在佛教的催化之下，中國本土道教在宋朝時期，逐漸產生了全真教和正以教，南方是正一教，北方是全真道，也算是南北對峙之下的別樣景觀，因為元朝的統一，全真道一家獨大。
在成吉思汗西徵的時候，全真派丘處機曾經受邀前往軍營宣揚道法，實際上是成吉思汗聽說丘處機是神仙，想跟他學習長生不老的辦法，但是丘處機到了軍營之後，勸成吉思汗不要亂殺人，也不要隨便亂發脾氣，這樣就可以保證益壽延年。
丘處機勸成吉思汗不要亂開殺戒，成吉思汗和後來的繼承者都對丘處機非常尊敬，也對全真道非常寬容，甚至委任丘處機為總管天下道門的國師，身份地位十分尊崇。
丘處機呢，是王重陽的徒弟，在射鵰英雄傳中是一個非常牛氣的人物，並非金庸杜撰，而是史上實有其人，比小說中更加的牛，他在拜入王重陽門下之後，開創道教龍門派，後來金國皇帝、宋朝皇帝和蒙古皇帝都對他禮敬有加，但是丘處機冷靜的親近蒙古人。
這一次行動，給全真道換來百年發展機遇，後來蒙古人縱覽天下，道教尊崇一時，而丘處機的龍門派也成了道教的顯赫派別，在元朝時候盛極一時，勢力非常龐大。雖然後期佛教後來居上，但是瘦死的駱駝比馬大，一直受到皇室的優待。
進入明朝之後，雖然朝廷不在格外優待，而發跡於南方的明朝對正一道有格外的情感，北方的全真道於是逐漸衰落，不復往日的風採，幸好有最大支系龍門派支撐才不至於滅亡。
由於明朝對理學的加持，朱元璋主張以儒家為主，官方面前佛道兩家都很脆弱，但是在民間，千百年浸潤下，基礎非常雄厚，而且對釋儒道的區分不是很多，早就融合一體。
元朝末年，因為佛教泛濫，明朝開始對此有了糾正，而尊儒之下也更加奠定了儒家的正統地位，在這樣朝廷推崇儒家，抑制佛教的情況下，道教雖然衰弱，但是依然有足夠的生命力。
所以在這樣的背景之下，由民間的融合趨勢推動上層職業宗教人士的主動融合，於是道家龍門派提出了三教合一的思想，歪史認為，他們提出的背景主要是在失去朝廷支持，甚至刻意打壓的情況下，各宗教勢力不得不變換思路。
三教合一則是可以完全互相融合，互相扶持，這也是延續道教命脈的一種策略。畢竟衰落的宗教在八股文之下，存活受到影響，活著才是硬道理。
另外，也不排除龍門派核心人物也確實對三教合一有不一樣的認識，那就是認為三教核心一樣，或者終極結果是一致的，不過是表現形式、修煉途徑不一樣，但是終究殊途同歸。於是提出了三教合一的主張，互通有無。