鎌倉幕府是日本幕府政治的開端，那這源賴朝一手打造的傑作。但直到1199年源賴朝去世時，幕府仍是一個複雜且微妙的組織。鎌倉幕府總部位於日本東部的鎌倉，這裡聚集著首次在政治力量上露出鋒芒的武士階層。在12世紀，武士給整個日本帶來了巨大影響，對於個人而言——像政府大臣、氏族首領、政治野心家等的作用也不容小覷。雖然武士刀往往可以決定戰爭的勝負，但武士階層卻從未在日本官僚等級制度中獲取到足夠的權力，他們甚至無法決定什麼才值得為之一戰。
源賴朝曾是一名士兵，生命中大部分時光也都在流亡中度過。作為政治棄兒，為了重新回到權貴階級，他為自己鋪就了一條新的道路。在組織叛亂的初期，他對東部武士承諾，如果他們發誓效忠於他，他會保證讓他們得到此前從未擁有過的地產、名聲和官位。
此時的源賴朝一無所有，幕府成了一場賭局：只有說服武士下注，才能擁有分發獎勵的獎池。憑藉家族的名聲與驚人的個人魅力，源賴朝永遠改變了日本的政治格局。
在源賴朝的帶領下，武士階層開始掌握他曾經許諾給他們的政治力量。但僅靠鎌倉幕府是不可能控制日本的。因為源賴朝沒有掌控管理國家所必需的行政體系。士兵也仍按照傳統的方式屬於分散的組織，向不同的領主和氏族效忠；沒有廣為接受的軍隊結構，也沒有明確的指揮系統。鎌倉幕府無法替代天皇在京都的古老權威，它能做的只是利用天皇的權威。這就意味著鎌倉幕府必須要和京都保持親密的關係。
源賴朝對此十分清楚，所以在1185年取得勝利後，他立即與後白河法皇談判，談判結果是他得到了官位，皇室也承認了他在東部的鎌倉建立的軍政府。幕府不會掌控日本，而是會以兩大力量核心之一的地位存在，它與京都就像橢圓的兩個焦點，日本的政治精英在這種不穩定的軌道中搖擺不定。天皇保留了其象徵意義上的重要地位，上皇依舊擁有行政機構，鎌倉的幕府將軍則有動武的權力。
這權力就像一份待取的禮物。在源賴朝20歲的兒子源賴家成為徵夷大將軍後，他的外祖父奪取了這份大禮。北條時政自任幕府政所別當。他自己保留幕府的最高權力，稱「執權」，並派全副武裝的衛兵將源賴家囚禁在海岸附近一座偏僻的寺廟裡。據說源賴家在那裡「出家為僧」，其實就是被軟禁了。
這讓擁有雙重政府的日本形勢變得更加複雜。在京都，寶座上的天皇沒有實權，行政權都歸上皇所有。在東部，鎌倉的幕府將軍也名存實亡，執權獨攬大權。日本的兩個政權核心已然演變為雙星系統。年輕的源賴家不甘心就此失敗，他試圖起兵徵討外祖父，卻被時政派人暗殺。
北條時政隨後將死者的弟弟源實朝任命為幕府將軍，而他依舊任執權。對此，源賴朝的遺孀——北條政子，開始反對她的父親。她懷疑他正謀劃暗殺實朝，於是召集追隨者反對時政。
她的弟弟北條義時也在她的盟友之列，他同樣對父親竟然策劃殺害自己的外孫感到震驚。有了全副武裝的家丁的支持，姐弟兩人聯合反對父親，北條時政只得退隱出家。北條義時接過了執權的位子，姐弟二人一同掌握了幕府政權。
這一下就救了源實朝的命，但這個11歲就成為幕府將軍的年輕人卻在這個位子上待了悲慘的6年。源實朝變得越來越偏執，常常用酒麻痺自己的恐懼。1219年他被一心要報殺父之仇的侄子暗殺，他的侄子便是源賴家的兒子。
此後數年，幕府將軍大權旁落，統治東部的是執權和他的姐姐。這給了京都的太上天皇一個打破體系平衡的機會。
1198年，後鳥羽退位成為上皇，他那蹣跚學步的兒子成為天皇。在他眼裡，這不是讓步。作為上皇，後鳥羽渴望像他祖父後白河那樣強大。他控制著朝臣任免；他可以批准或拒絕晉升的請求；他處理著國內危機；他讓自己年幼的兒子成為皇太子，而不是讓當朝天皇的子嗣成為皇太子。後鳥羽上皇也逐漸相信，北條義時和政子姐弟想要將日本分為兩個國家，一個由天皇統治，一個由幕府統治。從東方傳到他耳朵裡的消息讓他認為武士——尤其是偏西部的武士——厭倦了義時和政子代表的北條氏的統治。
整個國家都已在北條義時的控制之下，他的力量已經超過了源賴朝曾擁有的力量。權力擴張帶來的一定是野心，他那驚人的權力擴張使處在對立位置的後鳥羽上皇開始密謀盤算。所有支持上皇計劃的人都夜以繼日地參與到軍事活動中。在準備期間，儘管後鳥羽上皇想盡辦法保密，但計劃還是洩露了。
為了報復，北條義時命令「一名大將率領一群名副其實的戰士向都城進軍」。雖然後鳥羽上皇派人破壞了路上的橋梁，但幕府的攻擊短暫而致命。都城裡的軍隊不堪一擊，後鳥羽上皇被俘，隨後帶著最後一絲尊嚴被流放到一個遙遠的西海岸島嶼，在那裡他以寫哀詩的方式度過了剩下的18年時光。他24歲的兒子順德上皇和年僅3歲的孫子仲恭天皇，也被流放到一座孤島。
執權和他的姐姐另選了天皇與上皇，他們選擇了後鳥羽上皇的同母兄後高倉擔任上皇，後高倉9歲的兒子後堀河坐上了天皇的寶座。幕府在京都安排了常駐代表以指導新皇室的工作。後鳥羽上皇的支持者失去了財產；北條氏姐弟將這些財產賞給鎌倉幕府的支持者，他們除掉了西部的皇室支持者，取而代之的是東部的勢力。
這場名為「承久之亂」的大事件歷時短暫，後鳥羽上皇的反抗結果證明事與願違。鎌倉幕府獲得了更多權力，而京都一方則一敗塗地；天平已經向幕府傾斜。