1543年5月24日，正處在彌留之際的哥白尼，收到了出版商為自己送來的《天體運行論》。這是哥白尼幾十年的觀察和研究的結晶，可他直到生命的最後一天才能看到它的出版，其間遭到的阻礙可想而知。
為何當時的羅馬天主教廷如此懼怕「日心說」？真的是因為「日心說」和《聖經》相違背嗎？事實上，這只是一種藉口，宇宙觀的改變所能帶來的影響，牽扯到的利益關係，以及其中的複雜程度可能遠遠超出我們的想像。
亞里斯多德-託勒密地心說體系
在哥白尼提出日心說之前，統治著人類宇宙觀的學術體系是亞里斯多德-託勒密地心說體系。地心說認為，地球是宇宙的中心，太陽、月亮和其他行星，都在圍繞地球運動，而在宇宙的最外層，則是靜止不動的恆星，創造了世界的「上帝」在遙遠的恆星上觀測這個宇宙。
儘管《聖經》中並沒有關於地心說的描述，但它當中恰好將世界分為了天堂、人間和地獄三個區域，與地心說的世界觀不謀而合。於是，歐洲的天主教教廷極為推崇地心說，將它奉在和聖經同等的地位上。
如果說地心說影響的只是人類對世界的看法，那麼哥白尼也許不會如此大動幹戈，冒著生命危險宣傳自己的日心說。但事實上，地心說的影響，從普通的物體運動，到人們的日常生活，甚至是對生老病死的看法，可謂是無所不至。
在哥白尼開始創作《天體運行論》前，義大利多個城市爆發了瘟疫，教皇亞歷山大又因誤服毒酒喪命。就在這多災多難的時刻，天空中突然出現了彗星斷天的異象。羅馬教廷馬上藉機炒作，宣稱這是上帝對人類的警告，弄得市民人心惶惶。
不久後，羅馬教廷又毫不客氣地宣稱天空將會出現四次兩星會合的現象，這種說法顯然是荒謬無比的，因為兩顆行星短時間內不可能多次會合。但當時的普通市民缺乏這種基本認識，對教廷的說法深信不疑。
而羅馬教廷敢如此大放厥詞，其實是為了藉機大賺一筆。他們宣稱在這之後各種災難將會接踵而至，唯一的破解方法就是購買教會的「贖罪符」。不少人為了躲避那根本不存在的災難，要麼抓緊時間行樂，要麼購買「贖罪符」，導致傾家蕩產，家破人亡。
此時的哥白尼正在和朋友研究兩星會合的問題，他明確地指出了教廷的錯誤，並給出了自己推算的兩星會合的日期。最終兩星會合出現的時間點，比教廷提供的日期早了一個月，卻和哥白尼推算的日期相差無幾。
而這已經不是地心說第一次出錯，在那之前，地心說就已經暴露出了不少問題，由它編制的曆法產生的誤差越來越大，不僅無法預測像日食、月食這樣的天象，就連季節的變化都會產生幾個月之大的誤差。
儘管身為一位虔誠的天主教神父，但哥白尼已經不肯再相信地心說，他想到了一種更簡潔的模型，並決心用這種模型來描述宇宙，全身心地投入到了《天體運行論》的寫作當中。
日心說
在此之前，哥白尼一直都在觀測天象，積累了大量的天文數據。藉助這些數據和神學的語言，他用拉丁文寫出了《天體運行論》。在書中，他委婉地指出，太陽作為宇宙的中心顯然比地球作為宇宙的中心更為簡潔、精準，他還特別說明星體的運轉和人類的生活沒有任何關係。但是哥白尼擔心自己會被教廷視為異教徒，一直沒敢將《天體運行論》出版。
儘管哥白尼已經十分小心謹慎，但還是引起了羅馬教廷的注意。在當時，幾乎每天都有人因為被視為宗教異端而被活活燒死，這讓不少有獨立思考能力的科學家對哥白尼的命運產生了深切的擔憂。好在哥白尼已經獲得了不少支持者，教廷又沒有明確的證據證明他是「異教徒」，無法加罪於他，也就無法對他進行實質性的迫害。
但羅馬教廷依然想方設法對哥白尼身邊的人下手，先拘捕了他的好友斯古爾捷特，又放逐了他的女管家安娜。此外，教廷還對哥白尼進行公開侮辱，在劇院上映了一部戲劇，具體內容就是一位瘋子天文學家因想入非非而被魔鬼抓走。
在哥白尼去世後，他的《天體運行論》已經成功出版，不過因為是拉丁文編寫，所以難以在普通市民中產生影響，但還是有不少有識之士繼續宣傳他的日心說體系。著名的哲學家布魯諾在哥白尼的基礎上進一步指出太陽也不是宇宙的中心，最終被活活燒死在了廣場上。
此時，義大利的一位科學家——伽利略也站了出來，表示自己對哥白尼的日心說堅信不疑。羅馬教廷極為震怒，稱伽利略的學說為異端邪說。伽利略為了讓教廷信服，貢獻出了自己發明的折射望遠鏡，讓教廷的人自己去觀測行星的運動軌跡，可教廷堅稱這是望遠鏡折射出的假象。
宗教法庭對伽利略進行了審判，將他判為異端，還將《天體運行論》列為禁書。在巨大的壓力下，伽利略最終還是屈服了，他向法院提交了供狀，寫下了「悔過書」，表示自己誤信了「邪教」：太陽是宇宙的中心，而地球在運動。不過他在被判處終身監禁後，仍在法院門口喃喃自語：「但是地球是在動啊！」
伽利略用望遠鏡觀測了木星的衛星的運動，為哥白尼的學說找到了直接證據。儘管新的宇宙體系在伽利略時期尚未完善，支持者們與羅馬教廷的對抗也依然沒有結束，但人類的宇宙觀已經發生了巨大的變化，宗教對政治的影響遭到了削弱，在對自然的描述中，數學語言取代了哲學語言，實驗科學取代了空想。
人類的發展自此跨入了一個新紀元。無論在什麼時代，我們永遠都需要夢想家，正是他們對真理的不懈追求和忘我付出，我們的世界才能發展到今天。