三大階段：
萬曆皇帝在位一共48年，是明朝16位皇帝在位時間最久的一個，著名歷史學家孟森在《明清史講義》中，將他在位的48年一共分成了三個階段。
衝幼之期：這一階段主要指的是張居正輔政的那十年。公元1973年，年僅10歲的萬曆登上了皇位，由於年紀尚幼，沒有執掌政權的能力，李太后垂簾聽政，同時還有馮保和張居正為輔政大臣。
馮保為太監，負責協助太后教育小萬曆，由於親近皇帝，自然是受到了重用。至於張居正，在留下來的輔政大臣中，起初的地位並不高，但是他抓住了機會，與馮保聯合，同時獲得了萬曆帝生母的支持，因此成為了內閣首輔。
在他輔政的十年間，進行大刀闊斧的改革，大明還是朝著比較好的方向發展的，成就了歷史上著名的"萬曆中興"。
醉夢之期：張居正去世後，20歲的萬曆皇帝終於獲得了夢寐已久的實權。權力的膨脹使得他洩憤於前期"壓制"自己的張居正，直接抄了張家。遭殃的不僅是張居正一家，還有那位有文化的太監——馮保，同樣是抄家，而後將其發配至邊疆地區。
而此時的萬曆皇帝，任人唯親，誰和自己熟悉就讓誰擔任重要職位。不僅如此。在此後的三十年裡，他不祭天、不祭祖、甚至沒有一天去上朝，荒政行為比他的爺爺嘉靖帝還要嚴重。一時間，閹人幹政，四處斂財，朝政十分混亂，再加上沉重的賦稅，天下人苦不堪言。但在這一時期，萬曆竟然絲毫沒有察覺大明王朝的氣數正在被他消磨殆盡，而是在後宮享受著權力帶給自己的樂趣。
決裂時期：這一時期起於公元1618年，也就是萬曆在位的第46年。清太祖努爾哈赤起兵，佔領了遼寧、瀋陽之地，萬曆才大夢初醒。這時，他不得不派官員去民間徵兵徵軍餉，使得本就負擔較重的百姓負擔又進一步加重了。民眾們十分窮苦，飯都吃不起，餓得是骨瘦如柴。
許多百姓開始起義，明朝中後期開始的流民問題進一步加重，內憂已經到了無法挽回兒的地步，而作為外患的努爾哈赤軍隊，對大明又是虎視眈眈。明朝之氣數，將盡矣。
萬曆的壓抑多年的恨
張居正輔政時期特殊，剛登基的萬曆帝，年紀太小，童年時期嚴厲的張居正給他留下了一定的童年陰影。再加上張居正有著自己生母的支持，表面上他十分尊重張居正，實際上，更多的是內心對張居正的忌憚。
張居正輔政期間，推行"考成法"，違反了明朝的祖宗之法。明太祖朱元璋當年廢除存在千年的宰相制度，就是怕大臣專權，但是皇帝一人難以決斷國家眾多的事務，後來設立大學士幫助自己處理政務，而後慢慢的演變成了一種顧問機構，也就是內閣。因此，內閣是不可能有著實際的決策權。但張居正作為內閣首輔，卻利用"考成法"讓六部成為了內閣的下屬機構，實實在在的擁有的政務的決策權力。
不僅如此，張居正並非"一塵不染"。儘管他善於用人，任用戚繼光在北方抗擊蒙古人，使得國家安定。但問題出在他啟用戚繼光的時候，當時的戚繼光為了被重用的抓住機會，花費兩千兩買了美女送給張居正。這一行為，後來在萬曆清算張居正時，作為罪狀被披露了出來。這更加加深了萬曆對張居正的恨。那種被"壓制"多年的痛苦，那個兒時心中認為形象完美的張居正，如今轟然崩塌。
公元1582年，張居正離世不久，萬曆就對張家動了手，為大明效忠一輩子的張居正甚至差點被挖墳"鞭屍"。
萬曆的消極怠政
萬曆的不作為不僅是在明朝罕見，在整個中國歷史上都是十分罕見的。他不上朝將近30年，為何？很簡單的道理，作為一名皇帝，萬曆的生活是非常享受的，後宮的"安樂鄉"將他牢牢地把控住了。
當時有大臣上書直言，說萬曆有四大病，分別是"酒"、"色"、"財"、"氣"；還有大臣說,萬曆有三好，分別是"好貨"、"好疑"、"好逸"。這樣的忠言對於當時的萬曆來說根本沒有任何作用，反而加強了他對這些忠臣的厭惡。
後來的《明史》評價萬曆的時候，更是毫不客氣，說"故論者謂明之亡，實亡於神宗"。可見對於明朝的滅亡的原因，正史已經說得十分明白了。
朝政廢弛，職位缺人，使得中央機構"上下解體"，辦事效率十分低下。最為明顯的一個例子就是，萬曆36年的內閣輔臣李廷機請求辭官歸家的事情，當時此人辭官的決心是非常堅決的，他先是把家人遣送回了老家，只留一個老僕人同他一起等待生意，索性就住在一個寺廟裡，但是從他乞告休致到萬曆下聖旨批准他回鄉，這一等，就是44個月，在這期間，他一共寫過123份奏疏。可見當時萬曆消極怠政有多嚴重，中央官員辦事效率有多低下了。
內憂與外患
在中央，晚明時期的黨爭是非常嚴重的。"東林黨"就是在萬曆這一時期成名的，他們代表的是以天下為己任的士人群體，所對抗的則是善於奉承迎合萬曆的"閹黨"，那些太監甚至開出了《東林點將錄》，把東林黨的重要人員列入黑名單，企圖一一除掉。儘管東林黨是為大明著想，但是黨爭本身是一種錯誤的行為，因為他們的對手並不弱，這樣的行為對於改善晚明的政治氣候是沒有任何幫助的，反而阻礙了人才的流通以及明朝社會的進步。
對於民間政務。萬曆雖然怠政，卻對經濟感興趣，獨愛斂財。太監們就是他斂財的工具，比如他派出眾多的礦監稅到民間徵稅，實際上就是為自己斂財，這一行為給人們帶來了沉重的負擔。使得嘉靖以來的流民問題更加嚴重，很普通老百姓連飯都吃不起，怎會有多餘錢財用於繳納沉重的稅收呢？流民影響了社會秩序，百姓又揭竿起義。這樣的大明，不亡也難！
外部的隱患。努爾哈赤本是明朝賜封的官員，但他卻有二心，一直等待的就是機會，經過自己的努力，統一女真各部落後，終於在萬曆44年自己建立了"後金"，僅僅過了兩年，他就帶領女真人發動了對明朝的攻擊。
在內憂外患的局勢下，大明開始走向了急速的下坡路。萬曆死後，僅僅過了24年，這個存在兩百多年的王朝就覆滅了。
結語：
明朝是中國歷史上最後一個由漢人統治的封建王朝，他和眾多中國歷史上的王朝一樣，有興起有衰落，而從"上坡"到"下坡"的轉折點，就在萬曆統治的這48年間。他的消極怠政，他的任性妄為，朝廷內部的黨政不斷，民間百姓的苦不堪言，外部女真的崛起等種種因素，耗盡了大明的氣數。
參考文獻：《明史》、《明清史講義》、《東林點將錄》