幾乎所有國家的憲法都保護言論自由，但是只有部分國家的憲法保護學術自由（Academic Freedom）。即便是在崇尚自由的美國，也是到20世紀50年代，麥卡錫主義誹謗、迫害共產黨和民主進步人士的時候，學術自由才逐漸發展成為一個具有憲法意義的概念。加州大學訴巴基案（Regents ofUniversity of Calofornia v. Bakkke）的司法判決書指出：「學術自由雖不是一個特別被明文規定的憲法權利，但早已被視為是憲法第一修正案（保護言論自由）的一種特別關切，這一自由即大學在學術事務上，擁有自己判斷的自由」。中國的法律保障公民的多項自由，卻並沒有涉及學術自由問題，復旦大學堅守學術自由，並且在《復旦大學章程》中強調：「學校的辦學理念是其校歌所傳頌的學術獨立和思想自由，強調學術的價值在於探究真理，守護文明，正誼明道，不計其功。」
為什麼學術自由應當被法律保護？首先，科學規律是難以確定的，只有通過科學的方法，經過科學家個體或團體的努力，獲得學術同行的廣泛認同，才可能逐漸轉化為真理。因此，當科學中出現爭議的時候，只有通過學術的途徑證明各自的學術主張，行政、司法都不應該做出幹預和裁決。託馬斯·科恩曾經指出，「在事關科學的問題上，不能數人頭和訴諸大眾。」組成大學的基本單元（Unit）是學科。這樣一個單元被稱作「學科」，意味著他在學校內部由一個小「同行」專家團體（Community）構成，而在地區、國家乃至全球範圍內還存在一個擴大的「同行」專家團體，他們的「權威性來自被廣泛接受的方法和真理，而非任何一個人或學派的創作。」美國大學教授聯合會（AAUP）在《1915年關於學術自由原則和學術終身制的宣言》，以及《1940年關於學術自由和終身制原則的聲明中》把學術自由定義為研究和發表的權利、講授和教學的權利和發表校外言論的權利。
學術自由原則有助於造就真正的「思想市場」。羅伯特·波斯特（Robert Post）認為，學術自由和言論自由儘管高度相關，但是並不相同。「言論自由服務於民主正當（Democratic legitimation）」，而「學術自由服務於民主勝任（Democratic competence）」。民主正當要求政治權力平等、寬容地對待所有的言論；而民主勝任則要求言論必須服從於擁有區分好壞能力的學術權威。學術自由保護的是符合專業規範的學術言論，沒有學術自由就沒有知識的增長。博克認為，「學術自由就是允許具有非同尋常創造性的人享有非同尋常創造性的生活」。但這並不意味著學者可以在公共傳播渠道任意轉播自己的觀點，學術自由也不可以被濫用。當研究結論還沒有被學術同行廣泛認可為該學科的真理時，這些觀點只能出現在學術期刊、學術著作、課堂教學和學術研討會上，不可以出現在大眾性的傳播途徑當中，因為未經嚴格證明的專家觀點可能會誤導公眾。科斯認為，「如今的中國經濟面臨著一個重要問題，即缺乏思想市場，這是中國經濟諸多弊端和險象叢生的根源。」大學的教室尤其應當成為一個「思想市場」，未來社會的中堅分子，只有經過觀點的激烈碰撞和思維的嚴格訓練，自主地探究發現和驗證真理，才可能擁有真正的智慧。教授應當感到他擁有為青年提供顧問（Counseling）的職責，並享有他們的信任。只有脫離了單向知識灌輸的高等教育，才能造就真正的「思想市場」，而這首先有賴于堅守學術自由的基本準則。
學術自由的根本目的是面向大眾的理智訓練。麥迪遜曾經說過，「一個人民的政府如果缺乏公共信息，或沒有獲得這些信息的手段，那它不過是一出鬧劇或悲劇的序幕。」大眾獲得公共信息需要政府廣泛推動政務信息公開和推進公共數據開放。但同時也需要數量眾多，彼此可以相互監督的專家學者，能夠對公共信息和公共數據進行中立性的闡釋和解讀。終身教職（Tenure track）制度從來都不是作為高級職務聘任的標準而存在的，它的根本使命是保護學術自由。培根說過，「知識就是權力」（Power，常被翻譯做「力量」）。我們應當擁有韋伯那樣的信念：「只要人們想知道，他任何時候都能夠知道；從原則上說，再也沒有什麼神秘莫測、無法計算的力量在起作用，人們可以通過計算掌握一切。」也正因此，作為專家團體的大學獨立性和作為民主制度設計的學術自由才顯得至關重要。正如波斯特所認為的，學術自由最根本的目的不是學者個人或團體的安全，而是面向公眾的理智訓練。它是幫助大眾實現有效政治參與的有效公器。科斯認為，「在一個開放的社會，錯誤的思想很少能侵蝕社會的根基，威脅社會穩定」。看一個國家大學數量和質量，幾乎就可以判斷這個國家的發展水平和整體素質，甚至就可以預測這個國家在未來的發展前途。
學術同行評議應該成為制約教授學術權力的主要機制。當然，儘管教授團體擁有自己的職業操守，但是仍然有人會因為私利而刻意發表誤導公眾的言論。立法者負有制定規範的義務，行政權負有執行保護性法律的義務。這個時候是否應當引入政府對學術觀點的管制呢？教授的言論必須接受評判和審查，但是這個評判和審查的主體不應該是政府，而是同行群體和專業權威。所有的學術期刊和學術著作都應當建立起嚴格的同行評議制度，並且向公眾公開評審結果，接受社會的監督。沒有經過科學方法和嚴密推理的學術成果不應出現在學術期刊上。而經過科學方法和嚴密推理的異端觀點，一經發表就將經受學術同行們的推敲和檢驗，最終能否被學術界所廣泛接受，並上升到真理的範疇，應當由學術團體的自發秩序所決定。學者在公共傳媒上所發表意見，如果發表的是本學科的專業觀點，應當看其觀點是否符合他已有成果所得出的結論，或舉證、推理是否足夠嚴密，否則不予接受。如果發表的是非本學科的觀點則應當視同普通公民的政治、社會參與，納入傳媒管制統一管理。
高等教育的行政和立法應當以保護學術自由作為基點。大學（盈利性的「學店」並不包含其中）是一個公共機構。高等教育領域的行政管制應當主要面向推動它的信息披露。廣泛、深度的信息披露將會撬動大學表現的急速改觀。政府公共投資需要走向整體撥款，為此而進行的績效評估則應當交給專業的第三方機構（審計、評估機構）來完成。那麼立法應當關注什麼？我國《憲法》規定了「公民有言論、出版、集會、結社、遊行、示威的自由」。《憲法》解釋應當做出更加詳盡的制度性解釋。不僅要規定有什麼自由，更要規定哪些規範但卻便利的程序可以保障這些自由。在大學裡，尤其要保護學者在教室、研討室、學術會議室、學術期刊、著作等場域發表學術觀點的自由，這樣才可能造就一個真正繁榮的思想市場。而且，學術自由也能在中國文化中找到它的基因，中國儒家強調「無所不思、無所不言」，究其本義就是學術自由。蔡元培先生辦北大強調的「學術自由、兼容並包」也從中國傳統文化中挖掘了思想資源。
只有保障學術自由才能繁榮思想，只有思想市場的發展，才能「使中國經濟的發展以知識為動力，更具可持續性」，這樣才能實現科斯的預言：「假以時日，中國將成為商品生產和思想創造的全球中心」。