無學祖元在修禪法上給日本留下了巨大的影響。據楊曾文的研究：祖元在向門人傳授禪法時，經常結合自己的修行經歷反覆叮嚀，如同老婦人那樣親切教人，因而其禪法被稱為「老婆禪」。他說人人都有佛性，要人在「日用」中覺悟自己的「本心」。他強調參禪求道無須離開日常生活，「坐禪無用心處，眾人日用具足圓滿與如來一般」。
當時禪宗界盛行抄看公案語錄和「看話禪」。他結合自己自幼以來的坐禪經驗，勸日僧不要一味地迷信公案，在有的時候要主動放下公案，中止參究話頭，使心意自由放開，然後坐禪，「參取自己」，達到覺悟。祖元的法系在古代禪宗24派中稱「佛光派」。近代以後日本臨濟宗的14派中，圓覺寺派奉祖元為祖師。祖元的法系是日本鎌倉末期和室町時期最有影響的禪派之一。他的弟子中有名的禪僧有高峰顯日、一翁院豪、無象靜照等。顯日有弟子20多人，其中著名的有在室町時期五山禪林中起領導作用的夢窗疏石。無學祖元留有《佛光國師語錄》十卷。
綜上所述，在日本鎌倉幕府的初創階段，於南宋鼎盛的南禪宗給予了日本新興的武士政權以極大的精神支持，使鎌倉幕府在新開墾的文化沙漠上，建立了以禪學為中心的思想文化體系，使新生的武士統治集團獲得了自信，使武士道有了深度的宗教背景。東渡僧蘭溪道隆、無學祖元成為鎌倉幕府的最高首領——日本的實權者北條時賴、北條時宗的禪師，為南宋的宗教、建築、文藝、工藝等在日本的傳播發揮了巨大的作用。如今，建長寺、圓覺寺仍香火不斷，參拜者絡繹不絕。
位於鎌倉市中心東北部的建長寺創建於公元1253年，如今已有七百餘年的歷史。建長寺是鎌倉五山之首，其建築曾是日本最早最完整的禪寺建築，為日本諸多禪院的模本。建長寺歷史上幾經火災、戰亂的損毀，最後一次大規模的重建是在日本安永4年（1775）。2005年，又進行了一次大的整修，是為鎌倉最著名的禪林法窟。建長寺開山蘭溪道隆曾嗣法臨濟宗松源派的無明惠性禪師，在修行中與在華遊學的日僧、京都湧泉寺來迎院院主月翁智鏡成為知己。經月翁智鏡介紹得知日本的情況，33歲的蘭溪道隆決定東渡。1246年，他攜弟子義翁紹仁乘商船至博多，後投奔月翁智鏡所在的京都湧泉寺來迎院。
鑑於京都舊佛教勢力頑固，在月翁智鏡的建議下，蘭溪道隆投奔新興武士政權的所在地——鎌倉。果然，當時的鎌倉幕府的掌權人、尚只有22歲的北條時賴正準備在穩定江山之後建立新的宗教文化體系，大修禪苑。1253年，北條時賴在鎌倉巨福山創建建長興國禪寺，聘40歲的蘭溪道隆為開山。兩位俊傑的果敢的宗教革命行為引來了日本舊佛教勢力的打壓，在1263年，37歲的北條時賴英年早逝後，蘭溪道隆失去庇護，曾兩度被流放。1278年，蘭溪道隆留下「用翳晴術 三十餘年 打翻筋鬥 地轉天旋」的遺偈，於建長寺圓寂，終年66歲，敕諡大覺禪師。
如今，在建長寺，中國文化的遺蹟隨處可見。建長寺的整體布局仿中國徑山萬壽寺，由蘭溪道隆親自設計。總門、山門、佛殿、法堂等主要建築物基本呈一縱線，但因地形影響中軸線略有彎曲，僧房、庫房、浴室等附屬性建築排列左右。佛殿的鏡板天井繪有兩條栩栩如生的五爪金龍，佛殿的地板全部用青石方磚斜向鋪就。佛殿的本尊為地藏菩薩木雕坐像，高約5米，具有典型的14、15世紀的中國風格。佛殿的一端供奉有高約1米的中國宋代雕佛師陳和卿的作品千手觀音像。建長寺收藏有蘭溪道隆親筆題贊的《大覺禪師像》（日本國寶），其肖像畫呈南宋風格，線條清晰細膩，突顯出大覺禪師英偉的個性。建長寺還收藏有《大覺禪師墨跡》（日本國寶），其內容為蘭溪道隆為了嚴格推廣宋式禪風所定的法語規則。如「若在爐邊或僧堂內談話罰油一斤」，「早晨兩點至六點必須坐禪」，「早四點二十以後洗臉的話罰油一斤」等等。其筆法傳自南宋書法家張即之的楷書，謹直端正。寺寶中還有來自中國的青瓷貼花牡丹大花瓶，為元代龍泉窯的精品。
最值得記述的是建寺當初，1255年所鑄的建長寺大鐘。鍾高208釐米，口部直徑124.3釐米。其簡素雄渾的龍頭，自然的上帶飛雲，優雅的下帶唐草紋，富有立體感的蓮花紋撞座，遒勁的銘文都使之成為梵鍾傑作。在銘文的最後，寫有「建長七年二月二十一日，本寺大檀那相模守平朝臣時賴謹勸千人同成大器，建長寺住持宋沙門道隆謹題」之字樣。此鍾現被列為日本國寶。直到今天，日本人民仍不忘這位遠渡重洋、弘大佛法的禪師的功德。每到蘭溪道隆大師的冥日，也就是每年8月的23、24日兩天，都會舉行盛大的祭典，以紀念蘭溪道隆。寺中的僧人把蘭溪道隆的雕像抬上轎子，繞著寺內緩緩行進，前來觀禮的信眾不計其數。但事實上，蘭溪道隆大師圓寂之日應為農曆的7月24日。但在日本明治維新，統一曆法的過程中，為方便起見，就直接將日期延後了一個月，變成今天的樣子。
建長寺的庭院，是蘭溪道隆當年親自設計建造的，想必法師也曾面對著這裡的庭院，靜靜地沉入在禪的寧靜之中吧。如今，禪宗在建長寺已經生根發芽、開花結果，甚至不少韓國的佛教信徒都來這裡求道。建長寺最盛時旗下有49院，今天仍有十數院圍繞在周圍。蘭溪道隆的貢獻還不止如此，據寺中的僧人說，他還發明了一種類似於中國豆腐腦的湯，現在在各個寺院也還十分流行。蘭溪道隆遠渡重洋，促進文化傳播的精神，更給後世的人們樹立了典範。
位於鎌倉北部的圓覺寺以無學祖元為開山，以北條時宗為開基，建於1282年，全名為「瑞鹿山圓覺興聖禪寺」。「瑞鹿山」三字緣自釋迦初轉法輪處為鹿野苑；「興聖」二字緣自中國徑山興聖萬壽禪寺。圓覺寺初建時仿照徑山寺以中軸貫穿、左右排列的布局，建有山門、佛殿、法堂、僧堂、庫院、東司、浴室等禪寺典型的七大伽藍，後增建方丈舍利殿、藏經樓、御影堂、華嚴塔等。經數次水災地震後的重建，今仍為擁有諸多莊嚴伽藍和16塔院的一大禪林。