武漢檢驗科博士:我們3通宵自測病毒序列,看到結果即感不妙

2020-12-12 中國生物技術網

晚上9點,是記者和劉為勇約定的採訪時間。

然而,直到深夜12點以後,他還沒有回覆微信。

劉為勇在武漢,華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院檢驗科,做新型冠狀病毒檢測工作。

劉為勇在實驗室

直到第二天下午,記者才等到他。

熬3通宵測出全基因組序列 拿到結果有不好預感

《中國科學報》:您是哪一天接到第1個疑似樣本的?

劉為勇:

我這邊有記錄。我們一直在監測,也向國家CDC反映過。我們第一例大概是在1月2號開始做的。在1月7日就獲得了這個病毒的全基因組序列。

《中國科學報》你們自己完成了測序?

劉為勇:

我們是一個團隊,包括來自武漢大學病毒學國家重點實驗室和中南醫院的團隊、中山大學團隊和華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院的科研人員。大概4天就測出了病毒全基因組序列。

相關成果已經寫成文章,投給了國際期刊EMI(Emerging Microbes & Infections)。

《中國科學報》:論文內容您能介紹一下嗎?

● 劉為勇:

論文講的是我們針對兩個病例,採了標本之後,第一時間做了檢測。那時候是1月2日左右。當時高度懷疑是SARS,用某公司試劑盒測過後顯示陽性。

於是我們根據SARS病毒設計了6個引物,並利用病毒樣本核酸模板做了PCR(聚合酶鏈式反應,是一種用於放大擴增特定的DNA片段的分子生物學技術)。

6對引物裡面有一對可以工作。經過測序,我們發現這個病毒跟SARS差異很大,當時就懷疑是一個新的病毒了。

同時開展的二代測序,拿到了病毒的全基因組序列。於是,我們發現這個病毒和已知6種冠狀病毒都不一樣,是新病毒,而且它跟SARS病毒進化關係比較近。

《中國科學報》:得到這個結論時是什麼心情,有不好的預感嗎?

劉為勇:

是有不好的預感,畢竟跟蝙蝠來源的SARS病毒親緣關係較近。考慮到SARS曾經造成的嚴重後果,我們第一時間就把結果向中國CDC進行了書面匯報。

《中國科學報》:你們的團隊是怎麼合作的?

劉為勇:

我平時臨床檢測任務較多,做研究是在五點下班之後,我幾乎每天都會去武漢大學那邊,在我原來的合作導師那邊做課題。

疫情發生後,我們一起攻關,基本上熬了三個通宵,在第一時間把基因組序列搞出來,因為平時就是這種工作狀態,也沒有覺得特別辛苦。

我們這幾個人是普通工作者,但是我們做的事情,我覺得應該是在國內國際都屬於一流的成績。

沒有商業試劑盒,7天自己研發出試劑盒

《中國科學報》:你們現在用的哪個廠家的試劑盒?

劉為勇:

我現在用兩家企業贈送的商用試劑盒同時做對比檢測,由於法律法規要求,我自己提前研發的檢測方法暫不能用於此次疫情的檢測。不過這兩個商用試劑盒的檢出率有差別。

《中國科學報》您自己研發了新病毒的測試方法?

● 劉為勇:

拿到全基因組序列以後,我就開始著手研發試劑盒。科室領導在研發方面給了我更多時間。

這個檢測方法用的是分子診斷技術。我們把螢光定量PCR和普通PCR加測序這兩個方法結合起來,用於篩查病毒。這也是金標準之一。

這裡面用到的探針引物全部是我自己設計的。1月13日,我就把這個檢測方法建立起來了。19日我提交了專利申請。

《中國科學報》:您開始做的時候,有沒有信心一定能做出來?

● 劉為勇:

還是蠻有信心的,因為我已經累積了大概5年左右病毒病原體試劑盒研發經驗。

我們曾經研發了很多臨床用的檢測試劑盒,覆蓋細菌、真菌、病毒和寄生蟲,大概有30多種試劑盒。在投入臨床使用前,我們也會認真進行各種性能評估。這些試劑盒在我們醫院已提供臨床診斷服務近萬人次。

不過根據政策規定,這些試劑盒不能用來盈利和推廣,僅限醫院內部使用。

《中國科學報》:您的測試方法好用嗎?

劉為勇

因為樣本比較珍貴,數量並不多,所以我們大概用了十幾份陽性樣本,包括大便、血、尿樣本來驗證。

結果準確率達到100%。靈敏度很高,特異性非常高,不會被別的病毒幹擾。

大概從1月13日以後,我們開始用我的方法,對收到的樣本進行新型冠狀病毒的篩查。

這是為了在疫情爆發的早期,醫院心裡有個底。

這個工作是我們出於社會責任感自己做的,實際上患者沒有要求,CDC也沒有要求。但我們還是將早期篩查結果報告給了CDC。

標本量特別大 連續工作21小時

《中國科學報》:您昨天工作了多長時間?

● 劉為勇:

接近21個小時。現在標本量特別大,沒辦法。昨天檢測了大概100多例樣本。

《中國科學報》:一下子激增的嗎?

● 劉為勇:

由於疫控中心難以滿足這麼大量的檢測需求,所以中國疾控中心(CDC)在1月26日就把檢測權限下放到我們這種擁有P2等級生物安全實驗室的大型醫院。樣本陽性的上報CDC,他們覆核。那天起我們開始用商用試劑盒。陽性樣本數量快速上升。

這樣做相當於為患者就診開闢一個快速通道。

《中國科學報》:檢驗科的人手夠嗎?

● 劉為勇:

現在感覺是不夠的。技師要有一定資質和從業經驗,並不是每個人都能做的。

我們還是以前那些人,大概十幾個。除了檢測以外,現在還要手動整理、上報大量患者信息,這個工作也非常花時間。

一個醫生一天看千個就診者 這是「醫療擠兌」

《中國科學報》:外界覺得現在診斷的速度有點慢。您怎麼看?

● 劉為勇

現在有謠言說新型冠狀病毒這個病很嚴重,得了就會死。這造成所有人不管大病小病,感冒、發燒都會往大醫院擠。但不論哪個城市的醫療資源都是有限的。

我們把這種情況叫做「醫療擠兌」。

門診的高峰期,一個醫生一天要看1000多個就診者,基本上就是不眨眼地看病,其實看一天也看不完。

我聽說門診採血的護士一天至少工作12小時,累到趴在桌子上面就睡著了,那個桌子是很髒的,說明她確實累得受不了。

而且患者大量聚集在醫院還會造成更多的人際傳播。

地鐵、公交也是疾病傳播的重要場所。後來武漢市政府停止了公交和地鐵系統運行,這是很明智的。

現在已經把大量就診者疏散出去了。因為武漢市實行了分級診療。這樣是合理的。患者也不會那麼恐慌。

標本在我這裡又不會打噴嚏

《中國科學報》:這一次疫情讓您心慌了嗎?

● 劉為勇:

這一次我感覺還好。因為我們作為醫務工作者,自己都怕了,退縮了,怎麼幫病人診斷、幫病人看病?

其次我們都有一定的科學素養,會理性對待和處理風險。

這個病毒雖然傳染性很強,但它主要是通過氣溶膠傳播,例如病人打噴嚏、採樣環節暴露等容易被感染。

但我的工作主要是針對標本,標本在我這裡就很安靜了,它又不會打噴嚏。

真正危險的是在一線治療和救護的護士、醫生。請大家善待他們。

《中國科學報》:您現在的安全防護是什麼樣的?防護品夠用嗎?您覺得安心嗎?

● 劉為勇:

我在P2實驗室,我們每個人是按P3等級進行個人防護。P3等級個人防護服穿上就不能上廁所、吃飯、喝水,一天要換至少三套。

檢驗科新型冠狀病毒檢測團隊部分成員

防護品檢驗科裡暫時還夠用。

我對安全比較放心。不過畢竟按規定應該是P3實驗室做檢測,現在我們是在P2 實驗室做。有感染風險是不可否認的。

但是因為現在CDC檢測容量有限,我們義不容辭。我們會繼續做,絕不退縮。

回到家孩子要抱抱,有時忍不住還是會抱一下

《中國科學報》:您這幾天回過家嗎?

● 劉為勇:

自己每天回家都非常晚,一個是怕傳染給家人;二是本身工作也非常繁忙,臨床工作之餘,我還想去研究下這個病毒相關規律和臨床現象。

因為工作比較特殊,我們都會自我檢查,目前為止檢測人員沒有因檢測而感染。

我有兩個孩子,一個7歲,一個1歲半。有時候小孩子過來要我抱一下,還是忍不住抱抱,心裡清楚還是應該隔離一下,但忍不住。

《中國科學報》:家人對你做這個工作擔心嗎?

● 劉為勇:

肯定擔心,我母親要求我有空就給她打電話報個平安。

《中國科學報》:你的同事們情況怎麼樣?

● 劉為勇

都在加班加點,過年幾乎都沒怎麼休息,很多同事都是每天工作到晚上12點,大家沒有任何怨言,也為自己能參與到一線工作而感到驕傲和自豪。

我也想請大家給予政府、疾病防控部門和醫療機構足夠的信任和耐心,也請配合他們的統一部署和安排,眾志成城,共克時艱。

(文中圖片均為劉為勇提供)

相關焦點

  • 直面新冠病毒的守望者——記延安市疾控中心檢驗科
    有這麼一群人,他們不懼危險,穿著防護服,第一時間堅守在實驗室夜以繼日地檢測疑似樣本,用快速準確的檢測結果為疫情防控提供可靠依據,他們甘願隱居幕後,整天與樣本、儀器和數據打交道,他們就是延安市疾控中心檢驗科的全體人員。目前,檢驗科有實驗人員15名,設有細菌組、病毒組、食品組、水質組4個小組,承擔微生物和理化檢驗指標168項,其中115項通過認證。
  • 專訪劍橋溯源新冠病毒論文作者:要分析起源,更多蝙蝠來源病毒序列...
    這篇針對新冠病毒溯源的研究稱,目前全球感染的新冠病毒的基因序列其實並非同一種,而是三種截然不同卻又密切相關的變體(分為A、B、C三個類型),且三種類型的病毒在全球分布範圍不同。研究結論稱,遺傳序列較為原始的A型毒株雖然出現在中國武漢,但在武漢樣本中更多的是由A型突變而來的B型毒株,後者在東亞國家病例中更為普遍。
  • 泰安市中心醫院檢驗科柏世玉:孜孜不倦探究結果以身作則檢驗真相
    作為一個有經驗的老醫護工作者,憑藉自己豐富的醫學知識和經驗積累,經常會在看似正常的檢驗結果中發現問題,柏世玉常常對同事們說,「檢驗質量的問題,我們必須寸步不讓。」對於檢驗科的醫生來說來說,正確的結果就是他們的工作要求,但是柏世玉對自己和同事們提出來更高的要求,要找到隱藏在數據背後的最終原因。
  • [STATA] 時間序列模型 - ARIMA檢驗
    如果對於兩個非平穩時間序列,它們的某些線性組合是平穩的,那麼這兩個非平穩時間序列則存在協整關係,我們便可以基於協整關係去探索序列之間的長期均衡關係了。二、統計學模型驗證時間序列的模型有:AR - Auto Regression, 自回歸模型。
  • 武漢病毒所等揭示黃病毒科NS3蛋白酶-解旋酶協同作用新機制
    武漢病毒所等揭示黃病毒科NS3蛋白酶-解旋酶協同作用新機制 2017-08-28 武漢病毒研究所 因此包含一個以上功能域的蛋白在這類病毒中較為常見,黃病毒科NS3蛋白即為絲氨酸蛋白酶和超家族二解旋酶的天然融合體,在病毒多聚蛋白酶解和基因組複製這兩個重要過程中發揮關鍵作用,其兩個功能域之間的協同作用機制尚不清晰。
  • python時間序列檢驗 - CSDN
    強平穩和弱平穩3. Python平穩性檢驗實戰重要性:10分 (1-10)。時間序列數據的平穩性對於我們採用什麼樣的分析方式、選擇什麼樣的模型有著至關重要的影響。我們想一下,假如一個時間序列的波動趨勢從來沒有穩定過,那麼它每個時期的波動對於之後一段時期的影響都是無法預測的,因為它隨時可能「變臉」。
  • 武漢新冠肺炎病毒檢測緣何「提速...
    武漢市衛健委表示,1月16日之前,樣本需要送到北京國家指定的檢測機構進行病毒分離和核酸檢測,結果返回約需要3—5天;1月16日之後,由轄區疾控中心將樣本轉運到市疾控中心,再轉運到省疾控中心進行核酸檢測,每天檢測樣本200多份,結果返回約需要2天。然而,這遠遠無法滿足武漢龐大的核酸檢測需求。
  • 武漢大學人民醫院檢驗團隊採用納米孔靶向測序精準「獵毒」
    工人日報客戶端7月3日電 6月24日,國際知名期刊Small《微尺度》在線發表武漢大學人民醫院檢驗醫學團隊有關納米孔靶向測序檢測新冠病毒方法的最新研究成果,並將其選為當期封面文章。與此同時,NTS所採用的目前最為快速的測序技術——納米孔測序,能在捕獲病毒核酸的同時讀出其序列,不但能檢測出是否感染新冠病毒,還能同時檢測出其他常見的呼吸道病毒,包括呼吸道合胞病毒、冠狀病毒、腺病毒、副流感病毒、甲乙丙型流感病毒等,為臨床診斷提供確切依據。
  • 從每天檢測200份樣本到10000份 武漢新冠病毒檢測緣何提速50倍
    武漢市衛健委表示,1月16日之前,樣本需要送到北京國家指定的檢測機構進行病毒分離和核酸檢測,結果返回約需要3—5天;1月16日之後,由轄區疾控中心將樣本轉運到市疾控中心,再轉運到省疾控中心進行核酸檢測,每天檢測樣本200多份,結果返回約需要2天。然而,這遠遠無法滿足武漢龐大的核酸檢測需求。
  • 檢驗科人員怎樣預防和避免新冠感染?武漢一線同行是怎麼做的?
    易感人群:人群普遍易感。老年人及患有基礎疾病者感染後病情較重,兒童及嬰幼兒也會發病。 特別對於氣溶膠傳播途徑,檢驗科是高危科室,例如離心後立即開蓋氣溶膠感染風險高。在檢驗科的生物安全防護做到位的情況下,氣溶膠傳播是可以被阻斷的。
  • python時間序列平穩性檢驗專題及常見問題 - CSDN
    在了解了時間序列的平穩性之後,我們再來詳細講解一下如何用python來進行檢驗。用python來進行平穩性檢驗主要有3種方法,分別是時序圖檢驗、自相關圖檢驗以及構造統計量進行檢驗。首先來說時序圖檢驗,時序圖就是普通的時間序列圖,即以時間為橫軸,觀察值為縱軸進行檢驗。
  • 人類首次人工合成活新冠病毒:用已知基因序列構建
    研究團隊認為,利用已知的病毒基因組序列,通過反向遺傳學手段快速構建出了新冠病毒,可以成為向衛生部門和實驗室提供傳染性病毒毒株的替代方法,還可以對單個基因進行遺傳修飾和功能表徵,從而爭取時間對疫情暴發做出快速反應。論文中提到,反向遺傳學被認為是一種不可或缺的工具,它徹底改變了我們對病毒發病機制和疫苗開發的認識。
  • 我們「看到」了病毒,但不知道來自哪裡、如何而來
    1月9日將病原學鑑定結果通報世界衛生組織;1月12日,中國將新冠病毒基因組序列信息在全球流感共享資料庫登記報告,將基因組病毒數據情況向國際社會進行了通報。中國疾病預防控制中心首席流行病學專家吳尊友在2020年11月時表示,新冠疫情暴發初期,中國只用7天就明確了病原體、用2天就研發出了診斷試劑,創造了人類認識一種新傳染病的最短紀錄。
  • 從平穩序列構建檢驗,到簡單理解套利邏輯(3)
    昨天我們談到了如何檢驗平穩序列(使用ADF),之前我們談了平穩序列的重要性(越平穩,越好低買高賣)。
  • 新冠病毒包含愛滋病毒序列?是科學家蓄意改造?
    我們今天要討論討論的這篇印度論文也不例外。 這篇文章研究了啥? 讓我們來看看文章到底講了些什麼。 首先,作者精心「挑選」了一系列冠狀病毒的基因組序列,建立的系統進化樹,發現新型冠狀病毒和SARS病毒親緣關係最近。
  • 人類首次人工合成活新冠病毒:這個團隊利用已知基因序列構建
    研究團隊認為,利用已知的病毒基因組序列,通過反向遺傳學手段快速構建出了新冠病毒,可以成為向衛生部門和實驗室提供傳染性病毒毒株的替代方法,還可以對單個基因進行遺傳修飾和功能表徵,從而爭取時間對疫情暴發做出快速反應。論文中提到,反向遺傳學被認為是一種不可或缺的工具,它徹底改變了我們對病毒發病機制和疫苗開發的認識。
  • 武漢病毒所未卜先知?—新聞—科學網
    看到有人在網上說我們「製造」甚至「洩漏」了2019新冠病毒時,我們的感覺是被人當頭打了一悶棍,也覺得特別匪夷所思。後來,國內國際很多專家都公開發聲,主流觀點是該新冠病毒來自自然界,沒有發現人工合成的證據。《柳葉刀》雜誌也於2月18日發表文章,來自全球多個國家和地區著名科研單位的27位病毒學家、流行病學家聯合發表聲明反對陰謀論,全力支持奮戰在疫情一線的我國科技工作者。
  • 新冠病毒試劑盒有自測版?武漢死亡人數居高,是因用呼吸機後產生痰...
    >為公眾還原真相科學防控 抗擊疫情新冠病毒試劑盒有自測版?謠言:近日部分人員通過微信兜售某公司生產的新冠病毒抗體檢測試劑盒,並宣稱可以家庭自行使用。前不久,一款號稱在家就可自測是否感染新冠病毒的檢測試劑盒在微信朋友圈中出現。
  • 中國疾控中心主任高福院士論文:中國肺炎患者的新冠病毒
    我們報告了這次調查的結果,確定了肺炎群集的來源,並描述了在肺炎患者中檢測到的一種新型冠狀病毒,這些患者的標本在疫情早期由中國疾病預防控制中心進行了檢測。我們還描述了其中兩例肺炎的臨床特徵。隨後設計特異性引物進行PCR,並使用5′- 或者3′- 小種 (cDNA末端快速擴增)填補常規Sanger測序的基因組空白。這些PCR產物從凝膠中純化,按照製造商的說明,使用BigDye Terminator v3.1循環測序試劑盒和3130XL基因分析儀進行測序。利用肌肉對2019-nCoV和參考序列進行多序列比對。
  • 謠言:病毒從武漢病毒研究所逃逸?我國專家:不可能!
    近日,我國國家廣播電視總局副局長袁志明表示,「這種病毒不可能來自我們,我們有嚴格的監管制度和研究行為準則,所以我們有信心。」此外,認為SARS-CoV-2轉基因是純粹的陰謀,關於中國的科學家們正在研究一種自然產生的冠狀病毒,隨後從實驗室「逃脫」,這種說法純屬造謠。最可能的情況是SARS-CoV-2是自然發生的。