王守仁（1472-1529），字伯安，別號陽明，是明代思想家和軍事家，心學集大成者。王守仁先是在《傳習錄拾遺》中指出「若以治生為首務，使學者汲汲營利，斷不可也！」但他又指出「果能於此處調停得心體無累，雖終日作買賣，不害其為聖為賢。何妨於學？學何貳於治生？」他認為參與經濟活動只要不違背聖賢之道，治生並不妨礙治學，這兩者在本質上沒有什麼區別。此後他在《節庵方公墓表》一文中提出「古者四民異業而同道，其盡心焉」他認為「士以修治，農以具養，工以利器，商以通貨，各就其資之所近，力之所及者而業焉，以求盡其心。」
四民雖職業不同但道是相同的，在本質上是沒有區別的。而這篇墓志銘的主人方麟就是「始為士業舉子，已而棄之，從其妻家朱氏。」其妻家世代從商，方麟因此棄文從商，面對友人的質疑，他表示「子烏知士之不為商，而商之不為士乎」。在這篇墓志銘中，王守仁以上古時期舜帝在位時設立的官職為例，說明了自古並不存在士農工商的排序，來論證了他的四民平等觀。在王守仁之後，他的弟子王艮繼承陽明心學創立了泰州學派。他提出了「格物正己」的思想，肯定了人的物質欲望。泰山學派另一重要人物李贄（1527-1602，字宏甫，號卓吾）更是大膽反對傳統儒學對人性的禁錮，揭示假道學的虛偽，肯定人的私慾。
他在著作中提出了人有私心是自然之理的看法：「夫私者，人之心也，人必有私而後其心乃見。若無私則無心矣。如服田者私有秋之獲，而後治田必力；居家者私積倉之獲，而後治家必力；為學者私取進取之獲，而後學業之治也必力……此自然之理，必至之符，非可以架空而臆說也。」他同時還指出，人與人之間都是商品交換的關係，「天下盡市道之交也」，連聖人也不例外，他認為道學先生雖然言必稱追求仁義道德，反對逐利，而他們未嘗不追逐私慾，「謂聖人不欲富貴，未之有也」，他們只不過追求的是名罷了。「財之與勢，固英雄之所必資，而大聖人之所必用也。
何可言無也?吾故曰：雖大聖人不能無勢利之心，則知勢利心，亦吾人稟賦之自然矣」。此外，李贄還提出了「童心說」，主張文學創作應當抒寫真心的主張，提倡人性解放，重情尚俗，反對禁慾，他對當時《西廂記》、《水滸傳》等世俗小說有著極高的評價，肯定藝術創作的雅俗共賞。這一思想也影響了到了清代的畫壇，使得文人畫創作風格和審美傾向突破了傳統的章法條框，直抒性靈，雅俗合流，開創了畫壇的新風。明代對本末關係的重新劃分和定位不僅在學術界有了革新和突破，在士大夫官僚階層也有了新的經濟思潮。
萬曆年內閣首輔張居正（1525-1582，字叔大，號太嶽），對農商關係也提出了新穎而辯證的解釋：「古之為國者，使商通有無，農力本穡。商不得通有無以利農，則農病；農不得力本穡以資商，則商病。故農商之勢，常若權衡，然至於病，乃無以濟也」。為此他的經濟政策主張「欲物力不屈，則莫若省徵發，以厚農而資商；欲民用不困，則莫若輕關市，以厚商而利農。」在這裡，張居正對農業與商業相互依存相互促進關係已有了深刻的認識，對傳統的「重農抑商」思想給予了根本的否定。「厚商」、「資商」是張居正思想的特點，也決定了他所實施的經濟改革政策的「個性」。
新的經濟價值觀念也在士和商這兩大社會階層中萌發和生成。隨著商業的發展和商人資本的壯大，商人通過各種方式入仕，提高了自身的社會地位。而文人儒士不僅與商賈密切交往，還棄文入賈，直接參與到商業活動中，出現了「逐末者多衣冠之族」、「吳中縉紳士大夫多以貨殖為急」的現象。在明代文人張又渠的《課子隨筆鈔》中，他告誡自己的子孫「男子要以治生為急，農工商賈之間，務執一業。」由此可見，自明代開始這種世俗化的趨勢已逐步明顯。明清之際的學者董含在《三岡識略》也中記載了這一趨勢：「昔士大夫以清望為重，鄉裡富人，羞與為伍，有攀附者必峻絕之。
今人崇尚財貨，賄擁資厚者，反屈體降志，或訂忘形之交，或結婚姻之雅。」而另一方面，商人對自身在社會中的地位也有了新的認識，在徽商故裡徽州，自明嘉靖以後對望族的定義就發生了改變，據《新安休寧名族志》記載，鳳湖汪氏「世以詩禮承家，文人高士，抱節明經，代不乏人；有以計然致富者，有以鹽旬起家者，連簷比屋，皆稱素封。……誠望族也。」可見，在當時的徽州，高士和素封都可以成為望族。汪家後人汪道昆就一直致力於提倡四民平等的觀點：「大江以南，新都以文物著，其俗不儒則賈，相代若踐更，要之，良賈何負閎儒」。汪道昆重視自己取得的經濟成就，認為自己為社會作出的貢獻一點不亞於文人士大夫。