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達爾文的人類起源理論，以及由此發展而來的生物進化論存在重大缺陷，但長期以來被人刻意掩蓋了。其實，達爾文晚年已經注意到，他所提出的理論存在著重大缺陷。
1874年，達爾文65歲。這年9月，他的著作《人類的由來》第二版出版，他在第二版序言中寫道：「我做的許多結論中，今後將會發現有若干點大概會是，乃至幾乎可以肯定會是錯了的。一個題目第一次有人承當下來，加以處理，這樣的前途也是難免的。」達爾文作為一個具有高深造詣的博物學家、生物學家和思想家，他本人毫不迴避自己的理論存在著某些缺陷乃至錯誤。
隨著科學發展和時代進步，生物進化論已經暴露出諸多缺陷。《人類的起源》的作者薄法平將這些缺陷總結為如下幾個方面：
第一，地球有46.5億年的歷史，生物進化論僅僅解釋了近1億年內地球上可能發生的生物進化問題，完全忽略了在此之前45億年內地球上可能發生的事情，割斷了近代地球與歷史地球的聯繫。
第二，生物進化論忽略了幾千年來地球上存在的關於生命的諸多未解現象和未解之謎，忽視了宇宙人和史前人的客觀存在，把人類簡單地推上了至高無上的地球主宰地位。
第三，生物進化論沒法解釋寒武紀時期「動物大爆炸」現象，那麼多的高等生物，忽然間莫名其妙地一下子就出現了，沒有進化過程，直接動搖了生物進化論的基礎。
第四，在寒武紀以前的地層裡，沒有發現任何像樣的生物化石，生物進化論的基礎以達爾文生前預見的方式再次被動搖。
第五，生物進化論違背近親結婚代代劣質、最終導致物種滅絕這個生命發生發展的基本規律。
第六，生物進化論認為，人類是從古猿自然演變進化來的，而現代生物學和遺傳學已經證明，雜交是新物種產生的主要方式和普遍規律，生物進化論顯然違背這一規律。
第七，生物進化論沒法解釋恐龍的突然繁盛和突然滅絕，沒法解釋恐龍化石群存在的諸多外力幹預現象。
第八，達爾文沒有注意到人的生命的結構二重性，沒有注意到高等動物具有精神因素，也沒注意到精神生命及其存在。一旦證明純精神生命的存在，人類便不再是天地之間至高無上的主宰，生物進化論的基礎就會徹底動搖。
薄法平認為：生物進化論存在的這些缺陷，是緣於時代和科學的局限，是不可避免的，就像我們這個時代產生的任何理論，過了幾百年後回頭看來，必然也會存在著諸多缺陷。
——脂茗齋評說《人類的起源》之十四
中國人提出了人類起源的新理論！
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