在明朝，其實很多儒家哲學思想都已經被挖掘透了，除了衍聖公所代表的理學外還有王陽明的心學，馮從吾的心學等等，這些學術豐富了明朝的學術氛圍，同時也給了很多讀書人新的方向。
但也正是這些思想讓讀書人開始抱團，最終形成了黨派，明明的黨爭也源於這些黨派。要知道東林黨在當年儒學治天下的情況下風評非常好，而閹黨則被打成了反派，如今或許是《明朝那些事兒》引起的風潮，很多人看了明朝歷史後，都對東林黨的行為感到不滿，甚至認為東林黨是明朝滅亡的禍首，所以先來看看東林黨所代表的思想是什麼吧。
東林黨是顧憲成所創立的，他曾在東林書院教學，所以這些學生也就都被稱之為東林黨。「風聲雨聲讀書聲聲聲入耳，家事國事天下事事事在心」這句名句就出自顧憲成。
在當時王守仁和他的心學理念紅極一時，算是很多讀書人的共同思潮，也就是這個時期心學取代了理學成為當時最重要的顯學。
東林黨所做的第一件事就是批判了心學的哲學理念，他們認為心學是務虛，所謂的心即理是不符合實際的。所以東林黨所推動的實際上是實學，認為行動才是讀書人應該做的事情。認為儒學就是應該求真務實，去掉一些繁文縟節，不要搞形式主義。
另外一個核心思想就是廣開言路，認為為君者應該廣言納諫，不應該任由宦官把持朝政，也不該閉塞言路。
這樣看起來東林黨的儒學要義其實沒有什麼問題，但帶來的後果卻是明朝難以承受的。東林黨自稱清流，把持了天下輿論，反對東林黨則等於與讀書人為敵，這樣一來觸動的其實是很多人的利益，既然東林黨抱團了，其他人自然照貓畫虎。黨爭就這樣來了。
且不說東林黨初心如何但最終導致的結果卻非常惡劣，而且利益集團一旦形成就很難解除了，東林黨從那一刻起就已經是一個利益團體，清流也就不復存在了。而且東林黨認為皇帝不得與民爭利，應該減免江南的一些賦稅，最終導致的就是納稅上不來，朝廷沒有錢處理民亂。
這些誠然都是東林黨的問題，但政治並非非黑即白，東林黨人在貫徹自己的哲學思想的時候還是做到了以血肉明真理。他們不顧生死，敢於說出朝堂上的問題，直言不公，在面對暴力的時候也可以憤然就義。
東林黨人在貫徹他們的哲學思想上的勇氣和政治主張上得操之過急並不矛盾，這是當時環境造就的，不可因為東林黨的一些政治失誤就否定了當時東林黨貫徹的實學主張。當然從最後的結果來看，明末亡於黨爭也是事實了。