清朝中晚期之後，各種社會矛盾日趨尖銳，清政府推行「護漢抑回」的民族歧視政策導致回族民眾對清政府的不滿和怨恨日積月累，不斷增長，再加上西北吏治之敗壞，土地兼併嚴重，人民遭重稅盤剝，更有同治年間的西北大災荒，最終導致了陝甘回民大起義的大爆發。陝甘回民起義軍與太平軍、捻軍共同對抗清軍，曾一度擊斃清軍悍將多隆阿，但最終被晚清名將左宗棠擊敗。
1875年，陝甘回民起義失利後，與蘭州回民大虎小虎率領的3萬起義軍入疆。從1877年10月底起，陝甘新回民起義軍開始分3批向俄國遷移。第一批過境的回民義軍基本是甘籍回民，帶頭的人稱「大師傅」。第二批人馬最多，是陝籍回民，領頭的就是著名的起義軍領袖白彥虎。第三批移民以住在吐魯番的陝甘移民為主，領頭的叫馬大人，與白彥虎部分手後，率餘部進入俄境。三批移民總數為6209人，這些移民後來成了中亞東幹族的根基。
這裡要重點提一下白彥虎這一支。1877年12月初，白彥虎率部退到喀什以北中俄邊境上，這時前是高山峻岭、異國他鄉，後是數萬手持屠刀的清兵。在危難面前，白帥都動了向清朝自首之念。這時，白彥虎的妻子「白大媽」號召眾女兵和老弱病殘者留下斷後，以保精壯過山。為了生存，白帥用重金向俄國人買路，一戶留一人在中國境內，以防斷門絕後，其餘人馬連夜過境，他沒想到沒過境的回民義軍全部被清軍用300口大鍘刀鍘殺。
1881年9月14日，清俄籤訂《中俄伊犁條約》，規定「伊犁居民願意遷徙俄國，加入俄國國籍者，均聽其便。」當時伊犁回民因害怕被清政府屠殺又分三批移居中亞，第一批是1881年9月14戶回民移居中亞哨葫蘆；第二批是1882年2~3月移居的，大約2457人；第三批是1883年3月移居的，大約1347人。以上兩個階段的回民移民構成了東幹族源的主體。
這些腳板上粘著黃土，帶著濃鬱的漢儒文化氣質的回回穆斯林在西域的突厥語族的諸民族的話語中被表述為「東幹」，之後俄羅斯文獻普遍將這些定居中亞的回回稱為「東幹」，後來蘇聯就將他們的族名定為「東幹」。「幹」取自《詩經·魏風·伐檀》「坎坎伐檀兮，置之河之幹兮」中的河之「幹」，是岸的意思。東幹即「東岸子」，是新疆少數民族對生活在新疆的回族的稱呼，東幹人即「從東邊來的人」。
如今,中亞東幹人與吉爾吉斯、哈薩克、俄羅斯、烏茲別克等民族居民同甘共苦,共同走過了130年。現在他們主要生活在個新獨立的國家—吉爾吉斯斯坦、哈薩克斯坦和烏茲別克斯坦，並為這些國家政治、經濟、文化及社會各方面的發展做出了突出的貢獻。雖然東幹人早已融入異國之中，但他們一直強調他們是中原人，是陝西老回回，而且仍然保持著中國方言及習俗。
東幹人所操語言為東幹語，其實就是中國北方官話中的陝西方言與甘肅方言的混合，其中甘肅方言是官方語言，被廣泛用於廣播、電視及學校。東幹人的婚俗至今仍保持著完整的中國傳統禮儀，謹遵「六禮」，即納彩、問名、納吉、納徵、請期、迎親這6項內容。如今，許多回到西安訪問的東幹朋友上西安城牆時煙圈圈都是潮溼的，因為當年幾十萬陝西回民起義軍就是從西安西門走出去的。不了解他們背井離鄉的歷史，就很難理解這種特殊的感情。
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