朱熹在《孟子集注》中直接使用的「理」字，包括如下幾種涵義：首先，理之全體。這一層面的「理」是作為宇宙人生的本體使用的。表達這種涵義朱熹有時也使用「天理」概念。其次，物理。這是事物生存發展所遵循的規律、法則，這對於物來說。再次，倫理。這是人對待他人、家庭、國家、天下所應當持守的規範、準則。最後，性理。這是人所稟受於天之理，他規定了人性本善，是道德的先天基礎。以下具體分析這四種涵義在《孟子集注》中的表現。
理之全體。這一涵義的表達，朱熹都將「理」與指代整體意義的形容詞或名詞聯用。例如：「天地之理」「理之本然」「萬理具備」「至理」「理之常」「必然之理」等。朱熹用這些包含整體、本原意義的詞彙來修飾「理」，旨在說明這裡所使用的「理」指向絕對的、最高的、全體的理本體。為了突出「理」是宇宙的主宰，朱熹還使用「天理」這一概念，這裡的「天」不是指自然之天，而是意志之天，「天」與「理」並用表現了「理」的至高無上、絕對權威和亙古不變。例如：「凡事求可，功求成。取必於智謀之末而不循天理之正者，非聖賢之道也」「以其全盡天理，乃天之民」「法者，天理之當然者也」「蓋其所以為心者，莫非天理之極，人倫之至」等。總之，朱熹在本體的理的意義上使用「理」或「天理」概念，從而闡發了「理」的最本質特徵和終極意義。2.物（事）理。在對《孟子》文本中涉及事物存在和發展規律問題的詮釋時，朱熹所使用的「理」表達的是這一層涵義。例如：「規矩盡所以為方圓之理」「博學於文而詳說其理」「孟子言物之不齊，乃其自然之理，其有精粗，猶其有大小也」「人之有形有色，無不各有自然之理，所謂天性也」等。這一層次的「理」是作為事物存在和發展演變的法則而存在，萬物各循其「理」，才能並存而不相害。
3.倫理。在詮釋《孟子》文本中涉及處理個人與他人，個體與群體之間的關係的問題時，朱熹所使用「理」表達的是倫理的涵義。鑑於《孟子》文本中有很多關於倫理、政治問題的討論，因此，在《孟子集注》中，朱熹對這一層面「理」的使用是很普遍的。例如：「君子之辭受取予，惟當於理而已」「進退久速，當於理而已」「禮貌衣冠言動之間，多不循理」「人心為貧賤所害，故於富貴不暇擇，而失其正理」「橫逆，謂強暴不順理也」等。朱熹運用這倫理層面的「理」去詮釋《孟子》，為《孟子》當中討論的諸多倫理問題和政治問題提供了形上的規範和依據。
4.性理。所謂的性理，是相對於物理來說的。陳淳說：「理與行字對說，理乃是在物之理，性乃是在我之理。」凡物皆有理，這是天賦予的。以人為主體來觀外物，物各有其理；人自我反觀，天賦予人的理就是人性，人性是拋卻人的物理屬性之後對人的本質屬性的規定，這就是性理。在詮釋《孟子》文本中的心性論問題時，朱熹所使用的「理」表達的是性理的涵義。例如：「仁者，心之德，愛之理」「性者，人所稟於天以生之理也，渾然至善，未嘗有惡」「性即理也」「仁者，人之所以為人之理也」等。朱熹認為性是心之體，因此，《孟子集注》當中一些對「心」的描述，儘管沒有出現「理」字，但仍然表達的是性理的涵義。例如：「理義之心」「秉彝之良心」「本心」等。朱熹使用理的這一層涵義去剖析《孟子》中的心性理論，理順了「心」「性」「情」「才」四者之間的關係，這也構成了朱熹心性理論的重要內容。
「道」在《孟子集注》當中的使用同樣廣泛。當然，朱熹的哲學核心範疇是「理」而不是「道」。關於「道」與「理」的區別，在《中庸章句》中，朱熹解釋「天命之謂性，率性之謂道」時說：「命，猶令也。性，即理也。天以陰陽五行化生萬物，氣以成形，而理亦賦焉，猶命令也。於是人物之生，因各得其所賦之理，以為健順五常之德，所謂性也。率，循也。道，尤路也。人物各循其性之自然，則其日用事物之間，莫不各有當行之路，是則所謂道也。」朱熹認為，二五之氣化生人物，理就如天命一般賦予人物之中以成其性，在人倫日用之間，人物依此性（理）而行，這就是道。也就是說，道是人所當行之理，道據於理，理是內在的規定性，道是外在的規則。因此，陳淳說：「道是就人所通行上立字。與理對說，則道字較寬，理字較實，理有確然不易得義。」伊藤仁齋也說：「道見於外面，理存於裡面，故道廣大而淺，理細密而深。」總的來說，道是根據於理的為人人倫日用之間所遵循的規則，從體用論的角度來說，道是用，理是體，體決定著用，用彰顯著體。因此，對於《孟子集注》中的「道」的理解，我們可以參照對「理」的分析來進行。
首先，道指理之全體。儘管道是人倫日用之間人所當行之理，道相對於理來說更為具體，但是在特定的語境之下，《孟子集注》中的道也有從整體上言理，即指天理。例如：「天道」「道有定體」「常道」。此外，朱熹將表徵理想人格的概念與「道」聯用，這裡的道，不是具體指向人生某一個領域所應遵循的法則，而是指向理想的人格修養應該持守的總的行為規範，因此這裡的道也指向全體的理。例如：「孔孟豈不欲道之行哉」「聖人之愛民深而求道切如此」「聖賢之道，進則救民，退則修己，其心一而已矣」「人或不能及門受業，但聞君子之道於人，而竊以善治其身」「堯舜之道大矣」「君子之於道，識其全體，則心不狹；知所先後，則事有序」。其次，道指事理，用以概括事物存在和發展的規律性。
例如：「生之無道，取之無度」「括有死之道焉」「荒淫暴虐，所以致亡之道也」等。再次，道指倫理，這裡的道作為指引人們處理人與人、人與家、國、天下之間的關係的準則而存在。例如：「孝子仁人所以掩其親者，必有其道」「君臣父子之道」「事親之道」「報施之道」「交以道」「取友之道」等。最後，道指性理，這是就人性上言「道」，是道在人的心性當中的體現。《孟子集注》當中，這種用法不多，只有「人之有道，言其皆有秉彝之性也」「仁義之道，其用至廣」兩處。通過上述分析可以看出，《孟子集注》中「道」的使用是本於「理」的。朱熹重「理」卻以「道」言之，一方面，這是出於對《孟子》文本中對「道」的使用的直接沿用；另一方面，朱熹承襲了儒家經典當中用「道」來指示宇宙人生終極法則的傳統，在此基礎上，朱熹以「道」言「理」，突出了「理」是其哲學體系最抽象、最核心、最具統攝力的範疇。