談到物理的本體論問題，非常有意思的是，愛因斯坦雖然以一部短短的相對論顛覆了經典的永恆的與空間獨立的時間觀，甚至是間接的顛覆了哲學上的世界觀，但在微觀世界上，既在量子力學上，愛因思坦卻執著地堅持用經典的觀點看問題。所謂經典觀點，其實就是我們可以觀察，包括使用儀器觀察到的現實體驗。
所謂薛丁格的貓就是一個試圖用經典和量子思維混淆的例子。實際上，量子力學，如同相對論，從某種意義上來說，其實是否定了經典的一種新的空間觀，所謂波粒二象性，所謂不確定原理，其實都可以用一種相對性的空間觀來描述。 與此同時，量子力學卻一直沿用經典物理的時間觀。
而回到更高層次的哲學。哲學和物理學都在試圖探討構成世界的基本物質，但哲學卻一直沒有跟上相對論和量子力學的發展。一個根本原因就是基本上，如果不是全部，哲學家們都沒有真正理解相對論和量子力學的內在含義。同時，物理學家們又放棄了在本體論上探討世界和物質的努力。而一直在唯象的路上前進。
世人公認的最後一位哲學大師，海德格爾，從時間和地點來看，都應該知道了相對論的發表，雖然在第一時間敏銳地感覺到了物理的革命並做出了一定的努力，試圖在存在和時間上做出新的哲學定義。但還是沒有能過把物理的革命性的新理論引入和發展成新的哲學思想。
霍金或許認識到這一點，他在《大設計》一書中說，哲學已死，哲學已追不上現代科學蓬勃發展的步伐，尤其是在量子力學理論面前，傳統的哲學觀念仿佛已經被否定了，顯得很落伍了。只有科學家們還在高舉著探索的火炬，哲學家們被遠遠甩在後面。
但是，霍金仍然有他自己的困擾，我們怎麼能理解我們處於其中的世界呢？宇宙如何運行？什麼是實在的本性？所有這一切從何而來？宇宙需要一個造物主嗎？
如同霍金自己所說，這些問題看起來更像是哲學類問題，而不是單純的物理問題。物理一直不關心本體論問題，就是它是什麼的問題？而是它如何運動？按什麼規律運動？所以有人說物理就是研究物質運動的規律。因為這才是可以測量的。而它是什麼，往往不可以直接測量。比如時間是什麼？我們測量的一直不是時間，而是頻率，而後把頻率的倒數定義為時間間隔。
那麼，在可測量的數據後面，在可觀察的自然現象後面的物理過程是什麼？ 這就是物理的本體論問題。作為一門實驗科學，物理是否需要去知道它？什麼是這裡的哲學意義？物理和哲學的關係和分界到底在哪裡？僅僅是可觀察的自然現象和不可觀察的自然現象嗎（或者形下形上）？兩者究竟有沒有界限？物理學在很多方面發展到極限的今天，很多問題已經無法迴避。
東方哲學主要研究人與人的關係。 西方哲學主要研究人與自然的關係。中東神學，則主要研究人與精神界的關係。 為什麼形成這樣的分工不說，更有趣的是這三種關係剛好構成一個完備集。把世界上可能的關係都包括了。這也是為什麼現代自然科學誕生在西方的原因。如果要把意識引入科學，則可能要回歸中國哲學了。 近些年，有人試圖用東方哲學解釋物理學上的量子論的哲學困境，就是一例。