蘇丹艾哈邁德清真寺採用了聖索菲亞大教堂的圓頂結構，內部建有4個周長10米的粗壯圓柱，支撐著中央那座懸空而起的大穹頂，大穹頂離地50多米高，直徑約有22米。在它的四面還分別建起一個直徑 5.5米的半圓穹頂，每個半圓穹頂的外部又有三個更小的半圓穹頂。該組建築單元將大穹頂的壓力成功分解到主殿外牆的柱墩上，使整個龐大建築極好地體現了力學與美感。
大穹頂的下方是寬闊的主殿，主殿長72米，寬64米，可以容納3500人同時做禮拜。在主殿的四壁鑲嵌著21043塊產自伊茲尼克的白底藍彩釉瓷磚，這些瓷磚鋪設成各種精美的圖案，有爬在綠色花枝上的荷蘭石竹、風信子、藍色和紅色的玫瑰， 有白花盆裡垂下的鬱金香和麥穗， 還有纏繞在格架上的灰色柏樹枝和基藤葉子等。當耀眼的陽光射人，巨大的牆壁立刻變得五光十色美輪美奐，置身其中恍人仙境妙不可言。
不要以為寺裡只有中央主殿如此華麗,在這座建築內廷的表面， 比如拱頂和圓柱部分，處處都可見到精美的白底藍彩釉瓷磚。基於此因， 人們更樂意把蘇丹艾哈邁德清真寺稱作「藍色清真寺」。
除了中央主殿， 該寺還有三大看點，即光線、地毯和阿拉伯書法藝術。藍色清真寺最原始的特徵在於闢有260扇透光性能極強的玫瑰窗，一層層長圓形玫瑰窗呈扇形排列，將光線攪得五彩繽紛，營造了一個光怪陸離的彩色空間。
隨著時間的推移，後人曾對這些色彩豐富的窗戶進行過幾次修繕，如此一來，雖然室內的透光性得到了增強，但卻多少失去了一點原有的神秘感。 那幾百塊紫紅色的土耳其地毯鋪滿了主殿，踩上去厚厚軟軟非常舒適，據說它們是來自伊索匹亞的貢品。在支撐大穹頂的4根粗柱上，還刻有美如藝術花紋的阿拉伯書法作品，柱頭部分是藍底金字的阿拉伯文，柱身部分是黑底金字的阿拉伯文。
考慮到幾千名教徒會在這座藍色清真寺裡聽誦經文，建築師穆罕默德阿加在設計時還著力體現出完美的聲學設計。不管聽眾位於大殿的哪個角落， 即使講經者沒有使用麥克風，他們也能聽得一清二楚。
藍色清真寺可以說是奧斯曼帝國所建設最美麗的宗教建築，如今它真寺中最壯觀、國教科文組織列人《世界遺產名錄》，已被聯合國並成功人選了世界十大建築奇景。