕對不可避免的。「凡每日奏文書，自御筆親批數本外，皆眾太監分批。遵照閣中票來字樣，用硃筆楷書批之」，內閣和司禮監的分工是十分明確的，內閣擬票，司禮監則負責將擬寫好的票傳遞到御前，皇帝硃批後，或者是司禮監批紅後，則再將旨意、聖諭等傳到內閣。也就是說，實際上司禮監就是皇帝和內閣之間的一道橋梁，雙方之間的聯繫多數是要經過司禮監。